定量生物学

2018年09月 的作者和标题

[1] arXiv:1809.00083 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用复合似然最大化和深度学习预测蛋白质残基间接触 显示英文标题

标题： Predicting protein inter-residue contacts using composite likelihood maximization and deep learning

Haicang Zhang, Qi Zhang, Fusong Ju, Jianwei Zhu, Shiwei Sun, Yujuan Gao, Ziwei Xie, Minghua Deng, Shiwei Sun, Wei-Mou Zheng, Dongbo Bu

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 方法论 (stat.ME)

[2] arXiv:1809.00250 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 种群在弯曲表面上的扩展 显示英文标题

标题： Evolution of populations expanding on curved surfaces

Daniel A. Beller, Kim M. J. Alards, Francesca Tesser, Ricardo A. Mosna, Federico Toschi, Wolfram Möbius

评论： 此预印本也已发布于 http://www.biorxiv.org，DOI: 10.1101/406280。七页，含五张图表，另附录包含三页，含一张图表

期刊参考： EPL（欧洲物理 LETTERS），123（5）：58005，2018

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[3] arXiv:1809.00449 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 化学反应网络的Bond图表示 显示英文标题

标题： Bond Graph Representation of Chemical Reaction Networks

Peter J. Gawthrop, Edmund J. Crampin

期刊参考： IEEE纳米生物学汇刊（第17卷，第4期，2018年10月）

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[4] arXiv:1809.00759 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在社区中对艰难梭菌多种来源进行建模：动物、婴儿和无症状携带者的重要性 显示英文标题

标题： Modelling diverse sources of Clostridium difficile in the community: importance of animals, infants and asymptomatic carriers

Angus McLure, Archie C. A. Clements, Martyn Kirk, Kathryn Glass

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[5] arXiv:1809.00807 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 乙醇对胰岛素二聚体稳定性的影响 显示英文标题

标题： Adverse effect of ethanol on insulin dimer stability

Puja Banerjee, Sayantan Mondal, Biman Bagchi

评论： 40页，10图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[6] arXiv:1809.00809 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在存在宿主传播或输入病例的情况下估计繁殖数的一些简单规则 显示英文标题

标题： Some simple rules for estimating reproduction numbers in the presence of reservoir exposure or imported cases

Angus McLure, Kathryn Glass

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[7] arXiv:1809.00895 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经肽Y被上调并在癌症引起的骨痛中诱导镇痛作用 显示英文标题

标题： Neuropeptide Y is up-regulated and induces antinociception in cancer-induced bone pain

Marta Diaz-delCastillo, Soren H. Christiansen, Camilla K. Appel, Sarah Falka, David P. D. Woldbye, Anne-Marie Heegaarda

评论： 23页，4图

期刊参考： 神经科学。2018年8月1日；384：111-119。2018年5月29日电子出版。PMID：29852245

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[8] arXiv:1809.01020 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 平衡网络中低发放率的自持活动 显示英文标题

标题： Self-sustained activity of low firing rate in balanced networks

Fernando Borges, Paulo Protachevicz, Rodrigo Pena, Ewandson Lameu, Guilherme Higa, Fernanda Matias, Alexandre Kihara, Chris Antonopoulos, Roberto de Pasquale, Antonio Roque, Kelly Iarosz, Peng Ji, Antonio Batista

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[9] arXiv:1809.01051 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 下一代电生理学的尖峰检测与分类扩展 显示英文标题

标题： Scaling Spike Detection and Sorting for Next Generation Electrophysiology

Matthias H. Hennig, Cole Hurwitz, Martino Sorbaro

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[10] arXiv:1809.01127 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RASSA：用于近似DNA长读取比对的电阻预对齐加速器 显示英文标题

标题： RASSA: Resistive Pre-Alignment Accelerator for Approximate DNA Long Read Mapping

Roman Kaplan, Leonid Yavits, Ran Ginosar

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 新兴技术 (cs.ET)

[11] arXiv:1809.01186 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于微CT和连续组织学切片的哺乳动物心脏的心律失常动力学 显示英文标题

标题： Dynamics of cardiac re-entry in micro-CT and serial histological sections based models of mammalian hearts

Girish S. Ramlugun, Belvin Thomas, Vadim N. Biktashev, Diane P. Fraser, Ian J. LeGrice, Bruce H. Smaill, Jichao Zhao, Irina V. Biktasheva

评论： 稿件提交至《Frontiers in Physiology》

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[12] arXiv:1809.01241 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 并行的G- duplex和C- duplex DNA，具有AgI介导的碱基对的不间断骨架 显示英文标题

