生物物理

2025年07月 的作者和标题

[1] arXiv:2507.00520 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 拓扑权重和多分散染色质环网络的结构多样性 显示英文标题

标题： Topological weight and structural diversity of polydisperse chromatin loop networks

Andrea Bonato, Enrico Carlon, Sergey Kitaev, Davide Marenduzzo, Enzo Orlandini

评论： 22页，17张图。arXiv管理员注：与arXiv:2312.12154存在文本重叠

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[2] arXiv:2507.00929 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用于辐射诱导DNA损伤和细胞存活机制预测的纳米和微米尺度能量沉积模型整合 显示英文标题

标题： Integrating nano- and micrometer-scale energy deposition models for mechanistic prediction of radiation-induced DNA damage and cell survival

Giulio Bordieri, Marta Missiggia, Gianluca Lattanzi, Carmen Villagrasa, Yann Perrot, Francesco G. Cordoni

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[3] arXiv:2507.01867 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于评估血管造影中肺动脉分割性能的体外肺部幻影 显示英文标题

标题： An in-silico lung phantom to assess the performance of pulmonary artery segmentation using angiogram

Sunder Neelakantan, Tanmay Mukherjee, Emilio A. Mendiola, Kyle Myers, Reza Avazmohammadi

评论： 4页，4张图，并已被接受为IEEE EMBC 2025会议论文集发表

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[4] arXiv:2507.02150 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 转录沉默的建模及其与三维基因组组织的耦合 显示英文标题

标题： Modelling transcriptional silencing and its coupling to 3D genome organisation

Massimiliano Semeraro, Giuseppe Negro, Davide Marenduzzo, Giada Forte

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[5] arXiv:2507.02936 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 热平衡中由空间相关噪声引起的示踪粒子水动力捕获 显示英文标题

标题： Hydrodynamic Trapping of Tracer Particles Induced by Spatially Correlated Noise in Thermal Equilibrium

Sijie Huang, Ayush Saurabh, Steve Presse

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[6] arXiv:2507.03025 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于机器学习的DNA功能化纳米颗粒多尺度设计用于双螺旋结构的靶向自组装 显示英文标题

标题： Machine Learning Guided Multiscale Design of DNA-functionalized Nanoparticles for Targeted Self-Assembly of the Double Gyroid

Luis Nieves-Rosado (1), Fernando Escobedo (1) ((1) Cornell University)

评论： 29页，5图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 材料科学 (cond-mat.mtrl-sci)

[7] arXiv:2507.03715 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 阿布鲁-安德罗对于主动波荡器的转变 显示英文标题

标题： Aubry-André Transition for an Active Undulator

Christopher J. Pierce, Tianyu Wang, Dmitri Kalinin, Andrew Zangwill, Daniel I. Goldman

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[8] arXiv:2507.05329 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用布里渊显微镜区分野生型和CRISPR修饰的结肠癌细胞 显示英文标题

标题： Differentiation of Wild-Type and CRISPR-Modified Colon Cancer Cells Using Brillouin Microscopy

Mykyta Kizilov, Vsevolod Cheburkanov, Vladislav V. Yakovlev

评论： APS 2025 年春季会议论文集。 https://summit.aps.org/events/OD01/12. arXiv 管理员注释：与 arXiv:2507.05186 有大量文本重叠

期刊参考： APS 2025年3月会议摘要 2025（2025）OD01-012

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph) ; 光学 (physics.optics)

[9] arXiv:2507.05599 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从全视野荧光单粒子轨迹中学习运动模型有多容易？ 显示英文标题

标题： How Easy Is It to Learn Motion Models from Widefield Fluorescence Single Particle Tracks?

Zachary H. Hendrix, Lance W.Q. Xu, Steve Presse

评论： 19页，3图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an)

[10] arXiv:2507.00245 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 滑动微管在手性主动力的作用下表现出可调的集体旋转 显示英文标题

标题： Gliding microtubules exhibit tunable collective rotation driven by chiral active forces

Madhuvanthi Guruprasad Athani, Nathan Prouse, Niranjan Sarpangala, Patrick Noerr, Guillaume Schiano-Lomoriello, Ankush Gargeshwari Kumar, Fereshteh L. Memarian, Jeremie Gaillard, Laurent Blanchoin, Linda S. Hirst, Kinjal Dasbiswas, Ajay Gopinathan, Ondřej Kučera, Daniel A. Beller

