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定量生物学 > 组织与器官

arXiv:1106.3166 (q-bio)
[提交于 2011年6月16日 ]

标题: 耳廓的现实三维计算机模型,具有骨骼和软组织结构的精确形态

标题: Realistic 3D computer model of the gerbil middle ear, featuring accurate morphology of bone and soft tissue structures

Authors:J.A.N. Buytaert, W.H.M. Salih, M. Dierick, P. Jacobs, J.J.J. Dirckx
摘要: 为了在中耳(ME)有限元建模(FEM)中提高现实感,需要全面且精确的形态数据。到目前为止,微尺度X射线计算机断层扫描(\mu CT)记录已被用作ME听小骨FEM模型的几何输入数据。以前曾尝试获取ME软组织结构的数据。然而,由于软组织的X射线吸收率低,这些图像的质量受到限制。另一种流行的方法是使用组织切片作为3D模型的数据,该方法为切片提供了高平面内分辨率,但该技术具有破坏性,且切片的配准较为困难。我们将来自高分辨率\mu CT记录的数据与来自高分辨率正交平面荧光光学切片显微镜(OPFOS)的数据结合在一起,这两项数据均来自同一只地鼠标本。最先进的\mu CT能够提供听小骨和其他ME骨性结构的三维形状的高分辨率数据,而OPFOS装置则在骨性和软组织ME结构上提供了前所未有的高质量数据。这两种技术都是断层扫描且无破坏性的,并能生成自动对齐的虚拟切片集。来自不同技术的数据需要相互进行配准。通过结合两种数据集,我们获得了所有功能组件的完整高分辨率形态模型。所得到的三维模型可以轻松导入FEM软件,并向研究界免费开放。在本文中,我们讨论了所使用的方法,展示了所得的融合模型,并讨论了软组织结构(如肌肉和韧带)的形态学特性。
摘要: In order to improve realism in middle ear (ME) finite element modeling (FEM), comprehensive and precise morphological data are needed. To date, micro-scale X-ray computed tomography (\mu CT) recordings have been used as geometric input data for FEM models of the ME ossicles. Previously, attempts were made to obtain this data on ME soft tissue structures as well. However, due to low X-ray absorption of soft tissue, quality of these images is limited. Another popular approach is using histological sections as data for 3D models, delivering high in-plane resolution for the sections, but the technique is destructive in nature and registration of the sections is difficult. We combine data from high-resolution \mu CT recordings with data from high-resolution orthogonal-plane fluorescence optical-sectioning microscopy (OPFOS), both obtained on the same gerbil specimen. State-of-the-art \mu CT delivers high-resolution data on the three-dimensional shape of ossicles and other ME bony structures, while the OPFOS setup generates data of unprecedented quality both on bone and soft tissue ME structures. Each of these techniques is tomographic and non-destructive, and delivers sets of automatically aligned virtual sections. The datasets coming from different techniques need to be registered with respect to each other. By combining both datasets, we obtain a complete high-resolution morphological model of all functional components in the gerbil ME. The resulting three-dimensional model can be readily imported in FEM software and is made freely available to the research community. In this paper, we discuss the methods used, present the resulting merged model and discuss morphological properties of the soft tissue structures, such as muscles and ligaments.
评论: 41页,14张图,即将发表于JARO - 耳鼻喉科学研究协会期刊
主题: 组织与器官 (q-bio.TO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)
引用方式: arXiv:1106.3166 [q-bio.TO]
  (或者 arXiv:1106.3166v1 [q-bio.TO] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1106.3166
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

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来自: Jan Buytaert [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2011 年 6 月 16 日 08:26:53 UTC (1,928 KB)
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