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定量生物学 > 基因组学

arXiv:2507.09967 (q-bio)
[提交于 2025年7月14日 ]

标题: SimOmics:多变量和多组学数据的仿真工具包

标题: SimOmics: A Simulation Toolkit for Multivariate and Multi-Omics Data

Authors:Kaitao Lai
摘要: SimOmics是一个R软件包,旨在生成现实的、多变量的和多组学的合成数据集。 它用于生物信息学中的基准测试、方法开发和可重复性,特别是在组学整合任务的背景下,如转录组学、蛋白质组学和代谢组学中遇到的任务。 SimOmics支持潜在因子模拟、稀疏结构、分块协方差建模以及生物启发的噪声模型和特征维度。
摘要: SimOmics is an R package designed to generate realistic, multivariate, and multi-omics synthetic datasets. It is intended for use in benchmarking, method development, and reproducibility in bioinformatics, particularly in the context of omics integration tasks such as those encountered in transcriptomics, proteomics, and metabolomics. SimOmics supports latent factor simulation, sparsity structures, block-wise covariance modeling, and biologically inspired noise models and feature dimensions.
评论: 4页,1图
主题: 基因组学 (q-bio.GN)
引用方式: arXiv:2507.09967 [q-bio.GN]
  (或者 arXiv:2507.09967v1 [q-bio.GN] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2507.09967
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI(待注册)

提交历史

来自: Kaitao Lai Dr [查看电子邮件]
[v1] 星期一, 2025 年 7 月 14 日 06:33:05 UTC (375 KB)
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