定量生物学

2011年07月 的作者和标题

[1] arXiv:1107.0261 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 高通量基因组数据的高斯图模型方法比较研究 显示英文标题

标题： A comparative study of Gaussian Graphical Model approaches for genomic data

P.F. Stifanelli, T.M. Creanza, R. Anglani, V.C. Liuzzi, S. Mukherjee, N. Ancona

评论： 7页，1图，RevTex4，将发表于第一届模式识别、蛋白质组学、结构生物学和生物信息学国际研讨会论文集，PR PS BB 2011，意大利拉文纳，2011年9月13日

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[2] arXiv:1107.0270 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 粗粒度随机粒子反应扩散模拟算法 显示英文标题

标题： Coarse-Grained Stochastic Particle-based Reaction-Diffusion Simulation Algorithm

Thorsten Prüstel, Martin Meier-Schellersheim

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 化学物理 (physics.chem-ph)

[3] arXiv:1107.0313 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质折叠协同性中二级结构和三级结构形成的相互作用 显示英文标题

标题： Interplay between Secondary and Tertiary Structure Formation in Protein Folding Cooperativity

Tristan Bereau, Michael Bachmann, Markus Deserno

评论： 3页，3图

期刊参考： J. 美国化学会志 132, 13129-13131 (2010)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[4] arXiv:1107.0334 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 模型蛋白质折叠协同性的结构基础：从微正则系综视角获得的见解 显示英文标题

标题： Structural Basis of Folding Cooperativity in Model Proteins: Insights from a Microcanonical Perspective

Tristan Bereau, Markus Deserno, Michael Bachmann

评论： 28页，7图

期刊参考： 生物物理杂志 100, 2764-2772 (2011)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[5] arXiv:1107.0406 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在纽约州西点的斯蒂尔韦尔水库中，大嘴鲈鱼、链拟鲤、黄鲈、黑鲈和褐牛头鱼的改进型体重-长度模型演示 显示英文标题

标题： Demonstrating an Improved Length-weight Model in Largemouth Bass, Chain Pickerel, Yellow Perch, Black Crappie, and Brown Bullhead in Stilwell Reservoir, West Point, New York

Mercedes Dexter, Kyle Van Alstine, Michael Courtney, Ya'el Courtney

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[6] arXiv:1107.0641 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 噪声辅助的肿瘤-免疫细胞相互作用 显示英文标题

标题： Noise-assisted tumor-immune cells interaction

Thomas Bose, Steffen Trimper

评论： 20页，4图，1表

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[7] arXiv:1107.0716 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 单核苷酸多态性影响mRNA剪接的种群适应度和遗传负荷 显示英文标题

标题： Population Fitness and Genetic Load of Single Nucleotide Polymorphisms Affecting mRNA splicing

Peter Rogan, Eliseos Mucaki

评论： 6页，7图；ISMB

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[8] arXiv:1107.0900 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 结构要求和细胞分化网络的区分 显示英文标题

标题： Structural requirements and discrimination of cell differentiation networks

Christian Breindl, Daniella Schittler, Steffen Waldherr, Frank Allgöwer

评论： 14页，4张图表，将在2011年IFAC世界大会上发表

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[9] arXiv:1107.0997 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 面向行为-疾病模型的表征 显示英文标题

标题： Towards a characterization of behavior-disease models

Nicola Perra, Duygu Balcan, Bruno Gonçalves, Alessandro Vespignani

评论： 24页，15图

期刊参考： PLoS ONE 6（8）：e23084（2011）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[10] arXiv:1107.1027 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 矿物化胶原微纤维的失效基于机械准脆性损伤的有限元模拟 显示英文标题

标题： Failure of Mineralized Collagen Microfibrils Using Finite Element Simulation Coupled to Mechanical Quasi-brittle Damage

Abdelwahed Barkaoui (Prisme), Awad Bettamer (Prisme), Ridha Hambli (Prisme)

评论： 6；http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877705811007144

期刊参考： 工程学进展 10 (2011) 3193-3198

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[11] arXiv:1107.1100 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 网络结构和人工组装的植物-传粉者群落中的系统发育信号 显示英文标题

标题： Network structure and phylogenetic signal in an artificially assembled plant-pollinator community

James E. Cresswell, Laura Hernandez

评论： 关键词：化学生态学，群落结构，寡食性，花粉，多食性，社会性蜜蜂，独居蜂，复杂网络，互利生态系统

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[12] arXiv:1107.1507 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分子马达的干扰作为沿微管运输货物的工具 显示英文标题

标题： Jamming of molecular motors as a tool for transport cargos along microtubules

