生物大分子

2025年07月 的作者和标题

[1] arXiv:2507.00953 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从句子到序列：重新思考生物系统中的语言 显示英文标题

标题： From Sentences to Sequences: Rethinking Languages in Biological System

Ke Liu, Shuaike Shen, Hao Chen

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[2] arXiv:2507.02025 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： IntFold：一种用于通用和专用生物分子结构预测的可控基础模型 显示英文标题

标题： IntFold: A Controllable Foundation Model for General and Specialized Biomolecular Structure Prediction

The IntFold Team: Leon Qiao, Wayne Bai, He Yan, Gary Liu, Nova Xi, Xiang Zhang, Siqi Sun

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[3] arXiv:2507.02231 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 水通道蛋白3的下调通过抑制PI3K/Akt/mTOR通路促进髓核细胞的高渗诱导凋亡 显示英文标题

标题： Downregulation of aquaporin 3 promotes hyperosmolarity-induced apoptosis of nucleus pulposus cells through PI3K/Akt/mTOR pathway suppression

Yuan Sang, Huiqing Zhao, Jiajun Wu, Ting Zhang, Wenbin Xu, Hui Yao, Kaihua Liu, Chang Liu, Junbin Zhang, Ping Li, Depeng Wu, Yichun Xu, Jianying Zhang, Gang Hou

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[4] arXiv:2507.02345 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： HelixDesign-抗体：基于HelixFold3的可扩展生产级抗体设计平台 显示英文标题

标题： HelixDesign-Antibody: A Scalable Production-Grade Platform for Antibody Design Built on HelixFold3

Jie Gao, Jing Hu, Shanzhuo Zhang, Kunrui Zhu, Sheng Qian, Yueyang Huang, Xiaonan Zhang, Xiaomin Fang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[5] arXiv:2507.02883 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： DISPROTBENCH：一种疾病感知的、任务丰富的基准，用于在现实生物背景下评估蛋白质结构预测 显示英文标题

标题： DISPROTBENCH: A Disorder-Aware, Task-Rich Benchmark for Evaluating Protein Structure Prediction in Realistic Biological Contexts

Xinyue Zeng, Tuo Wang, Adithya Kulkarni, Alexander Lu, Alexandra Ni, Phoebe Xing, Junhan Zhao, Siwei Chen, Dawei Zhou

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[6] arXiv:2507.03794 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 超越嗅觉：人类气味结合蛋白的新见解 显示英文标题

标题： Beyond Olfaction: New Insights into Human Odorant Binding Proteins

Mifen Chen, Soufyan Lakbir, Mihyeon Jeon, Vojta Mazur, Sanne Abeln, Halima Mouhib

评论： 52页，22张图表，结构化综述论文与数据分析

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[7] arXiv:2507.04655 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过荧光纳米粒子追踪分析进行细胞外囊泡的定量单颗粒分析 显示英文标题

标题： Quantitative Single-particle Profiling of Extracellular Vesicles via Fluorescent Nanoparticle Tracking Analysis

Yiting Liu, Anthony James El-helou, Bill Soderstrom, Juanfang Ruan, Ying Zhu

评论： 37页，5图，2个补充信息图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[8] arXiv:2507.05502 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从折叠能量预测突变对蛋白质结合的影响 显示英文标题

标题： Predicting mutational effects on protein binding from folding energy

Arthur Deng, Karsten Householder, Fang Wu, Sebastian Thrun, K. Christopher Garcia, Brian Trippe

评论： 代码：https://github.com/LDeng0205/StaB-ddG

期刊参考： ICML 2025

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[9] arXiv:2507.06534 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 针对黑色素瘤特异性酪氨酸酶：环肽破坏肌动蛋白动力学以实现精准凋亡诱导 显示英文标题

标题： Targeting Melanoma-Specific Tyrosinase: Cyclic Peptide Disrupts Actin Dynamics for Precision Apoptosis Induction

Ruoyang Zhao, Xiaowei Wang, Jiajia Hu, Qingqing Sun, Xinmin Zhao, Jun Guo, Feng Zhang, Min Wu

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[10] arXiv:2507.07201 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MODA：一种统一的3D扩散框架用于多任务目标感知分子生成 显示英文标题

标题： MODA: A Unified 3D Diffusion Framework for Multi-Task Target-Aware Molecular Generation

Dong Xu, Zhangfan Yang, Sisi Yuan, Jenna Xinyi Yao, Jiangqiang Li, Junkai Ji

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[11] arXiv:2507.07227 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种通过在紫外等离子体工程自荧光时间衰减序列（AFTDS）上应用机器学习对单胺神经递质进行分类的新方法 显示英文标题

