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定量生物学 > 种群与进化

arXiv:1803.01286 (q-bio)
[提交于 2018年3月4日 ]

标题: 利用RAPD标记对四种茄子物种(Solanum melongena L)的遗传多样性和基因组关系进行分析

标题: Analysis of genetic diversity and genome relationships of four eggplant species (Solanum melongena L) using RAPD markers

Authors:Susilo, Maryanti Setyaningsih
摘要: 茄子(Solanum melongena)是茄属中的一种多样性植物,在印度尼西亚广泛种植和分布,并被社区广泛使用。 本研究利用RAPD(随机扩增多态性DNA)探讨了四种当地印尼茄子品种的遗传多样性,即leuca、tekokak、gelatik和kopek。 样品来自印度尼西亚 Bogor 的农业技术评估研究所(BPTP)。 数据观察结果以茄子植物的DNA图谱形式呈现,并进行了描述性和定量分析。 使用四个引物(OPF01、OPF02、OPF03 和 OPF04)成功评分了30个DNA条带(28个多态性和2个单态性)。 这些引物能够扩增所有四种茄子样品。 PCR-RAPD可视化结果产生了300-1500 bp的条带。 聚类分析结果显示存在三个聚类(A、B 和 C)。 聚类 A(系数为 49%)由 gelatik 组成,聚类 B(系数为 65%)由 TPU(Kopek)和 TK(Tekokak)组成,聚类 C(系数为 55%)由 LC(Leunca)组成。 这些结果表明,在 TK(Tekokak)和 TPU(Kopek)样品中发现了最接近的亲缘关系。
摘要: Solanum melongena (eggplant) is one of the diversity of the Solanum family which is grown and widely spread in Indonesia and widely used by the community. This research explored the genetic diversity of four local Indonesian eggplant species namely leuca, tekokak, gelatik and kopek by using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). The samples were obtained from Agricultural Technology Assessment Institute (BPTP) Bogor, Indonesia. The result of data observation was in the form of Solanum melongena plants DNA profile analyzed descriptively and quantitatively. 30 DNA bands (28 polymorphic and 2 monomorphic) were successfully scored by using four primers (OPF01, OPF02, OPF03 and OPF04). The Primers were used able to amplify all of the four eggplant samples. The result of PCR-RAPD visualization produces bands of 300-1500 bp. The result of cluster analysis showed the existence of three clusters (A, B, and C). Cluster A (coefficient of equal to 49%) consisted of a gelatik, cluster B (coefficient of 65% equilibrium) consisted of TPU (Kopek) and TK (Tekokak), and cluster C (55% equilibrium coefficient) consisted of LC (Leunca). These results indicated that the closest proximity is found in samples of TK (Tekokak) and TPU (Kopek)
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
引用方式: arXiv:1803.01286 [q-bio.PE]
  (或者 arXiv:1803.01286v1 [q-bio.PE] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1803.01286
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
相关 DOI: https://doi.org/10.1088/1742-6596/948/1/012017
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来自: Susilo Susilo [查看电子邮件]
[v1] 星期日, 2018 年 3 月 4 日 02:59:13 UTC (724 KB)
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