Lucas W. Rossi, Carla Goldman

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[13] arXiv:1107.1549 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 频率依赖的 Wright-Fisher 模型：扩散和非扩散近似 显示英文标题

标题： The frequency-dependent Wright-Fisher model: diffusive and non-diffusive approximations

Fabio A. C. C. Chalub, Max O. Souza

期刊参考： J. 数学生物学，68 (5)，1089--1133 (2014)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 偏微分方程分析 (math.AP)

[14] arXiv:1107.1577 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 纳米颗粒对小鼠巨噬细胞的影响 显示英文标题

标题： Effects of nanoparticles on murine macrophages

Mireille Chevallet (BBSI), Catherine Aude-Garcia (BBSI), Cécile Lelong (BBSI), Serge M. Candéias (BBSI), Sylvie Luche (BBSI), Véronique Collin-Faure (BBSI), Sarah Triboulet (BBSI), Dévy Diallo (BBSI), Hélène Diemer (IPHC-DSA), Alain van Dorsselaer (IPHC-DSA), Thierry Rabilloud (BBSI)

评论： Nanosafe2010：纳米材料安全生产和使用国际会议 2010年11月16-18日，法国格勒诺布尔，格勒诺布尔：法国（2010）

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[15] arXiv:1107.1648 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 非平衡效应在DNA微阵列中的研究：多平台研究 显示英文标题

标题： Nonequilibrium effects in DNA microarrays: a multiplatform study

Jean-Charles Walter, K. Myriam Kroll, Jef Hooyberghs, Enrico Carlon

评论： 27页，9图，1表

期刊参考： J. 物理化学 B，2011，115（20），第6732--6739页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[16] arXiv:1107.1800 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 夸祖鲁-纳塔尔省耐结核病药物的情况：原因及控制前景 显示英文标题

标题： Resistance to TB drugs in KwaZulu-Natal: causes and prospects for control

Kristina Wallengren, Fabio Scano, Paul Nunn, Bruce Margot, Sandile Buthelezi, Brian Williams, Alex Pym, Elizabeth Samuel, Fuad Mirzayev, Wilfred Nkhoma, Lindiwe Mvusi, Yogan Pillay

评论： 仅一个PDF文件

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[17] arXiv:1107.1927 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质在自由溶液中的单图像扩散系数测量 显示英文标题

标题： Single-image diffusion coefficient measurements of proteins in free solution

Shannon Kian Zareh, Michael C. DeSantis, Jonathan Kessler, Je-Luen Li, Y. M. Wang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[18] arXiv:1107.1998 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 遗传密码：蛋白质氨基酸的四种多样性类型 显示英文标题

标题： Genetic Code: Four Diversity Types of Protein Amino Acids

Miloje M. Rakocevic

评论： 63页，3图，11表，7附录

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[19] arXiv:1107.2223 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 海胆的五射线六聚体起源 显示英文标题

标题： A hexamer origin of the echinoderms' five rays

Marc H. E. de Lussanet

评论： 10页，6图

期刊参考： 进化与发展 2011, 13(2):228-238

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[20] arXiv:1107.2330 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 计算生化网络中的通量和化学势分布：人红细胞的能量平衡分析 显示英文标题

标题： Computing fluxes and chemical potential distributions in biochemical networks: energy balance analysis of the human red blood cell

Daniele De Martino, Matteo Figliuzzi, Andrea De Martino, Enzo Marinari

评论： 16页，13图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[21] arXiv:1107.2504 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 选择的分支扩散模型：从中性Wright-Fisher情形到包括突变的情形 显示英文标题

标题： A branching diffusion model of selection: from the neutral Wright-Fisher case to the one including mutations

Thierry Huillet (LPTM)

评论： 将出现在：国际数学论坛

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 概率 (math.PR)

[22] arXiv:1107.2521 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 网络算法学与皮层模型中同步的出现 显示英文标题

标题： Network algorithmics and the emergence of synchronization in cortical models

Andre Nathan, Valmir C. Barbosa

评论： 演示文稿得到改善

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[23] arXiv:1107.2611 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 动态机械网络的反卷积 显示英文标题

标题： Deconvolution of dynamic mechanical networks

Michael Hinczewski, Yann von Hansen, Roland R. Netz

评论： 9页，3图+补充材料14页，4图

期刊参考： 美国国家科学院院刊 107, 21493 (2010)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[24] arXiv:1107.2834 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 环面缩放在神经元爆发中的展示 显示英文标题

标题： A showcase of torus canards in neuronal bursters

John Burke, Mathieu Desroches, Anna M. Barry, Tasso J. Kaper, Mark A. Kramer

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 动力系统 (math.DS)