标题： A novel approach for classifying Monoamine Neurotransmitters by applying Machine Learning on UV plasmonic-engineered Auto Fluorescence Time Decay Series (AFTDS)

Mohammad Mohammadi, Sima Najafzadehkhoei, George Vega Yon, Yunshan Wang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[12] arXiv:2507.07367 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 多模态分子嵌入的表示与集成平台 显示英文标题

标题： Platform for Representation and Integration of multimodal Molecular Embeddings

Erika Yilin Zheng, Yu Yan, Baradwaj Simha Sankar, Ethan Ji, Steven Swee, Irsyad Adam, Ding Wang, Alexander Russell Pelletier, Alex Bui, Wei Wang, Peipei Ping

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[13] arXiv:2507.07547 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 机器学习辅助蛋白质工程的最佳实践 显示英文标题

标题： Best Practices for Machine Learning-Assisted Protein Engineering

Fabio Herrera-Rocha, David Medina-Ortiz, Fabian Mauz, Juergen Pleiss, Mehdi D. Davari

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[14] arXiv:2507.07666 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于机器学习的酶挖掘：机遇、挑战与未来展望 显示英文标题

标题： Machine Learning-Driven Enzyme Mining: Opportunities, Challenges, and Future Perspectives

Yanzi Zhang, Felix Moorhoff, Sizhe Qiu, Wenjuan Dong, David Medina-Ortiz, Jing Zhao, Mehdi D. Davari

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[15] arXiv:2507.08005 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 揭示扩散模型在小分子生成中的潜力 显示英文标题

标题： Unraveling the Potential of Diffusion Models in Small Molecule Generation

Peining Zhang, Daniel Baker, Minghu Song, Jinbo Bi

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[16] arXiv:2507.08162 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AmpLyze：一种预测溶血浓度的深度学习模型 显示英文标题

标题： AmpLyze: A Deep Learning Model for Predicting the Hemolytic Concentration

Peng Qiu, Hanqi Feng, Barnabas Poczos

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[17] arXiv:2507.08188 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蛋白质折叠动力学实验三维结构数据的不可用性以及在此背景下对新一代结构预测方法的必要性 显示英文标题

标题： Unavailability of experimental 3D structural data on protein folding dynamics and necessity for a new generation of structure prediction methods in this context

Aydin Wells, Khalique Newaz, Jennifer Morones, Jianlin Cheng, Tijana Milenković

评论： 正文：16页和5图；补充信息：15页，6图和1表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[18] arXiv:2507.08920 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AMix-1：测试时可扩展蛋白质基础模型的途径 显示英文标题

标题： AMix-1: A Pathway to Test-Time Scalable Protein Foundation Model

Changze Lv, Jiang Zhou, Siyu Long, Lihao Wang, Jiangtao Feng, Dongyu Xue, Yu Pei, Hao Wang, Zherui Zhang, Yuchen Cai, Zhiqiang Gao, Ziyuan Ma, Jiakai Hu, Chaochen Gao, Jingjing Gong, Yuxuan Song, Shuyi Zhang, Xiaoqing Zheng, Deyi Xiong, Lei Bai, Ya-Qin Zhang, Wei-Ying Ma, Bowen Zhou, Hao Zhou

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[19] arXiv:2507.09054 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于构象的抗原识别免疫蛋白结构预测 显示英文标题

标题： Conformation-Aware Structure Prediction of Antigen-Recognizing Immune Proteins

Frédéric A. Dreyer, Jan Ludwiczak, Karolis Martinkus, Brennan Abanades, Robert G. Alberstein, Pan Kessel, Pranav Rao, Jae Hyeon Lee, Richard Bonneau, Andrew M. Watkins, Franziska Seeger

评论： 17页，12图，2表，代码在https://github.com/prescient-design/ibex，模型权重在https://doi.org/10.5281/zenodo.15866555

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[20] arXiv:2507.09251 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过接触引导采样的HelixFold-S1推进生物分子相互作用的结构预测 显示英文标题

标题： Advancing Structure Prediction of Biomolecular Interaction via Contact-Guided Sampling with HelixFold-S1

Lihang Liu, Yang Liu, Xianbin Ye, Shanzhuo Zhang, Yuxin Li, Kunrui Zhu, Yang Xue, Xiaonan Zhang, Xiaomin Fang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[21] arXiv:2507.09658 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用构象多样性增强基于结构的虚拟筛选：从HIV-1蛋白酶配体复合物的分子动力学模拟中获得的见解 显示英文标题

