基因组学

2025年07月 的作者和标题

[1] arXiv:2507.00154 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 五基因表达公式准确检测肝细胞癌肿瘤 显示英文标题

标题： Five-Gene Expression Formula Accurately Detects Hepatocellular Carcinoma Tumors

Aram Ansary Ogholbake, Qiang Cheng

评论： 已被《生物技术杂志》接受发表

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[2] arXiv:2507.02818 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 癌症药物反应的遗传特征 -- 探讨集成特征选择方法 显示英文标题

标题： Genetic Features for Drug Responses in Cancer -- Investigating an Ensemble-Feature-Selection Approach

Johannes Schlüter, Alexander Schönhuth

评论： 14页，8图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[3] arXiv:2507.02877 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AuraGenome：一种基于大语言模型的实时可重用和可扩展环形基因组可视化框架 显示英文标题

标题： AuraGenome: An LLM-Powered Framework for On-the-Fly Reusable and Scalable Circular Genome Visualizations

Chi Zhang, Yu Dong, Yang Wang, Yuetong Han, Guihua Shan, Bixia Tang

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 图形学 (cs.GR) ; 人机交互 (cs.HC)

[4] arXiv:2507.02980 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基因表达分布偏移的建模用于未见的遗传扰动 显示英文标题

标题： Modeling Gene Expression Distributional Shifts for Unseen Genetic Perturbations

Kalyan Ramakrishnan, Jonathan G. Hedley, Sisi Qu, Puneet K. Dokania, Philip H. S. Torr, Cesar A. Prada-Medina, Julien Fauqueur, Kaspar Martens

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[5] arXiv:2507.03718 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从泛基因组数据中寻找短读长变异检测的易处理区域 显示英文标题

标题： Finding easy regions for short-read variant calling from pangenome data

Heng Li

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[6] arXiv:2507.05265 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： BMFM-DNA：一种SNP感知的DNA基础模型以捕捉变异效应 显示英文标题

标题： BMFM-DNA: A SNP-aware DNA foundation model to capture variant effects

Hongyang Li, Sanjoy Dey, Bum Chul Kwon, Michael Danziger, Michal Rosen-Tzvi, Jianying Hu, James Kozloski, Ching-Huei Tsou, Bharath Dandala, Pablo Meyer

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[7] arXiv:2507.07454 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： Mix-Geneformer：人类和小鼠单细胞RNA测序数据的统一表示学习 显示英文标题

标题： Mix-Geneformer: Unified Representation Learning for Human and Mouse scRNA-seq Data

Yuki Nishio, Takayoshi Yamashita, Keita Ito, Tsubasa Hirakawa, Hironobu Fujiyoshi

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[8] arXiv:2507.08043 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基因组的拓扑序列分析：类别方法 显示英文标题

标题： Topological Sequence Analysis of Genomes: Category Approaches

Jian Liu, Li Shen, Mushal Zia, Guo-Wei Wei

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 代数拓扑 (math.AT)

[9] arXiv:2507.08058 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： HybridQC：用于单细胞RNA测序数据的机器学习增强质量控制 显示英文标题

标题： HybridQC: Machine Learning-Augmented Quality Control for Single-Cell RNA-seq Data

Kaitao Lai

评论： 3页，1图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[10] arXiv:2507.08060 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MicroTrace：一种用于爆发检测中基于SNP的病原体聚类的轻量级R工具 显示英文标题

标题： MicroTrace: A Lightweight R Tool for SNP-Based Pathogen Clustering in Outbreak Detection

Kaitao Lai

评论： 3页

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[11] arXiv:2507.08062 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AMRScan：一种混合R和Nextflow工具包，用于从测序数据中快速检测抗菌素耐药基因 显示英文标题

标题： AMRScan: A hybrid R and Nextflow toolkit for rapid antimicrobial resistance gene detection from sequencing data

Kaitao Lai

评论： 3页

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[12] arXiv:2507.09378 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于注意力的核苷酸分析的上下文感知正则化与马尔可夫集成 显示英文标题

标题： Context-Aware Regularization with Markovian Integration for Attention-Based Nucleotide Analysis

