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定量生物学 > 分子网络

arXiv:1703.00853 (q-bio)
[提交于 2017年3月2日 ]

标题: 无尺度代谢的免费午餐

标题: The free lunch of a scale-free metabolism

Authors:Daniele De Martino
摘要: 在本工作中表明,从现实的大规模模型中推断出的代谢通量分布中的无标度尾部可能仅仅是由于涉及热力学不可行循环的反应造成的伪象,这些反应不受物理约束的限制,能够无需消耗自由能而做功。 在考虑热力学修正后,代谢空间有意义地与物理限制因素相关,从而获得更丰富的多模态结构,这在优化目标函数时可能导致对称性破缺。
摘要: In this work it is shown that scale free tails in metabolic flux distributions inferred from realistic large scale models can be simply an artefact due to reactions involved in thermodynamically unfeasible cycles, that are unbounded by physical constraints and would be able to perform work without expenditure of free energy. After correcting for thermodynamics, the metabolic space scales meaningfully with the physical limiting factors, acquiring in turn a richer multimodal structure potentially leading to symmetry breaking while optimizing for objective functions.
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主题: 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech); 生物物理 (physics.bio-ph)
引用方式: arXiv:1703.00853 [q-bio.MN]
  (或者 arXiv:1703.00853v1 [q-bio.MN] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1703.00853
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
期刊参考: Phys. Rev. E 95, 062419 (2017)
相关 DOI: https://doi.org/10.1103/PhysRevE.95.062419
链接到相关资源的 DOI

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来自: Daniele De Martino [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2017 年 3 月 2 日 16:50:33 UTC (737 KB)
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