标题： Leveraging Conformational Diversity for Enhanced Structure-Based Virtual Screening: Insights from Molecular Dynamics Simulations of HIV-1 Protease-Ligand Complexes

Pei-Kun Yang

评论： 22页，包括附录和表格，2个主要图表，3个补充表格。支持数据和脚本可在https://github.com/peikunyang/09_MD_Clutser获取。未提交至任何期刊

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[22] arXiv:2507.10839 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 折叠切换蛋白质 显示英文标题

标题： Fold-switching Proteins

Devlina Chakravarty, Lauren L. Porter

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[23] arXiv:2507.13580 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种整合大型语言模型和化学片段空间的协作框架：对先导化合物设计的相互启发 显示英文标题

标题： A Collaborative Framework Integrating Large Language Model and Chemical Fragment Space: Mutual Inspiration for Lead Design

Hao Tuo, Yan Li, Xuanning Hu, Haishi Zhao, Xueyan Liu, Bo Yang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[24] arXiv:2507.14156 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过离散流匹配的全原子逆向蛋白质折叠 显示英文标题

标题： All-atom inverse protein folding through discrete flow matching

Kai Yi, Kiarash Jamali, Sjors H. W. Scheres

评论： ICML 2025

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[25] arXiv:2507.14413 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 计算与实验相结合，推动塑料酶解解聚的逐原子进展 显示英文标题

标题： Computations Meet Experiments to Advance the Enzymatic Depolymerization of Plastics One Atom at a Time

Francesco Colizzi, Paula Blázquez-Sánchez, Giovanni Bussi, Isabelle André, Federico Ballabio, Thomas Bayer, Federica Bertocchini, Erik Butenschön, Emanuele Carosati, Alessia De Piero, Ania Di Pede-Mattatelli, Leonardo Faggian, Lorenzo Favaro, Pedro Alexandrino Fernandes, Alfonso Ferretti, Peter Fojan, Andreas Gagsteiger, Eva García-Ruiz, Lucia Gardossi, Toni Giorgino, Norbert Graefe, Jonas Gunkel, Diego J. Jiménez, Malene Billeskov Keller, Georg Künze, Sierin Lim, Guy Lippens, Miguel A. Maria-Solano, Karolina Mitusińska, Vicent Moliner, Gianluca Molla, Marthinus Wessel Myburgh, Nicolas Panel, César A. Ramírez-Sarmiento, Dominique Rocher, Birgit Strodel, Belén Taroncher Ruiz, Onur Turak, Cristiano Varrone, Daniele Vezzini, Peter Westh, Wolfgang Zimmermann

评论： 欢迎发表评论

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[26] arXiv:2507.15388 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用Bright-Dtech___614——铕纳米颗粒突破侧向流动测定中的皮摩尔屏障 显示英文标题

标题： Breaking the picomolar barrier in lateral flow assays using Bright-Dtech___ 614 -- Europium nanoparticles for enhanced sensitivity

Juliette Lajoux, Yulieth D Banguera-Ordoñez (UPV), Amadeo Sena-Torralba, Loïc J Charbonnière (IPHC), Mohamadou Sy, Joan Goetz (UPV), {Á}ngel Maquieira (UPV), Sergi Morais (UPV)

期刊参考： 微化学杂志，2025年，209期，第112864页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[27] arXiv:2507.17446 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质-蛋白质相互作用的变异效应：方法、模型和疾病 显示英文标题

标题： Variant effects on protein-protein interactions: methods, models and diseases

Sven Larsen-Ledet, Aleksandra Panfilova, Amelie Stein

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[28] arXiv:2507.00551 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 全身动态PET内核重建使用非负矩阵分解特征 显示英文标题

标题： Whole body dynamic PET kernel reconstruction using nonnegative matrix factorization features

Alan Miranda, Steven Staelens

主题： 医学物理 (physics.med-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[29] arXiv:2507.01073 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 旋转采样：用于旋转不变的3D分子GNN的即插即用编码器 显示英文标题

标题： Rotational Sampling: A Plug-and-Play Encoder for Rotation-Invariant 3D Molecular GNNs

Dian Jin

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[30] arXiv:2507.01725 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 更复杂的并不总是更好：生物分子模拟中无监督学习路径的相似性度量比较 显示英文标题

标题： More sophisticated is not always better: comparison of similarity measures for unsupervised learning of pathways in biomolecular simulations