Mohammadsaleh Refahi, Mahdi Abavisani, Bahrad A. Sokhansanj, James R. Brown, Gail Rosen

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[13] arXiv:2507.09967 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SimOmics：多变量和多组学数据的仿真工具包 显示英文标题

标题： SimOmics: A Simulation Toolkit for Multivariate and Multi-Omics Data

Kaitao Lai

评论： 4页，1图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[14] arXiv:2507.11588 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SToFM：空间转录组学的多尺度基础模型 显示英文标题

标题： SToFM: a Multi-scale Foundation Model for Spatial Transcriptomics

Suyuan Zhao, Yizhen Luo, Ganbo Yang, Yan Zhong, Hao Zhou, Zaiqing Nie

评论： 被ICML 2024接受

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[15] arXiv:2507.11950 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNAMunin：一种用于非编码RNA发现的深度机器学习模型 显示英文标题

标题： RNAMunin: A Deep Machine Learning Model for Non-coding RNA Discovery

Lauren Lui, Torben Nielsen

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[16] arXiv:2507.04125 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 图神经网络作为单细胞转录组学中变压器的替代方案 显示英文标题

标题： Graph Neural Networks as a Substitute for Transformers in Single-Cell Transcriptomics

Jiaxin Qi, Yan Cui, Jinli Ou, Jianqiang Huang, Gaogang Xie

评论： 9页，5图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[17] arXiv:2507.04981 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过多模态多实例学习从外周血T细胞受体库中对自身免疫疾病进行分类 显示英文标题

标题： Classification of autoimmune diseases from Peripheral blood TCR repertoires by multimodal multi-instance learning

Ruihao Zhang, Mao chen, Fei Ye, Dandan Meng, Yixuan Huang, Xiao Liu

评论： 7个图表，4个表格

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[18] arXiv:2507.06113 (交叉列表自 stat.ME) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 零膨胀单细胞RNA测序数据的共同调节器统计框架 显示英文标题

标题： A Statistical Framework for Co-Mediators of Zero-Inflated Single-Cell RNA-Seq Data

Seungjun Ahn, Zhigang Li

评论： 21页和1张图。补充材料可应要求提供

主题： 方法论 (stat.ME) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[19] arXiv:2507.07761 (交叉列表自 q-bio.PE) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 草类基因组中的广泛远程渗入 显示英文标题

标题： Widespread remote introgression in the grass genomes

Yujie Huang, Shiyu Zhang, Hanyang Lin, Chenxu Liu, Zhefu Li, Kun Yang, Yutong Liu, Linfeng Jin, Chuanlong Lu, Yuan Cheng, Chaoyi Hu, Huifang Zhao, Guoping Zhang, Qian Qian, Longjiang Fan, Dongya Wu

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[20] arXiv:2507.09754 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 可解释的人工智能在基因组学中的应用：使用专家混合模型预测转录因子结合位点 显示英文标题

标题： Explainable AI in Genomics: Transcription Factor Binding Site Prediction with Mixture of Experts

Aakash Tripathi, Ian E. Nielsen, Muhammad Umer, Ravi P. Ramachandran, Ghulam Rasool

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[21] arXiv:2507.09890 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 软图聚类用于单细胞RNA测序数据 显示英文标题

标题： Soft Graph Clustering for single-cell RNA Sequencing Data

Ping Xu, Pengfei Wang, Zhiyuan Ning, Meng Xiao, Min Wu, Yuanchun Zhou

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[22] arXiv:2507.10039 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 面向将大型语言模型应用于补充单细胞基础模型 显示英文标题

标题： Towards Applying Large Language Models to Complement Single-Cell Foundation Models

Steven Palayew, Bo Wang, Gary Bader

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[23] arXiv:2507.11313 (交叉列表自 stat.ME) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 带有变薄距离的树推断 显示英文标题

标题： Tree inference with varifold distances

Elodie Maignant, Tim Conrad, Christoph von Tycowicz

主题： 方法论 (stat.ME) ; 微分几何 (math.DG) ; 基因组学 (q-bio.GN)