标题： Parallel G-duplex and C-duplex DNA with Uninterrupted Spines of AgI-Mediated Base Pairs

Steven M. Swasey, Frederic Rosu, Stacy M. Copp, Valerie Gabelica, Elisabeth G. Gwinn

评论： 42页（12页文稿，30页补充信息）。版本3中的修改：文本中的各种小修订；图1已替换

期刊参考： J. 物理 Chem. Lett. (2018) 9(22): 6605-6610

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[13] arXiv:1809.01253 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过快速结合到弹性锚定物的运输 显示英文标题

标题： Transport Facilitated by Rapid Binding to Elastic Tethers

Ben Fogelson, James P. Keener

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[14] arXiv:1809.01263 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于更快R-CNN的内窥镜视频息肉检测高效方法 显示英文标题

标题： An Efficient Approach for Polyps Detection in Endoscopic Videos Based on Faster R-CNN

Xi Mo, Ke Tao, Quan Wang, Guanghui Wang

评论： 6页，10图，2018年国际模式识别会议

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV)

[15] arXiv:1809.01281 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： BOLD5000：5000张图像的公开fMRI数据集 显示英文标题

标题： BOLD5000: A public fMRI dataset of 5000 images

Nadine Chang, John A. Pyles, Abhinav Gupta, Michael J. Tarr, Elissa M. Aminoff

评论： 正在提交给《Scientific Data》

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV)

[16] arXiv:1809.01538 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 带有不完全母体传播和Wolbachia感染丢失的Wolbachia入侵模型的数学分析 显示英文标题

标题： Mathematical analysis of a Wolbachia invasive model with imperfect maternal transmission and loss of Wolbachia infection

Adeshina I. Adekunle, Michael T. Meehan, Emma S. McBryde

期刊参考： https://doi.org/10.1016/j.idm.2019.10.001

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[17] arXiv:1809.01699 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 数据湖、云和公共库：基因组数据分析和共享平台综述 显示英文标题

标题： Data Lakes, Clouds and Commons: A Review of Platforms for Analyzing and Sharing Genomic Data

Robert L. Grossman

评论： 28页，4图

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 计算机与社会 (cs.CY)

[18] arXiv:1809.01708 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 干细胞时空动力学的统计和数学建模 显示英文标题

标题： Statistical and mathematical modeling of spatiotemporal dynamics of stem cells

Walter de Back, Thomas Zerjatke, Ingo Roeder

评论： 将出现在《分子生物学方法》中：“干细胞动员”。 编者：Gerd Klein 和 Patrick Wuchter

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[19] arXiv:1809.01722 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 意外的锯齿状伪影出现在从患者监护数据测量的心跳到心跳脉搏传输时间中 显示英文标题

标题： Unexpected sawtooth artifact in beat-to-beat pulse transit time measured from patient monitor data

Yu-Ting Lin, Yu-Lun Lo, Chen-Yun Lin, Hau-Tieng Wu, Martin G. Frasch

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 信号处理 (eess.SP) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 应用 (stat.AP)

[20] arXiv:1809.01851 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在人脑波中引发预定的非周期性模式 显示英文标题

标题： Provoking Predetermined Aperiodic Patterns in Human Brainwaves

Richa Phogat, P. Parmananda

评论： 这是经过同行评审的最终稿件。正文有8页和10幅图，补充文本有3页和6幅图，全部合并在一个PDF文档中

期刊参考： 混沌 28，121105（2018）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[21] arXiv:1809.01878 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 线粒体异质性 显示英文标题

标题： Mitochondrial heterogeneity

Juvid Aryaman, Iain G. Johnston, Nick S. Jones

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[22] arXiv:1809.01882 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 线粒体网络状态与线粒体DNA遗传动态成比例 显示英文标题

标题： Mitochondrial network state scales mtDNA genetic dynamics

Juvid Aryaman, Charlotte Bowles, Nick S. Jones, Iain G. Johnston

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[23] arXiv:1809.01992 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 全基因组重测序揭示了用于研究须鲸物种全球迁移和杂交的诊断标记 显示英文标题

标题： Whole genome resequencing reveals diagnostic markers for investigating global migration and hybridization between minke whale species

Ketil Malde, Bjørghild B. Seliussen, María Quintela, Geir Dahle, François Besnier, Hans J. Skaug, Nils Øien, Hiroko K. Solvang, Tore Haug, Rasmus Skern-Mauritzen, Naohisa Kanda, Luis A. Pastene, Inge Jonassen, Kevin A. Glover

