定量生物学

2018年09月 的作者和标题

[201] arXiv:1809.06410 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 动能不确定性关系 显示英文标题

标题： Kinetic uncertainty relation

Ivan Di Terlizzi, Marco Baiesi

评论： 4个图。v3：删除了拼写错误，已发表版本

期刊参考： J. Phys. A：Math. Theor. 52（2019）02LT03（11pp）

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 中尺度与纳米尺度物理 (cond-mat.mes-hall) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[202] arXiv:1809.06500 (交叉列表自 physics.comp-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 范围熵：信号复杂性与自相似性之间的桥梁 显示英文标题

标题： Range entropy: A bridge between signal complexity and self-similarity

Amir Omidvarnia, Mostefa Mesbah, Mangor Pedersen, Graeme Jackson

评论： 这是在《熵》上发表的修订版

期刊参考： 熵 2018，20（12），962

主题： 计算物理 (physics.comp-ph) ; 信息论 (cs.IT) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[203] arXiv:1809.06534 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在持续注意驾驶任务期间的多通道脑电图记录 显示英文标题

标题： Multi-channel EEG recordings during a sustained-attention driving task

Zehong Cao, Chun-Hsiang Chuang, Jung-Kai King, Chin-Teng Lin

评论： 该手稿提交至《自然：科学数据》。

期刊参考： 科学数据（第6卷，文章编号：19）（2019年）

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[204] arXiv:1809.06676 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 静息态与oddball范式下脑网络的重构 显示英文标题

标题： Reconfiguration of Brain Network between Resting-state and Oddball Paradigm

Fali Li, Chanlin Yi, Yuanyuan Liao, Yuanling Jiang, Yajing Si, Limeng Song, Tao Zhang, Dezhong Yao, Yangsong Zhang, Zehong Cao, Peng Xu

评论： 这篇手稿投稿给IEEE认知与 developmental 系统汇刊。

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[205] arXiv:1809.06700 (交叉列表自 cs.CE) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Π-cyc：一种使用并行图搜索的无参考 SNP 发现应用 显示英文标题

标题： Π-cyc: A Reference-free SNP Discovery Application using Parallel Graph Search

Reda Younsi, Jing Tang, Liisa Holm

评论： 6页，5图

主题： 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[206] arXiv:1809.06726 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 间质流动通过粘附调节集体细胞迁移的异质性 显示英文标题

标题： Interstitial flows regulate collective cell migration heterogeneity through adhesion

Himadri S Samanta

期刊参考： 物理评论研究 2，013048 (2020)

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[207] arXiv:1809.06827 (交叉列表自 stat.ML) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 贝叶斯方法推断基因调控网络中局部因果结构的研究 显示英文标题

标题： A Bayesian Approach for Inferring Local Causal Structure in Gene Regulatory Networks

Ioan Gabriel Bucur, Tom van Bussel, Tom Claassen, Tom Heskes

评论： 12页，4个图，3个表格

期刊参考： PMLR 72 (2018) 37-48

主题： 机器学习 (stat.ML) ; 机器学习 (cs.LG) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[208] arXiv:1809.06899 (交叉列表自 stat.AP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 直接使用轨迹球运动任务测试选择性影响 显示英文标题

标题： Testing Selective Influence Directly Using Trackball Movement Tasks

Ru Zhang, Cheng-Ta Yang, Janne V. Kujala

主题： 应用 (stat.AP) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[209] arXiv:1809.07014 (交叉列表自 cs.DC) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 极端规模从头开始宏基因组组装 显示英文标题

标题： Extreme Scale De Novo Metagenome Assembly

Evangelos Georganas, Rob Egan, Steven Hofmeyr, Eugene Goltsman, Bill Arndt, Andrew Tritt, Aydin Buluc, Leonid Oliker, Katherine Yelick

评论： 被SC18接受

主题： 分布式、并行与集群计算 (cs.DC) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[210] arXiv:1809.07050 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 扭弯耦合和DNA可扭转蠕虫状链模型的统计力学：微扰理论及超越 显示英文标题

标题： Twist-bend coupling and the statistical mechanics of the twistable worm-like chain model of DNA: perturbation theory and beyond

Stefanos K. Nomidis, Enrico Skoruppa, Enrico Carlon, John F. Marko

评论： 16页，6图

期刊参考： 物理评论E 99, 032414 (2019)

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[211] arXiv:1809.07102 (交叉列表自 stat.ML) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种统一的贝叶斯方法用于早产儿脑龄预测，该方法对EEG睡眠过渡随年龄的变化进行建模 显示英文标题

标题： A unifying Bayesian approach for preterm brain-age prediction that models EEG sleep transitions over age

Kirubin Pillay, Maarten De Vos

评论： 5页，2个图。投稿至2017年美国加利福尼亚州长滩市神经信息处理系统大会（NIPS）机器学习与健康（ML4H）研讨会。

主题： 机器学习 (stat.ML) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[212] arXiv:1809.07154 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细菌核区形成的分相分离情景 显示英文标题

标题： Segregative phase separation scenario of the formation of the bacterial nucleoid

Marc Joyeux

期刊参考： 软物质 14 (2018) 7368-7381

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[213] arXiv:1809.07320 (交叉列表自 cs.DS) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 压缩和索引对齐的读集 显示英文标题

标题： Compressing and Indexing Aligned Readsets

Travis Gagie, Garance Gourdel, Giovanni Manzini

主题： 数据结构与算法 (cs.DS) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[214] arXiv:1809.07656 (交叉列表自 cs.AI) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 小神经集合在高维大脑中的不合理有效性 显示英文标题

标题： The unreasonable effectiveness of small neural ensembles in high-dimensional brain

A.N. Gorban, V.A. Makarov, I.Y. Tyukin

评论： 综述论文，已被《生命物理评论》接收；小幅度修改

期刊参考： 生命物理学评论 第29卷，2019年7月，第55-88页

主题： 人工智能 (cs.AI) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[215] arXiv:1809.07858 (交叉列表自 cs.CE) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 首吉：一种用于序列比对的快速高效预对齐过滤器 显示英文标题

标题： Shouji: A Fast and Efficient Pre-Alignment Filter for Sequence Alignment

Mohammed Alser, Hasan Hassan, Akash Kumar, Onur Mutlu, Can Alkan

评论： https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btz234/5421509，生物信息学杂志 2019

期刊参考： 生物信息学，2019年11月1日；35卷21期：4255-4263

主题： 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 数据结构与算法 (cs.DS) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[216] arXiv:1809.08291 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 不透明性、模糊性和提问的几何学 显示英文标题

标题： Opacity, Obscurity, and the Geometry of Question-Asking

Christina Boyce-Jacino, Simon DeDeo

评论： 24页，7表，4图。欢迎提出意见

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 人工智能 (cs.AI) ; 物理与社会 (physics.soc-ph) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[217] arXiv:1809.08430 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DNA折纸结构特性的粗粒度建模 显示英文标题

标题： Coarse-grained modelling of the structural properties of DNA origami

Benedict E. K. Snodin, John S. Schreck, Flavio Romano, Ard A. Louis, Jonathan P. K. Doye

评论： 14页，10图

期刊参考： 核酸研究 47, 1585-1597 (2019)

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[218] arXiv:1809.08508 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 如何在崎岖地形上运行 显示英文标题

标题： How to run on rough terrains

Nihav Dhawale, Shreyas Mandre, Madhusudhan Venkadesan

评论： 43页，20图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 概率 (math.PR) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[219] arXiv:1809.08632 (交叉列表自 cs.HC) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： BrainNet: 多人脑对脑接口用于大脑之间的直接协作 显示英文标题

标题： BrainNet: A Multi-Person Brain-to-Brain Interface for Direct Collaboration Between Brains

Linxing Preston Jiang, Andrea Stocco, Darby M. Losey, Justin A. Abernethy, Chantel S. Prat, Rajesh P. N. Rao

主题： 人机交互 (cs.HC) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[220] arXiv:1809.08890 (交叉列表自 math.PR) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于随机选择和迁入的Moran过程的Simpson指数 显示英文标题

标题： On the Simpson index for the Moran process with random selection and immigration

Arnaud Personne (UCA), Arnaud Guillin (LMBP), Franck Jabot (UR LISC), Arnaud Guillin

评论： 数学生物学杂志，Springer Verlag（德国），待发表

主题： 概率 (math.PR) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[221] arXiv:1809.09060 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 深度置信：一种计算深度神经网络可靠误差的高效框架 显示英文标题

标题： Deep Confidence: A Computationally Efficient Framework for Calculating Reliable Errors for Deep Neural Networks

Isidro Cortes-Ciriano, Andreas Bender

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (stat.ML)

[222] arXiv:1809.09143 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： EpiRL：一种促进表型分析检测的强化学习代理 显示英文标题

标题： EpiRL: A Reinforcement Learning Agent to Facilitate Epistasis Detection

Kexin Huang, Rodrigo Nogueira

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (stat.ML)

[223] arXiv:1809.09217 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 曲折肿瘤血管的形态弹性模型 显示英文标题

标题： Morpho-elastic model of the tortuous tumour vessels

Davide Riccobelli, Pasquale Ciarletta

期刊参考： 非线性力学国际期刊 107 (2018): 1-9

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[224] arXiv:1809.09335 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 溶液中的扭曲DNA：核小体定位序列的小角散射研究 显示英文标题

标题： Kinky DNA in solution: Small angle scattering study of a nucleosome positioning sequence

Torben Schindler, Adrián González, Ramachandran Boopathi, Marta Marty Roda, Lorena Romero-Santacreu, Andrew Wildes, Lionel Porcar, Anne Martel, Nikos Theodorakopoulos, Santiago Cuesta-López, Dimitar Angelov, Tobias Unruh, Michel Peyrard

评论： 24页，10图

期刊参考： 物理评论E 98，042417 (2018)

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[225] arXiv:1809.09553 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用常规血液检查预测冠心病 显示英文标题

标题： Prediction of Coronary Heart Disease Using Routine Blood Tests

Ning Meng, Peng Zhang, Junfeng Li, Jun He, Jin Zhu

主题： 医学物理 (physics.med-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[226] arXiv:1809.09973 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： MPRAD：多参数影像组学框架 显示英文标题

标题： MPRAD: A Multiparametric Radiomics Framework

Vishwa S. Parekh, Michael A. Jacobs

评论： 32页，7图

期刊参考： 乳腺癌研究与治疗（2020）

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[227] arXiv:1809.10024 (交叉列表自 cs.CY) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 计算与信息学进展用于神经影像的可重复数据分析 显示英文标题

标题： Computational and informatics advances for reproducible data analysis in neuroimaging

Russell A. Poldrack, Krzysztof J. Gorgolewski, Gael Varoquaux

主题： 计算机与社会 (cs.CY) ; 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (stat.ML)

[228] arXiv:1809.10302 (交叉列表自 physics.soc-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 城市地方性文盲的隐性特征 显示英文标题

标题： The hidden traits of endemic illiteracy in cities

Luiz G. A. Alves, Jose S. Andrade Jr., Quentin S. Hanley, Haroldo V. Ribeiro

评论： 19页，4幅图，1张表，补充信息；已被Physica A接受发表

期刊参考： 《物理A》515卷，566-574页（2019年）

主题： 物理与社会 (physics.soc-ph) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[229] arXiv:1809.10990 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 组织竞争的力学：界面稳定共存 显示英文标题

标题： Mechanics of tissue competition: Interfaces stabilize coexistence

Nirmalendu Ganai, Tobias Buscher, Gerhard Gompper, Jens Elgeti

期刊参考： 新物理学杂志 21, 063017 (2019)

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[230] arXiv:1809.11098 (交叉列表自 stat.AP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于微分度数检验的脑网络比较 显示英文标题

标题： A Differential Degree Test for Comparing Brain Networks

Ixavier A Higgins, Ying Guo, Suprateek Kundu, Ki Sueng Choi, Helen Mayberg

评论： 35页，5幅图，4张表格

主题： 应用 (stat.AP) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[231] arXiv:1809.11167 (交叉列表自 cond-mat.dis-nn) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 非平衡连续吸引子统计力学 显示英文标题

标题： Non-equilibrium statistical mechanics of continuous attractors

Weishun Zhong, Zhiyue Lu, David J Schwab, Arvind Murugan

评论： 17页

主题： 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 神经与认知 (q-bio.NC)