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定量生物学 > 定量方法

arXiv:1608.02795v1 (q-bio)
[提交于 2016年8月9日 ]

标题: 随机异聚物的循环概率有助于理解生物聚合物的标度特性

标题: The looping probability of random heteropolymers helps to understand the scaling properties of biopolymers

Authors:Y. Zhan, L. Giorgetti, G. Tiana
摘要: 随机异聚物是对生物聚合物的最小描述,并可以为研究生物物理实验中环的形成提供一个理论框架。 一种两态模型提供了一种一致且稳健的方法来研究典型生物系统尺寸的聚合物中环形成的标度性质。 将其与自适应调整的模拟退火模拟相结合,我们可以数值计算链内随机相互作用的几个实现的环形成性质。 与均聚物不同,随机异聚物在不同温度下表现出连续的标度指数集。 使用自平均量的必要性使得有限尺寸效应在低温下即使对于长聚合物也占主导地位,掩盖了环形成概率的长度无关特性,这与均聚物球状结构的预期类似。 这可能为实验中发现的小标度指数提供一个简单的解释,例如在染色体折叠中。
摘要: Random heteropolymers are a minimal description of biopolymers and can provide a theoretical framework to the investigate the formation of loops in biophysical experiments. A two--state model provides a consistent and robust way to study the scaling properties of loop formation in polymers of the size of typical biological systems. Combining it with self--adjusting simulated--tempering simulations, we can calculate numerically the looping properties of several realizations of the random interactions within the chain. Differently from homopolymers, random heteropolymers display at different temperatures a continuous set of scaling exponents. The necessity of using self--averaging quantities makes finite--size effects dominant at low temperatures even for long polymers, shadowing the length--independent character of looping probability expected in analogy with homopolymeric globules. This could provide a simple explanation for the small scaling exponents found in experiments, for example in chromosome folding.
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft); 生物大分子 (q-bio.BM)
引用方式: arXiv:1608.02795 [q-bio.QM]
  (或者 arXiv:1608.02795v1 [q-bio.QM] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1608.02795
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
期刊参考: Phys. Rev. E 94, 032402 (2016)
相关 DOI: https://doi.org/10.1103/PhysRevE.94.032402
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来自: Guido Tiana [查看电子邮件]
[v1] 星期二, 2016 年 8 月 9 日 13:04:34 UTC (611 KB)
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