评论： 35页，19图。补充视频可在 https://pages.jh.edu/dbeller3/resources/SI-Videos/Athani-arXiv-2025/ 获取

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[11] arXiv:2507.00549 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 聚电解质介导的纳米颗粒相互作用的电荷调节效应 显示英文标题

标题： Charge Regulation Effect on Nanoparticles Interaction Mediated by Polyelectrolyte

Vijay Yadav, Prabhat Kumar Jaiswal, Rudolf Podgornik, Sunita Kumari

评论： 图7

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[12] arXiv:2507.00597 (交叉列表自 q-bio.TO) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 心血管耦合在心力衰竭中提高心脏泵血效率 显示英文标题

标题： Cardiorespiratory coupling improves cardiac pumping efficiency in heart failure

Josh Border, Andrew Lefevre, Vishal Jain, Alain Nogaret

评论： 3页，3图，会议论文

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[13] arXiv:2507.00846 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： BoltzNCE：使用随机插值和噪声对比估计学习玻尔兹曼生成的概率分布 显示英文标题

标题： BoltzNCE: Learning Likelihoods for Boltzmann Generation with Stochastic Interpolants and Noise Contrastive Estimation

Rishal Aggarwal, Jacky Chen, Nicholas M. Boffi, David Ryan Koes

评论： 19页，25张图，提交至NeurIPS 2025

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[14] arXiv:2507.00884 (交叉列表自 physics.chem-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过线性张量化四边形注意力的可扩展且量子精确的生物分子力场基础模型 显示英文标题

标题： A Scalable and Quantum-Accurate Foundation Model for Biomolecular Force Field via Linearly Tensorized Quadrangle Attention

Qun Su, Kai Zhu, Qiaolin Gou, Jintu Zhang, Renling Hu, Yurong Li, Yongze Wang, Hui Zhang, Ziyi You, Linlong Jiang, Yu Kang, Jike Wang, Chang-Yu Hsieh, Tingjun Hou

主题： 化学物理 (physics.chem-ph)

[15] arXiv:2507.01071 (交叉列表自 q-bio.CB) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 各向异性粘弹性蠕变在多孔支架中的研究 显示英文标题

标题： Orthotropic Viscoelastic Creep in Cellular Scaffolds

Alessia Ferrara, Falk K. Wittel

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 材料科学 (cond-mat.mtrl-sci) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[16] arXiv:2507.01310 (交叉列表自 q-bio.PE) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 流行病和疫苗模型的通用特性 显示英文标题

标题： Universal features of epidemic and vaccine models

Sourav Chowdhury, Indrani Bose, Suparna Roychowdhury, Indranath Chaudhuri

评论： 14页，12幅带说明的图

期刊参考： 物理评论E 111, 064316 (2025)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[17] arXiv:2507.01684 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 光趋性决策行为的微藻 显示英文标题

标题： Phototactic Decision-Making by Micro-Algae

Shantanu Raikwar, Adham Al-Kassem, Nir S. Gov, Adriana I. Pesci, Raphaël Jeanneret, Raymond E. Goldstein

评论： 6页，5图，附有补充材料

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[18] arXiv:2507.01725 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 更复杂的并不总是更好：生物分子模拟中无监督学习路径的相似性度量比较 显示英文标题

标题： More sophisticated is not always better: comparison of similarity measures for unsupervised learning of pathways in biomolecular simulations

Miriam Jäger, Steffen Wolf

评论： 此预印本是已提交至同行评审科学期刊以作为文章考虑的稿件的未编辑版本。发表后，版权归作者和出版者所有。

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 计算物理 (physics.comp-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[19] arXiv:2507.01813 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 中脉调节干燥叶片的形状形成 显示英文标题

标题： Midveins regulate the shape formation of drying leaves

Kexin Guo, Yafei Zhang, Massimo Paradiso, Yuchen Long, K. Jimmy Hsia, Mingchao Liu

评论： 19页，9图

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 应用物理 (physics.app-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[20] arXiv:2507.03039 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过图信号处理和基于GNN的生成建模增强群体对威胁的耐用性 显示英文标题

标题： Enhancing Swarms Durability to Threats via Graph Signal Processing and GNN-based Generative Modeling

Jonathan Karin, Zoe Piran, Mor Nitzan

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[21] arXiv:2507.03174 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 潜在热力学流：从有限数据中统一表示学习和生成建模温度依赖行为 显示英文标题

