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定量生物学 > 基因组学

arXiv:2507.08058v1 (q-bio)
[提交于 2025年7月10日 ]

标题: HybridQC:用于单细胞RNA测序数据的机器学习增强质量控制

标题: HybridQC: Machine Learning-Augmented Quality Control for Single-Cell RNA-seq Data

Authors:Kaitao Lai
摘要: HybridQC 是一个 R 包,通过结合传统的基于阈值的过滤和基于机器学习的异常值检测,简化了单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据的质量控制(QC)。它提供了一个高效且自适应的框架,使用诸如孤立森林等技术,在噪声或浅深度数据集中识别低质量细胞,同时与广泛采用的格式如 Seurat 对象兼容。该包轻量级,易于安装,适用于研究环境中的小到中型 scRNA-seq 数据集。HybridQC 特别适用于涉及非模式生物、稀有样本或试点研究的项目,其中自动化和灵活的 QC 对于可重复性和下游分析至关重要。
摘要: HybridQC is an R package that streamlines quality control (QC) of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data by combining traditional threshold-based filtering with machine learning-based outlier detection. It provides an efficient and adaptive framework to identify low-quality cells in noisy or shallow-depth datasets using techniques such as Isolation Forest, while remaining compatible with widely adopted formats such as Seurat objects. The package is lightweight, easy to install, and suitable for small-to-medium scRNA-seq datasets in research settings. HybridQC is especially useful for projects involving non-model organisms, rare samples, or pilot studies, where automated and flexible QC is critical for reproducibility and downstream analysis.
评论: 3页,1图
主题: 基因组学 (q-bio.GN)
引用方式: arXiv:2507.08058 [q-bio.GN]
  (或者 arXiv:2507.08058v1 [q-bio.GN] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2507.08058
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

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来自: Kaitao Lai Dr [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2025 年 7 月 10 日 14:48:55 UTC (513 KB)
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