[25] arXiv:1107.2879 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于局部搜索加速的挤压与呼吸进化蒙特卡罗优化及其在参数拟合中的应用 显示英文标题

标题： Squeeze-and-Breathe Evolutionary Monte Carlo Optimisation with Local Search Acceleration and its application to parameter fitting

Mariano Beguerisse-Diaz, Baojun Wang, Radhika Desikan, Mauricio Barahona

评论： 15页，3图，6表；可用性：Matlab代码可从作者处按要求获得

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 系统与控制 (eess.SY) ; 优化与控制 (math.OC)

[26] arXiv:1107.2903 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质聚集中竞争途径的模型：膜结合蛋白的作用 显示英文标题

标题： Model for competing pathways in protein-aggregation: role of membrane bound proteins

Youval Dar, Benjamin Bairrington, Daniel Cox, Rajiv Singh

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[27] arXiv:1107.3037 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 受拉DNA局部弹性的全原子模拟研究 显示英文标题

标题： Local elasticity of strained DNA studied by all-atom simulations

Alexey K. Mazur

评论： 15页，18图，即将发表于《物理评论E》

期刊参考： 物理评论E 84, 021903, 2011

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[28] arXiv:1107.3111 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 异质神经回路中通过反馈抑制的相关性降低 显示英文标题

标题： Decorrelation by recurrent inhibition in heterogeneous neural circuits

Alberto Bernacchia, Xiao-Jing Wang

评论： 31页，10幅图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 数学物理 (math-ph)

[29] arXiv:1107.3112 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Muskellunge、Northern Pike 和 Chain Pickerel 的体重-体长关系评估，载于 Carlander 的淡水渔业生物学手册 显示英文标题

标题： An Assessment of Weight-Length Relationships for Muskellunge,Northern Pike, and Chain Pickerel In Carlander's Handbook of Freshwater Fishery Biology

Joshua Daviscourt, Joshua Huertas, Michael Courtney

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:1107.3278 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 结合位点的复合结构基序用于界定蛋白质的生物功能 显示英文标题

标题： Composite structural motifs of binding sites for delineating biological functions of proteins

Akira R. Kinjo, Haruki Nakamura

评论： 34页，7图

期刊参考： PLoS 一个 7：e31437（2012）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[31] arXiv:1107.3319 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过在现存欧亚大陆人群中的牙齿标志物映射来重建人类历史 显示英文标题

标题： Reconstructions in human history by mapping dental markers in living Eurasian populations

Vera F. Kashibadze, Olga G. Nasonova, Dmitry S. Nasonov

评论： 7页，4图，1表。被接受至《第四纪国际》（INQUA-SEQS 2010会议论文集）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[32] arXiv:1107.3410 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 抑制性神经元的发放统计学带有延迟反馈。 I. 输出 ISI 概率密度 显示英文标题

标题： Firing statistics of inhibitory neuron with delayed feedback. I. Output ISI probability density

Alexander K. Vidybida, Kseniya G. Kravchuk

评论： 23页，8图

期刊参考： 生物系统 112 (2013) 224-232

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 概率 (math.PR)

[33] arXiv:1107.3443 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： L型钙电流的定量方面 显示英文标题

标题： Quantitative aspects of L-type calcium currents

Henry C Tuckwell

评论： 92页 12图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[34] arXiv:1107.3450 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 中缝背核血清素能神经元中IA的特性 显示英文标题

标题： Properties of IA in a serotonergic neuron of the dorsal raphe nucleus

Nicholas J Penington, Henry C Tuckwell

评论： 16页，4图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[35] arXiv:1107.3459 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用标准模型预测HIV感染的持续概率 显示英文标题

标题： Predicting the probability of persistence of HIV infection with the standard model

Henry C Tuckwell, Patrick D Shipman

评论： 19页，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[36] arXiv:1107.3531 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 翻译结果：在具有质量作用动力学的翻译后修饰反应网络中的变量消去 显示英文标题

标题： Variable elimination in post-translational modification reaction networks with mass-action kinetics

Elisenda Feliu, Carsten Wiuf

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 动力系统 (math.DS)

[37] arXiv:1107.3569 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对社会 amoebae 聚类动力学的蒙特卡洛模拟 显示英文标题

标题： A Monte Carlo Simulation on Clustering Dynamics of Social Amoebae

Yipeng Yang, Y. Charles Li

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[38] arXiv:1107.3639 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 临界转换的早期预警信号：一种广义建模方法 显示英文标题

标题： Early warning signals for critical transitions: A generalized modeling approach