Miriam Jäger, Steffen Wolf

评论： 此预印本是已提交至同行评审科学期刊以作为文章考虑的稿件的未编辑版本。发表后，版权归作者和出版者所有。

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 计算物理 (physics.comp-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[31] arXiv:2507.02004 (交叉列表自 cs.AI) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： STELLA：生物医学研究的自进化大语言模型代理 显示英文标题

标题： STELLA: Self-Evolving LLM Agent for Biomedical Research

Ruofan Jin, Zaixi Zhang, Mengdi Wang, Le Cong

主题： 人工智能 (cs.AI) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[32] arXiv:2507.02379 (交叉列表自 cs.AI) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一个面向自主生物分子工程的AI原生实验实验室 显示英文标题

标题： An AI-native experimental laboratory for autonomous biomolecular engineering

Mingyu Wu, Zhaoguo Wang, Jiabin Wang, Zhiyuan Dong, Jingkai Yang, Qingting Li, Tianyu Huang, Lei Zhao, Mingqiang Li, Fei Wang, Chunhai Fan, Haibo Chen

主题： 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[33] arXiv:2507.02670 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 可展开抗体的引导生成 显示英文标题

标题： Guided Generation for Developable Antibodies

Siqi Zhao, Joshua Moller, Porfi Quintero-Cadena, Lood van Niekerk

评论： 发表于ICML 2025基因组学研讨会

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[34] arXiv:2507.02724 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于层级多标签对比学习的跨生物蛋白质-蛋白质相互作用预测 显示英文标题

标题： Hierarchical Multi-Label Contrastive Learning for Protein-Protein Interaction Prediction Across Organisms

Shiyi Liu, Buwen Liang, Yuetong Fang, Zixuan Jiang, Renjing Xu

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[35] arXiv:2507.02925 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用于药物发现中模块化任务执行的大语言模型代理 显示英文标题

标题： Large Language Model Agent for Modular Task Execution in Drug Discovery

Janghoon Ock, Radheesh Sharma Meda, Srivathsan Badrinarayanan, Neha S. Aluru, Achuth Chandrasekhar, Amir Barati Farimani

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[36] arXiv:2507.03197 (交叉列表自 cs.CE) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 量化Transformer中的交叉注意力交互以解释TCR-pMHC结合 显示英文标题

标题： Quantifying Cross-Attention Interaction in Transformers for Interpreting TCR-pMHC Binding

Jiarui Li, Zixiang Yin, Haley Smith, Zhengming Ding, Samuel J. Landry, Ramgopal R. Mettu

主题： 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[37] arXiv:2507.03474 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用欧拉特征变换的分子机器学习 显示英文标题

标题： Molecular Machine Learning Using Euler Characteristic Transforms

Victor Toscano-Duran, Florian Rottach, Bastian Rieck

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 代数拓扑 (math.AT) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[38] arXiv:2507.05101 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： PRING：从对到图重新思考蛋白质-蛋白质相互作用预测 显示英文标题

标题： PRING: Rethinking Protein-Protein Interaction Prediction from Pairs to Graphs

Xinzhe Zheng, Hao Du, Fanding Xu, Jinzhe Li, Zhiyuan Liu, Wenkang Wang, Tao Chen, Wanli Ouyang, Stan Z. Li, Yan Lu, Nanqing Dong, Yang Zhang

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[39] arXiv:2507.06366 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： DecoyDB：蛋白质-配体结合亲和力预测中的图对比学习数据集 显示英文标题

标题： DecoyDB: A Dataset for Graph Contrastive Learning in Protein-Ligand Binding Affinity Prediction

Yupu Zhang, Zelin Xu, Tingsong Xiao, Gustavo Seabra, Yanjun Li, Chenglong Li, Zhe Jiang

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[40] arXiv:2507.06458 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 自动化神经元标记在蛋白质语言模型中的生成引导和可解释性 显示英文标题

标题： Automated Neuron Labelling Enables Generative Steering and Interpretability in Protein Language Models

Arjun Banerjee, David Martinez, Camille Dang, Ethan Tam

评论： 15页，13图。被接受为第42届国际机器学习大会（Spotlight）生物生成人工智能研讨会论文集。

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[41] arXiv:2507.07060 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DeepRetro：使用迭代大语言模型推理的逆合成路径发现 显示英文标题

标题： DeepRetro: Retrosynthetic Pathway Discovery using Iterative LLM Reasoning

Shreyas Vinaya Sathyanarayana, Rahil Shah, Sharanabasava D. Hiremath, Rishikesh Panda, Rahul Jana, Riya Singh, Rida Irfan, Ashwin Murali, Bharath Ramsundar