标题： Latent Thermodynamic Flows: Unified Representation Learning and Generative Modeling of Temperature-Dependent Behaviors from Limited Data

Yunrui Qiu, Richard John, Lukas Herron, Pratyush Tiwary

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 化学物理 (physics.chem-ph)

[22] arXiv:2507.03472 (交叉列表自 q-bio.TO) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 肠道绒毛和隐窝密度最大化营养吸收 显示英文标题

标题： Intestinal villi and crypts density maximizing nutrient absorption

Martin Garic, Rohan Vernekar, Dácil I. Yánez Martín, Stéphane Tanguy, Clément de Loubens, Claude Loverdo

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[23] arXiv:2507.03615 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 跃迁粒子的局部熵产生率 显示英文标题

标题： Local entropy production rate of run-and-tumble particles

Matteo Paoluzzi, Andrea Puglisi, Luca Angelani

评论： 25页，6图

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[24] arXiv:2507.04097 (交叉列表自 physics.chem-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 光合作用反应中心的激子能 显示英文标题

标题： Ergotropy of a Photosynthetic Reaction Center

Trishna Kalita, Manash Jyoti Sarmah, Javed Akhtar, Himangshu Prabal Goswami

主题： 化学物理 (physics.chem-ph) ; 中尺度与纳米尺度物理 (cond-mat.mes-hall) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 量子物理 (quant-ph)

[25] arXiv:2507.04111 (交叉列表自 quant-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 量子计算在基因组学中的应用：概念性挑战与实际视角 显示英文标题

标题： Quantum computing for genomics: conceptual challenges and practical perspectives

Aurora Maurizio, Guglielmo Mazzola

评论： 14页，5图

主题： 量子物理 (quant-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[26] arXiv:2507.05058 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 《微分动态显微镜的指南》 显示英文标题

标题： The Hitchhiker's Guide to Differential Dynamic Microscopy

Enrico Lattuada, Fabian Krautgasser, Maxime Lavaud, Fabio Giavazzi, Roberto Cerbino

评论： 正文 + 补充信息

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 光学 (physics.optics)

[27] arXiv:2507.05183 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 高斯信息瓶颈方法的直观分解及其在最优预测中的应用 显示英文标题

标题： Intuitive dissection of the Gaussian information bottleneck method with an application to optimal prediction

Vahe Galstyan, Age Tjalma, Pieter Rein ten Wolde

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 信息论 (cs.IT) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[28] arXiv:2507.05186 (交叉列表自 physics.optics) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用布里渊光谱法对黑色素瘤细胞的粘弹性特性进行表征 显示英文标题

标题： Viscoelastic Characterization of Melanoma Cells Using Brillouin Spectroscopy

Mykyta Kizilov, Vsevolod Cheburkanov, Sujeong Jung, Vladislav V. Yakovlev

评论： APS 3月会议论文集。https://summit.aps.org/events/OD01/11

期刊参考： APS 3月会议摘要 2025 (2025) OD01--011

主题： 光学 (physics.optics) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[29] arXiv:2507.05366 (交叉列表自 quant-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 纳米金刚石中氮空位中心同时确定局部磁场和传感器方向 显示英文标题

标题： Simultaneous Determination of Local Magnetic Fields and Sensor Orientation with Nitrogen-Vacancy Centers in Nanodiamond

Yizhou Wang, Haochen Shen, Zhongyuan Liu, Yue Yu, Shengwang Du, Chong Zu, Chuanwei Zhang

评论： 正文共8页，4图。附录共9页，4图

主题： 量子物理 (quant-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[30] arXiv:2507.05907 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 现场自功能化应力传感器的设计与优化 显示英文标题

标题： Design and optimization of in situ self-functionalizing stress sensors

Olga Vasiljevic, Nicolas Harmand, Antoine Hubert, Lydia Kebbal, Volker Bormuth, Clara Hayn, Jonathan Fouchard, Marie Anne Breau, Lea-Laetitia Pontani

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[31] arXiv:2507.05912 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过平均反向弛豫评估非平衡轨迹：长度和时间尺度的依赖性 显示英文标题

标题： Evaluating non-equilibrium trajectories via mean back relaxation: Dependence on length and time scales

Gabriel Knotz, Till M. Muenker, Timo Betz, Matthias Krüger

评论： 19页，10图

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)