Steven J. Lade, Thilo Gross

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[39] arXiv:1107.3921 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分子动力学研究顺铂与DNA相互作用导致的DNA结构变化 显示英文标题

标题： Molecular Dynamics Studies of Changes in the DNA- Structure as Result of Interactions with Cisplatin

Alexander N. Issanin, Walter Langel, Patrick J. Bednarski

评论： 6页，3图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[40] arXiv:1107.4104 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于朊病毒AGAAAAGA淀粉样纤维分子建模的新颖规范对偶计算方法 显示英文标题

标题： A novel canonical dual computational approach for prion AGAAAAGA amyloid fibril molecular modeling

Jiapu Zhang, David Y. Gao, Johh Yearwood

期刊参考： J Theor Biol 284 (1) 149-157 (2011)；被选为蛋白质晶体学新闻通讯第3卷第9期，2011年9月，晶体学时报；Prions Research Today第7卷第7期，2011年7月，第14页；J Theor Biol 2011年7月至2011年9月发表的论文中评选出的前25篇最热门文章之一

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 数学物理 (math-ph) ; 优化与控制 (math.OC)

[41] arXiv:1107.4220 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 原核生物基因组中不同基础周期性的共存与DNA弯曲、超螺旋和转录的关系 显示英文标题

标题： Coexistence of different base periodicities in prokaryotic genomes as related to DNA curvature, supercoiling, and transcription

G.I. Kravatskaya, Y.V. Kravatsky, V.R. Chechetkin, V.G. Tumanyan

评论： 23页，6图，2表

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[42] arXiv:1107.4449 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 连续时间中细胞的随机二进制建模作为生化反应方程的替代方法 显示英文标题

标题： Stochastic Binary Modeling of Cells in Continuous Time as an Alternative to Biochemical Reaction Equations

Shunsuke Teraguchi, Yutaro Kumagai, Alexis Vandenbon, Shizuo Akira, Daron M Standley

评论： 10页，3图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[43] arXiv:1107.4499 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 线粒体变异作为细胞外噪声的来源 显示英文标题

标题： Mitochondrial Variability as a Source of Extrinsic Cellular Noise

Iain G. Johnston, Bernadett Gaal, Ricardo Pires das Neves, Tariq Enver, Francisco J. Iborra, Nick S. Jones

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[44] arXiv:1107.4572 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大规模脑fMRI动态的点过程分析 显示英文标题

标题： Point process analysis of large-scale brain fMRI dynamics

Enzo Tagliazucchi, Pablo Balenzuela, Daniel Fraiman, Dante R. Chialvo

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)

[45] arXiv:1107.4777 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自我辅助的变形虫状导航在复杂环境中的应用 显示英文标题

标题： Self-assisted Amoeboid Navigation in Complex Environments

Inbal Hecht, Herbert Levine, Wouter-Jan Rappel, Eshel Ben-Jacob

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[46] arXiv:1107.5095 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 边缘主成分和挤压聚类：利用系统发育定位数据的特殊结构进行样本比较 显示英文标题

标题： Edge principal components and squash clustering: using the special structure of phylogenetic placement data for sample comparison

Frederick A. Matsen, Steven N. Evans

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[47] arXiv:1107.5124 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于星形胶质细胞介导的海马突触单个突触的长时程增强的数学模型 显示英文标题

标题： A Mathematical model for Astrocytes mediated LTP at Single Hippocampal Synapses

Shivendra Tewari, Kaushik Majumdar

评论： 51页，15图，《计算神经科学杂志》（即将发表）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 动力系统 (math.DS) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[48] arXiv:1107.5192 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 表型之间的转换和种群灭绝 显示英文标题

标题： Switching between phenotypes and population extinction

Ingo Lohmar, Baruch Meerson

评论： 11页，5图。附加的讨论段落，语言小幅改进；内容与发表在《Phys. Rev. E》中的相同

期刊参考： 物理评论E 84 (2011) 051901

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[49] arXiv:1107.5212 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从单粒子衍射实验中重构二十面体病毒 显示英文标题

标题： Reconstructing an Icosahedral Virus from Single-Particle Diffraction Experiments

Dilano Saldin, Hin-Cheuck Poon, Peter Schwander, Miraj Uddin, Marius Schmidt

评论： 18页，10图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an)

[50] arXiv:1107.5338 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用贝叶斯系统发育混合模型对分子序列数据进行分类 显示英文标题

标题： Classification of molecular sequence data using Bayesian phylogenetic mixture models

Elisa Loza-Reyes, Merrilee Hurn, Tony Robinson

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)