评论： 51页，

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[42] arXiv:2507.07887 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用大型语言模型自动化蛋白质的MD模拟：NAMD-代理 显示英文标题

标题： Automating MD simulations for Proteins using Large language Models: NAMD-Agent

Achuth Chandrasekhar, Amir Barati Farimani

评论： 34页

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[43] arXiv:2507.08474 (交叉列表自 physics.chem-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： RNA动态和相互作用通过原子模拟揭示 显示英文标题

标题： RNA Dynamics and Interactions Revealed through Atomistic Simulations

Olivier Languin-Cattoën, Giovanni Bussi

评论： 提交至期刊。欢迎提出意见

主题： 化学物理 (physics.chem-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[44] arXiv:2507.08955 (交叉列表自 quant-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于面心立方晶格的蛋白质结构预测量子算法 显示英文标题

标题： Quantum Algorithm for Protein Structure Prediction Using the Face-Centered Cubic Lattice

Rui-Hao Li, Hakan Doga, Bryan Raubenolt, Sarah Mostame, Nicholas DiSanto, Fabio Cumbo, Jayadev Joshi, Hanna Linn, Maeve Gaffney, Alexander Holden, Vinooth Kulkarni, Vipin Chaudhary, Kenneth M. Merz Jr, Abdullah Ash Saki, Tomas Radivoyevitch, Frank DiFilippo, Jun Qin, Omar Shehab, Daniel Blankenberg

主题： 量子物理 (quant-ph)

[45] arXiv:2507.08966 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ToxBench：一个具有AB-FEP计算标签的人类雌激素受体α结合亲和力预测基准 显示英文标题

标题： ToxBench: A Binding Affinity Prediction Benchmark with AB-FEP-Calculated Labels for Human Estrogen Receptor Alpha

Meng Liu, Karl Leswing, Simon K. S. Chu, Farhad Ramezanghorbani, Griffin Young, Gabriel Marques, Prerna Das, Anjali Panikar, Esther Jamir, Mohammed Sulaiman Shamsudeen, K. Shawn Watts, Ananya Sen, Hari Priya Devannagari, Edward B. Miller, Muyun Lihan, Howook Hwang, Janet Paulsen, Xin Yu, Kyle Gion, Timur Rvachov, Emine Kucukbenli, Saee Gopal Paliwal

评论： 2025年ICML生成式人工智能生物学研讨会

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[46] arXiv:2507.10273 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 条件化学语言模型是药物发现中的多功能工具 显示英文标题

标题： Conditional Chemical Language Models are Versatile Tools in Drug Discovery

Lu Zhu, Emmanuel Noutahi

评论： 12页，附加13页的附录

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[47] arXiv:2507.13762 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MolPIF：一种用于分子生成的参数插值流模型 显示英文标题

标题： MolPIF: A Parameter Interpolation Flow Model for Molecule Generation

Yaowei Jin, Junjie Wang, Wenkai Xiang, Duanhua Cao, Dan Teng, Zhehuan Fan, Jiacheng Xiong, Xia Sheng, Chuanlong Zeng, Duo An, Mingyue Zheng, Shuangjia Zheng, Qian Shi

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[48] arXiv:2507.13950 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： MoDyGAN：将分子动力学与生成对抗网络结合以研究蛋白质构象空间 显示英文标题

标题： MoDyGAN: Combining Molecular Dynamics With GANs to Investigate Protein Conformational Space

Jingbo Liang, Bruna Jacobson

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[49] arXiv:2507.14245 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 百万规模的数据集和可泛化的基础模型用于纳米材料-蛋白质相互作用 显示英文标题

标题： A million-scale dataset and generalizable foundation model for nanomaterial-protein interactions

Hengjie Yu, Kenneth A. Dawson, Haiyun Yang, Shuya Liu, Yan Yan, Yaochu Jin

评论： 31页，6图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 材料科学 (cond-mat.mtrl-sci) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[50] arXiv:2507.15772 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 深度学习对植物应激分析中振动拉曼光谱的研究 显示英文标题

标题： Deep-Learning Investigation of Vibrational Raman Spectra for Plant-Stress Analysis

Anoop C. Patil, Benny Jian Rong Sng, Yu-Wei Chang, Joana B. Pereira, Chua Nam-Hai, Rajani Sarojam, Gajendra Pratap Singh, In-Cheol Jang, Giovanni Volpe

评论： *作者对本工作贡献相同。+监督了本工作。稿件中包含5幅主要图表和1幅扩展数据图。PDF包含补充材料。

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM)