定量生物学

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2025年08月01日， 星期五 (继续， 展示 最后 21 之 17 条目 )

[16] arXiv:2507.23481 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 控制蛋白质可进化性的因素，分子尺度上 显示英文标题

标题： Factors controlling protein evolvability, at the molecular scale

Jorge A. Vila

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[17] arXiv:2507.23146 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 轻量级语言模型在复杂的计算表型任务中容易出现推理错误 显示英文标题

标题： Lightweight Language Models are Prone to Reasoning Errors for Complex Computational Phenotyping Tasks

Sarah Pungitore, Shashank Yadav, David Maughan, Vignesh Subbian

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[18] arXiv:2507.23116 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： Alpha-Z 散度揭示了人类脑连接指纹的进一步独特表型特征 显示英文标题

标题： Alpha-Z divergence unveils further distinct phenotypic traits of human brain connectivity fingerprint

Md Kaosar Uddin, Nghi Nguyen, Huajun Huang, Duy Duong-Tran, Jingyi Zheng

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[19] arXiv:2507.23101 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 脂质相互作用组：一个交互式和开放访问平台，用于探索细胞脂质-蛋白质相互作用组 显示英文标题

标题： The Lipid Interactome: An interactive and open access platform for exploring cellular lipid-protein interactomes

Gaelen Guzman, André Nadler, Frank Stein, Jeremy M. Baskin, Carsten Schultz, Fikadu Tafesse

评论： 10页

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[20] arXiv:2507.23056 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 系统发生网络模型作为图形模型 显示英文标题

标题： Phylogenetic network models as graphical models

Seth Sullivant

评论： 21页，7图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 组合数学 (math.CO) ; 统计理论 (math.ST)

[21] arXiv:2507.23048 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CARTEpigenoQC：CAR-T单细胞表观遗传数据的质量控制工具包 显示英文标题

标题： CARTEpigenoQC: A Quality Control Toolkit for CAR-T Single-Cell Epigenomic Data

Kaitao Lai

评论： 5页，2图，2表

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[22] arXiv:2507.23038 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 乙型肝炎病毒感染的两个宿主内斑块模型研究 显示英文标题

标题： Investigation of a two-patch within-host model of hepatitis B viral infection

Keoni Castellano, Omar Saucedo, Stanca M. Ciupe

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[23] arXiv:2507.23030 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 海马体活动中的位点细胞异质性导致幂律现象 显示英文标题

标题： Place-cell heterogeneity underlies power-laws in hippocampal activity

John J. Briguglio, Jaesung Lee, Albert K. Lee, Vincent Hakim, Sandro Romani

评论： 17页，4图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[24] arXiv:2507.22942 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 可重复性与人工智能时代的科学解释：生物系统学、生态学和分子生物学的一致性 显示英文标题

标题： Reproducibility and scientific interpretation in the age of AI: consilience in biological systematics, ecology, and molecular biology

Charles Morphy D. Santos, Luciana Campos Paulino, Michaella P. Andrade, Gabriel Tognella-Poccia, João Paulo Gois

评论： 27页，5图

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[25] arXiv:2507.23462 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 表层皮肤在轻柔刷洗后的变形 显示英文标题

标题： Sub-surface Skin Deformation in Response to Gentle Brushing

Saito Sakaguchi, Basil Duvernoy, Anders Fridberger, Håkan Olausson, Sarah McIntyre

评论： 2页，正在提交至IEEE世界触觉会议2025（WHC2025）

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[26] arXiv:2507.23454 (交叉列表自 cs.HC) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 打破社会混合现实的模式 -- 最新进展和术语表 显示英文标题

标题： Breaking the mould of Social Mixed Reality -- State-of-the-Art and Glossary

Marta Bieńkiewicz, Julia Ayache, Panayiotis Charalambous, Cristina Becchio, Marco Corragio, Bertram Taetz, Francesco De Lellis, Antonio Grotta, Anna Server, Daniel Rammer, Richard Kulpa, Franck Multon, Azucena Garcia-Palacios, Jessica Sutherland, Kathleen Bryson, Stéphane Donikian, Didier Stricker, Benoît Bardy

评论： 预印本

主题： 人机交互 (cs.HC) ; 计算机与社会 (cs.CY) ; 新兴技术 (cs.ET) ; 图形学 (cs.GR) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[27] arXiv:2507.23384 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 细胞能利用相变来处理信息吗？ 显示英文标题

标题： Could Living Cells Use Phase Transitions to Process Information?

Arvind Murugan, David Zwicker, Charlotta Lorenz, Eric R. Dufresne

评论： 8页，5图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[28] arXiv:2507.23359 (交叉列表自 eess.IV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 管状神经元突起分割的像素嵌入方法 显示英文标题

标题： Pixel Embedding Method for Tubular Neurite Segmentation

Huayu Fu, Jiamin Li, Haozhi Qu, Xiaolin Hu, Zengcai Guo

主题： 图像与视频处理 (eess.IV) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[29] arXiv:2507.23227 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用大语言模型在表格生物标志物数据上实现少样本阿尔茨海默病诊断 显示英文标题

标题： Enabling Few-Shot Alzheimer's Disease Diagnosis on Tabular Biomarker Data with LLMs

Sophie Kearney, Shu Yang, Zixuan Wen, Bojian Hou, Duy Duong-Tran, Tianlong Chen, Jason Moore, Marylyn Ritchie, Li Shen

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:2507.23057 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 神经能级景观预测脑肿瘤切除后的工作记忆下降 显示英文标题

标题： Neural Energy Landscapes Predict Working Memory Decline After Brain Tumor Resection

Triet M. Tran, Sina Khanmohammadi

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[31] arXiv:2507.22963 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： FedCVD++：具有参数和非参数模型优化的高效通信心血管风险预测联邦学习 显示英文标题

标题： FedCVD++: Communication-Efficient Federated Learning for Cardiovascular Risk Prediction with Parametric and Non-Parametric Model Optimization

Abdelrhman Gaber, Hassan Abd-Eltawab, John Elgallab, Youssif Abuzied, Dineo Mpanya, Turgay Celik, Swarun Kumar, Tamer ElBatt

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[32] arXiv:2507.22954 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 神经自回归的脑衰老建模 显示英文标题

标题： Neural Autoregressive Modeling of Brain Aging

Ridvan Yesiloglu, Wei Peng, Md Tauhidul Islam, Ehsan Adeli

评论： 已被MICCAI 2025深度生成模型研讨会接收

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 图像与视频处理 (eess.IV) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

2025年07月31日， 星期四 (展示 15 之 15 条目 )

[33] arXiv:2507.22785 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 视网膜中概率计算的不确定性原理 显示英文标题

标题： An Uncertainty Principle for Probabilistic Computation in the Retina

Jayanth R Taranath, Salim M'Jahad

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[34] arXiv:2507.22313 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 解码抑郁和自杀倾向的语义评估神经特征 显示英文标题

标题： Decoding Neural Signatures of Semantic Evaluations in Depression and Suicidality

Woojae Jeong, Aditya Kommineni, Kleanthis Avramidis, Colin McDaniel, Donald Berry, Myzelle Hughes, Thomas McGee, Elsi Kaiser, Dani Byrd, Assal Habibi, B. Rael Cahn, Idan A. Blank, Kristina Lerman, Dimitrios Pantazis, Sudarsana R. Kadiri, Takfarinas Medani, Shrikanth Narayanan, Richard M. Leahy

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG) ; 信号处理 (eess.SP)

[35] arXiv:2507.22287 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 具有高阶相互作用的生态系统中的自组织生物多样性和物种丰度分布模式 显示英文标题

标题： Self-organized biodiversity and species abundance distribution patterns in ecosystems with higher-order interactions

Ju Kang, Yiyuan Niu, Yuanzhi Li, Chengjin Chu

评论： 主文：10页，3图；补充材料：17页，15图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[36] arXiv:2507.22256 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于视觉的生成建模的时空推断 显示英文标题

标题： Spatiodynamic inference using vision-based generative modelling

Jun Won Park, Kangyu Zhao, Sanket Rane

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[37] arXiv:2507.22216 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 表示偏差：通过分析表示能否实现完全理解？ 显示英文标题

标题： Representation biases: will we achieve complete understanding by analyzing representations?

Andrew Kyle Lampinen, Stephanie C. Y. Chan, Yuxuan Li, Katherine Hermann

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG)

[38] arXiv:2507.22212 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 评估在空间转录组学中整合表型特征的策略 显示英文标题

标题： Evaluating Integrative Strategies for Incorporating Phenotypic Features in Spatial Transcriptomics

Levin M Moser, Ahmad Kamal Hamid, Esteban Miglietta, Nodar Gogoberidze, Beth A Cimini

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[39] arXiv:2507.22210 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蛋白质语言模型中的缩放与数据饱和 显示英文标题

标题： Scaling and Data Saturation in Protein Language Models

Aviv Spinner, Erika DeBenedictis, Corey M. Hudson

评论： 在GenBio研讨会，ICML 2025上发表

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[40] arXiv:2507.22092 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 病理学基础模型对扫描仪敏感：对比扫描生成损失的基准和缓解 显示英文标题

标题： Pathology Foundation Models are Scanner Sensitive: Benchmark and Mitigation with Contrastive ScanGen Loss

Gianluca Carloni, Biagio Brattoli, Seongho Keum, Jongchan Park, Taebum Lee, Chang Ho Ahn, Sergio Pereira

评论： 已被接受（口头报告）于2025年MedAGI国际研讨会，MICCAI会议

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 图像与视频处理 (eess.IV) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[41] arXiv:2507.22088 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 睡眠和活动模式作为精神医学中的跨诊断行为生物标志物：DeeP-DD研究的初步见解 显示英文标题

标题： Sleep and Activity Patterns as Transdiagnostic Behavioral Biomarkers in Psychiatry: Initial Insights from the DeeP-DD study

Dylan Hamitouche, Tihare Zamorano, Youcef Barkat, Deven Parekh, Lena Palaniyappan, David Benrimoh

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[42] arXiv:2507.22087 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从流行病轨迹中确定疾病属性 显示英文标题

标题： Determining disease attributes from epidemic trajectories

Mark P. Rast, Luke I. Rast

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[43] arXiv:2507.22068 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 仿生工程强化冰复合材料以提高机械性能 显示英文标题

标题： Biomimetic Engineering of a Fortified Ice Composite with Enhanced Mechanical Properties

Chen Adar, Yulia Baron, Baruch Rofman, Maya Bar-Dolev, Liat Bahari, Victor Yashunsky, Vera Sirotinskaya, Oded Shoseyov, Ido Braslavsky

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 材料科学 (cond-mat.mtrl-sci) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[44] arXiv:2507.22067 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 视觉工作记忆中的脆弱性维度：一种基于人工智能的感知比较方法 显示英文标题

标题： Dimensions of Vulnerability in Visual Working Memory: An AI-Driven Approach to Perceptual Comparison

Yuang Cao, Jiachen Zou, Chen Wei, Quanying Liu

评论： 6页，4图，论文中展示了实验结果，已接受在CogSci 2025进行虚拟海报展示

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)

[45] arXiv:2507.22710 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于量子核方法的CAR T细胞毒性增强预测 显示英文标题

标题： Enhanced Prediction of CAR T-Cell Cytotoxicity with Quantum-Kernel Methods

Filippo Utro, Meltem Tolunay, Kahn Rhrissorrakrai, Tanvi P. Gujarati, Jie Shi, Sara Capponi, Mirko Amico, Nate Earnest-Noble, Laxmi Parida

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 量子物理 (quant-ph)

[46] arXiv:2507.22587 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 几何细胞分裂规则的深度学习 显示英文标题

标题： Deep learning of geometrical cell division rules

Alexandre Durrmeyer, Jean-Christophe Palauqui, Philippe Andrey

评论： 44页，6图，1个补充表，15个补充图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[47] arXiv:2507.22146 (交叉列表自 cs.NE) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 脉冲神经元的摆模型 显示英文标题

标题： Pendulum Model of Spiking Neurons

Joy Bose

评论： 5页，2图，1表

主题： 神经与进化计算 (cs.NE) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

2025年07月30日， 星期三 (展示 11 之 11 条目 )

[48] arXiv:2507.21871 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 视觉和语言中的表示在感知相似性的共享多维空间中汇聚 显示英文标题

标题： Representations in vision and language converge in a shared, multidimensional space of perceived similarities

Katerina Marie Simkova, Adrien Doerig, Clayton Hickey, Ian Charest

评论： 51页，15图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG)

[49] arXiv:2507.21706 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： EnTao-GPM：预测生殖系致病突变的DNA基础模型 显示英文标题

标题： EnTao-GPM: DNA Foundation Model for Predicting the Germline Pathogenic Mutations

Zekai Lin, Haoran Sun, Yucheng Guo, Yujie Yang, Yanwen Wang, Bozhen Hu, Chonghang Ye, Qirong Yang, Fan Zhong, Xiaoming Zhang, Lei Liu

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[50] arXiv:2507.21417 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于持久拓扑拉普拉斯的病毒样颗粒化学计量和稳定性的机器学习预测 显示英文标题

标题： Machine-Learning Prediction of Virus-like Particle Stoichiometry and Stability using Persistent Topological Laplacians

Xiang Liu, Xuefei Huang, Guo-Wei Wei

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[51] arXiv:2507.21348 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 探索肥胖、种族和激素受体特征在乳腺癌亚型中的相互作用 显示英文标题

标题： Exploring the Interplay of Adiposity, Ethnicity, and Hormone Receptor Profiles in Breast Cancer Subtypes

Izabel Valdez, Paramahansa Pramanik

评论： 27页，2图，4表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[52] arXiv:2507.21149 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 肿瘤类器官芯片技术在个性化肿瘤学中的简要综述 显示英文标题

标题： A Mini Review on Tumor Organoid-on-a-Chip Technologies in Personalized Oncology

Keyvan Alavi

评论： 16页，1图，2表

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[53] arXiv:2507.21140 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 性别相似性在神经层面上主导数学认知：一项使用先进小波分析和生成式人工智能的日本fMRI研究 显示英文标题

标题： Gender Similarities Dominate Mathematical Cognition at the Neural Level: A Japanese fMRI Study Using Advanced Wavelet Analysis and Generative AI

Tatsuru Kikuchi

评论： 14页，4张图，已提交至《自然》

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 一般经济学 (econ.GN)

[54] arXiv:2507.21063 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 让沉默为自己说话：一种结合神经生理数据的多模态学习分析方法 显示英文标题

标题： Make Silence Speak for Itself: a multi-modal learning analytic approach with neurophysiological data

Mingxuan Gao, Jingjing Chen, Yun Long, Xiaomeng Xu, Yu Zhang

评论： 25页，6图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算机与社会 (cs.CY)

[55] arXiv:2507.21938 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于DynamicMPNN的多状态蛋白质设计 显示英文标题

标题： Multi-state Protein Design with DynamicMPNN

Alex Abrudan, Sebastian Pujalte Ojeda, Chaitanya K. Joshi, Matthew Greenig, Felipe Engelberger, Alena Khmelinskaia, Jens Meiler, Michele Vendruscolo, Tuomas P. J. Knowles

评论： ICML 2025 基因组学研讨会

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[56] arXiv:2507.21474 (交叉列表自 cs.NE) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 海布记忆增强型循环网络：深度学习中的痕迹神经元 显示英文标题

标题： Hebbian Memory-Augmented Recurrent Networks: Engram Neurons in Deep Learning

Daniel Szelogowski

评论： 20页，11图，4表

主题： 神经与进化计算 (cs.NE) ; 人工智能 (cs.AI) ; 信息检索 (cs.IR) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[57] arXiv:2507.21404 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 数据泄露和LIT-PCBA基准中的冗余 显示英文标题

标题： Data Leakage and Redundancy in the LIT-PCBA Benchmark

Amber Huang, Ian Scott Knight, Slava Naprienko

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[58] arXiv:2507.21260 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于扩散先验的自适应多模态蛋白质即插即用方法 显示英文标题

标题： Adaptive Multimodal Protein Plug-and-Play with Diffusion-Based Priors

Amartya Banerjee, Xingyu Xu, Caroline Moosmüller, Harlin Lee

评论： 代码：https://github.com/amartya21/Adam-PnP

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年07月29日， 星期二 (展示 30 之 30 条目 )

[59] arXiv:2507.20601 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 比较和缩放fMRI特征用于脑行为预测 显示英文标题

标题： Comparing and Scaling fMRI Features for Brain-Behavior Prediction

Mikkel Schöttner Sieler, Thomas A.W. Bolton, Jagruti Patel, Patric Hagmann

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG)

[60] arXiv:2507.20406 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于拓扑的机器学习模型在预测代谢基因必需性方面明显优于通量平衡分析 显示英文标题

标题： A Topology-Based Machine Learning Model Decisively Outperforms Flux Balance Analysis in Predicting Metabolic Gene Essentiality

Justin Boone

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[61] arXiv:2507.20401 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 血液凝固的数学模型在静脉内激光治疗期间 显示英文标题

标题： Mathematical model of blood coagulation during endovenous laser therapy

Anna A. Andreeva (1), Konstantin A. Klochkov (1), Alexey I. Lobanov (1) ((1) Moscow Institute of Physics and Technology)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[62] arXiv:2507.20304 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于QUBO的热点采样和几何三元组匹配的配体构象生成 显示英文标题

标题： Ligand Pose Generation via QUBO-Based Hotspot Sampling and Geometric Triplet Matching

Pei-Kun Yang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[63] arXiv:2507.20205 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于多通道变换器的脑部疾病诊断中的有符号高阶交互 显示英文标题

标题： Signed Higher-Order Interactions for Brain Disorder Diagnosis via Multi-Channel Transformers

Dengyi Zhao, Zhiheng Zhou, Guiying Yan, Dongxiao Yu, Xingqin Qi

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 图形学 (cs.GR)

[64] arXiv:2507.19992 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： NIRS：急症护理中非侵入性呼吸支持的本体论 显示英文标题

标题： NIRS: An Ontology for Non-Invasive Respiratory Support in Acute Care

Md Fantacher Islam, Jarrod Mosier, Vignesh Subbian

评论： 提交至《美国医学信息学协会杂志》（JAMIA）

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 人工智能 (cs.AI)

[65] arXiv:2507.19979 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过逻辑回归进行随机反应网络的推断 显示英文标题

标题： Inference for stochastic reaction networks via logistic regression

Boseung Choi, Hey-Won Kang, Grzegorz A. Rempala

评论： 44页，14图

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[66] arXiv:2507.19944 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 吸引和排斥的感知偏差在生成对抗推理中自然出现 显示英文标题

标题： Attractive and Repulsive Perceptual Biases Naturally Emerge in Generative Adversarial Inference

Hyun-Jun Jeon, Hansol Choi, Oh-Sang Kwon

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[67] arXiv:2507.19805 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于序列的蛋白质-蛋白质相互作用预测及其在药物发现中的应用 显示英文标题

标题： Sequence-based protein-protein interaction prediction and its applications in drug discovery

François Charih, James R. Green, Kyle K. Biggar

评论： 32页，6图，3表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[68] arXiv:2507.19772 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 外部光照计划可以在儿童睡眠的稳态-昼夜节律-光照模型中引发夜间睡眠中断 显示英文标题

标题： External light schedules can induce nighttime sleep disruptions in a Homeostat-Circadian-Light Model for sleep in young children

Tianyong Yao, Victoria Booth

评论： 19页，8图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[69] arXiv:2507.19711 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 暴露前预防和男男性行为者中的梅毒：网络分析 显示英文标题

标题： Pre-exposure prophylaxis and syphilis in men who have sex with men: a network analysis

Esteban Vargas Bernal, Morgan Spahnie, William Miller, Abigail Turner, Joseph Tien

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[70] arXiv:2507.19659 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 两个序列在依赖位点进化模型下的分化时间后验界限 显示英文标题

标题： Posterior bounds on divergence time of two sequences under dependent-site evolutionary models

Joseph Mathews, Scott C. Schmidler

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR)

[71] arXiv:2507.19565 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 深度学习在冷冻电子显微镜和断层扫描技术推动下的结构蛋白质组学应用综述 显示英文标题

标题： Review of Deep Learning Applications to Structural Proteomics Enabled by Cryogenic Electron Microscopy and Tomography

Brady K. Zhou, Jason J. Hu, Jane K.J. Lee, Z. Hong Zhou, Demetri Terzopoulos

评论： 16页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG)

[72] arXiv:2507.19553 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 多因素驱动的水生生态系统理论建模与定量研究 显示英文标题

标题： Theoretical modeling and quantitative research on aquatic ecosystems driven by multiple factors

Haizhao Guan, Yiyuan Niu, Chuanjin Zu, Ju Kang

评论： 9页，7图

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[73] arXiv:2507.21035 (交叉列表自 cs.AI) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： GenoMAS：通过代码驱动的基因表达分析进行科学发现的多智能体框架 显示英文标题

标题： GenoMAS: A Multi-Agent Framework for Scientific Discovery via Code-Driven Gene Expression Analysis

Haoyang Liu, Yijiang Li, Haohan Wang

评论： 51页（正文13页，参考文献9页，附录29页）

主题： 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG) ; 多智能体系统 (cs.MA) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[74] arXiv:2507.21016 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从fMRI预测认知：任务和休息条件下图、Transformer和核模型的比较研究 显示英文标题

标题： Predicting Cognition from fMRI:A Comparative Study of Graph, Transformer, and Kernel Models Across Task and Rest Conditions

Jagruti Patel (1), Mikkel Schöttner (1), Thomas A. W. Bolton (1), Patric Hagmann (1) ((1) Department of Radiology, Lausanne University Hospital and University of Lausanne (CHUV-UNIL), Lausanne, Switzerland)

评论： 初稿；稍后将上传修订版

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[75] arXiv:2507.20925 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于子序列重排序预训练的零样本学习用于化合物-蛋白质相互作用 显示英文标题

标题： Zero-Shot Learning with Subsequence Reordering Pretraining for Compound-Protein Interaction

Hongzhi Zhang, Zhonglie Liu, Kun Meng, Jiameng Chen, Jia Wu, Bo Du, Di Lin, Yan Che, Wenbin Hu

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[76] arXiv:2507.20714 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于多模态特征融合和可解释人工智能的前列腺癌分类 显示英文标题

标题： Prostate Cancer Classification Using Multimodal Feature Fusion and Explainable AI

Asma Sadia Khan, Fariba Tasnia Khan, Tanjim Mahmud, Salman Karim Khan, Rishita Chakma, Nahed Sharmen, Mohammad Shahadat Hossain, Karl Andersson

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[77] arXiv:2507.20644 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 深度生成模型的进化：通过基因组连锁整合进行SNP水平的人口适应 显示英文标题

标题： Deep Generative Models of Evolution: SNP-level Population Adaptation by Genomic Linkage Incorporation

Julia Siekiera, Christian Schlötterer, Stefan Kramer

评论： 10页，5图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[78] arXiv:2507.20598 (交叉列表自 stat.ME) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Nullstrap-DE：一种校准FDR并保留DE方法功效的通用框架，应用于DESeq2和edgeR 显示英文标题

标题： Nullstrap-DE: A General Framework for Calibrating FDR and Preserving Power in DE Methods, with Applications to DESeq2 and edgeR

Chenxin Jiang, Changhu Wang, Jingyi Jessica Li

主题： 方法论 (stat.ME) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 应用 (stat.AP)

[79] arXiv:2507.20440 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： BioNeuralNet：一种基于图神经网络的多组学网络数据分析工具 显示英文标题

标题： BioNeuralNet: A Graph Neural Network based Multi-Omics Network Data Analysis Tool

Vicente Ramos (1), Sundous Hussein (1), Mohamed Abdel-Hafiz (1), Arunangshu Sarkar (2), Weixuan Liu (2), Katerina J. Kechris (2), Russell P. Bowler (3), Leslie Lange (4), Farnoush Banaei-Kashani (1) ((1) Department of Computer Science and Engineering, University of Colorado Denver, Denver, USA, (2) Department of Biostatistics and Informatics, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, USA, (3) Genomic Medicine Institute, Cleveland Clinic, Cleveland, USA, (4) Division of Biomedical Informatics and Personalized Medicine, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, USA)

评论： 6页，1图，2表；软件可在PyPI上作为BioNeuralNet获取。有关文档、教程和工作流程，请参见https://bioneuralnet.readthedocs.io

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[80] arXiv:2507.20426 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ResCap-DBP：一种轻量级残差胶囊网络，用于使用全局ProteinBERT嵌入的准确DNA结合蛋白预测 显示英文标题

标题： ResCap-DBP: A Lightweight Residual-Capsule Network for Accurate DNA-Binding Protein Prediction Using Global ProteinBERT Embeddings

Samiul Based Shuvo, Tasnia Binte Mamun, U Rajendra Acharya

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 信号处理 (eess.SP) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[81] arXiv:2507.20288 (交叉列表自 stat.ME) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 非参数方法在非线性混合效应模型实际可辨识性中的应用 显示英文标题

标题： A nonparametric approach to practical identifiability of nonlinear mixed effects models

Tyler Cassidy, Stuart T. Johnston, Michael Plank, Imke Botha, Jennifer A. Flegg, Ryan J. Murphy, Sara Hamis

主题： 方法论 (stat.ME) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[82] arXiv:2507.20189 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： NeuroCLIP：一种用于rTMS治疗的甲基苯丙胺成瘾分析的多模态对比学习方法 显示英文标题

标题： NeuroCLIP: A Multimodal Contrastive Learning Method for rTMS-treated Methamphetamine Addiction Analysis

Chengkai Wang, Di Wu, Yunsheng Liao, Wenyao Zheng, Ziyi Zeng, Xurong Gao, Hemmings Wu, Zhoule Zhu, Jie Yang, Lihua Zhong, Weiwei Cheng, Yun-Hsuan Chen, Mohamad Sawan

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[83] arXiv:2507.20130 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于3D药效团的生成分子进化用于高效的基于结构的药物设计 显示英文标题

标题： Generative molecule evolution using 3D pharmacophore for efficient Structure-Based Drug Design

Yi He, Ailun Wang, Zhi Wang, Yu Liu, Xingyuan Xu, Wen Yan

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[84] arXiv:2507.19956 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用多模态大语言模型预测大脑对自然电影的反应 显示英文标题

标题： Predicting Brain Responses To Natural Movies With Multimodal LLMs

Cesar Kadir Torrico Villanueva, Jiaxin Cindy Tu, Mihir Tripathy, Connor Lane, Rishab Iyer, Paul S. Scotti

评论： 代码可在 https://github.com/MedARC-AI/algonauts2025 获取

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 人工智能 (cs.AI) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[85] arXiv:2507.19755 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从序列片段角度建模酶的温度稳定性 显示英文标题

标题： Modeling enzyme temperature stability from sequence segment perspective

Ziqi Zhang, Shiheng Chen, Runze Yang, Zhisheng Wei, Wei Zhang, Lei Wang, Zhanzhi Liu, Fengshan Zhang, Jing Wu, Xiaoyong Pan, Hongbin Shen, Longbing Cao, Zhaohong Deng

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[86] arXiv:2507.19734 (交叉列表自 eess.IV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种代谢影像整合模型用于结直肠肝转移的预后预测 显示英文标题

标题： A Metabolic-Imaging Integrated Model for Prognostic Prediction in Colorectal Liver Metastases

Qinlong Li, Pu Sun, Guanlin Zhu, Tianjiao Liang, Honggang QI

评论： 8页，4图

主题： 图像与视频处理 (eess.IV) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[87] arXiv:2507.19637 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用肌电图信息的肌肉协同作用量化骑行时下肢肌肉协调性 显示英文标题

标题： Quantifying lower-limb muscle coordination during cycling using electromyography-informed muscle synergies

Reza Ahmadi (1), Shahram Rasoulian (2), Hamidreza Heidary (1), Saied Jalal Aboodarda (2), Thomas K. Uchida (3), Walter Herzog (1 and 2), Amin Komeili (1 and 2) ((1) Department of Mechanical and Manufacturing Engineering, University of Calgary, Calgary, Canada (2) Human Performance Laboratory, Faculty of Kinesiology, University of Calgary, Calgary, Canada (3) Department of Mechanical Engineering, University of Ottawa, Ottawa, Canada)

评论： 21页，6图

主题： 医学物理 (physics.med-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[88] arXiv:2507.19615 (交叉列表自 math.PR) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 随机切换下的种群动力学 显示英文标题

标题： Population dynamics under random switching

Alexandru Hening, Siddharth Sabharwal

评论： 72页，3图

主题： 概率 (math.PR) ; 种群与进化 (q-bio.PE)