期刊参考： BMC 基因组学（2017）18:76

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[24] arXiv:1809.02173 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在纠缠蛋白质中检测到的序列和结构模式揭示了共翻译折叠的重要性 显示英文标题

标题： Sequence and structural patterns detected in entangled proteins reveal the importance of co-translational folding

Marco Baiesi, Enzo Orlandini, Flavio Seno, Antonio Trovato

评论： 12页，7图；补充信息：4页，5图；v3：重大修改，新标题

期刊参考： 《科学报告》（2019）9:8426

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[25] arXiv:1809.02386 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 训练反馈网络中全局稳定性的几何分析 显示英文标题

标题： A geometrical analysis of global stability in trained feedback networks

Francesca Mastrogiuseppe, Srdjan Ostojic

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[26] arXiv:1809.02503 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CoverBLIP：用于MR指纹恢复的可扩展迭代匹配滤波 显示英文标题

标题： CoverBLIP: scalable iterative matched filtering for MR Fingerprint recovery

Mohammad Golbabaee, Zhouye Chen, Yves Wiaux, Mike E. Davies

评论： 在2018年ISMRM-ESMRMB联合年会论文集中

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)

[27] arXiv:1809.02506 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 平衡多跳EPI用于加速笛卡尔MRF：螺旋MRF的替代方法 显示英文标题

标题： Balanced multi-shot EPI for accelerated Cartesian MRF: An alternative to spiral MRF

Arnold Julian Vinoj Benjamin, Pedro A. Gómez, Mohammad Golbabaee, Tim Sprenger, Marion I. Menzel, Mike E. Davies, Ian Marshall

评论： 2018年ISMRM-ESMRMB联合年会论文集 - 巴黎

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)

[28] arXiv:1809.02511 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 下一代神经场模型：模式和波浪中同步性的演化 显示英文标题

标题： A next generation neural field model: The evolution of synchrony within patterns and waves

Áine Byrne, Daniele Avitabile, Stephen Coombes

期刊参考： 物理评论E 99, 012313 (2019)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 动力系统 (math.DS) ; 模式形成与孤子 (nlin.PS)

[29] arXiv:1809.02533 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 果蝇微生物组的聚类划分和适应度景观 显示英文标题

标题： Cluster partitions and fitness landscapes of the Drosophila fly microbiome

Holger Eble, Michael Joswig, Lisa Lamberti, Will Ludington

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 度量几何 (math.MG)

[30] arXiv:1809.02623 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 可重复的效果量比不可重复的假设检验更适用于分析高通量测序数据集 显示英文标题

标题： A reproducible effect size is more useful than an irreproducible hypothesis test to analyze high throughput sequencing datasets

Andrew D. Fernandes, Michael T.H.Q. Vu, Lisa-Monique Edward, Jean M. Macklaim, Gregory B. Gloor

评论： 起草一篇论文，解释ALDEx2效应量度量的性质和用途

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[31] arXiv:1809.02849 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 静息状态下脑活动的时间序列受白质结构的限制，并受认知需求的调节 显示英文标题

标题： Temporal sequences of brain activity at rest are constrained by white matter structure and modulated by cognitive demands

Eli J. Cornblath, Arian Ashourvan, Jason Z. Kim, Richard F. Betzel, Rastko Ciric, Azeez Adebimpe, Graham L. Baum, Xiaosong He, Kosha Ruparel, Tyler M. Moore, Ruben C. Gur, Raquel E. Gur, Russell T. Shinohara, David R. Roalf, Theodore D. Satterthwaite, Danielle S. Bassett

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[32] arXiv:1809.02866 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 确认T细胞受体激活是数字的，而不是模拟的。 因此，单个T细胞的细胞毒性能力与初始刺激强度无关。 显示英文标题

标题： Confirmation that T cell receptor activation is digital, not analog. Hence individual T cell cytolytic capacity is independent of initial stimulation strength

Donald R. Forsdyke

评论： 5页，2图

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[33] arXiv:1809.02872 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 腮腺炎暴发期间两个SIR中心的最优疫苗分配 显示英文标题

标题： Optimal vaccine allocation during the mumps outbreak in two SIR centers

A. Chernov, M. Kelbert, A. Shemendyuk

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[34] arXiv:1809.02886 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 混合机制磷酸化系统中振荡的出现 显示英文标题

标题： Emergence of oscillations in a mixed-mechanism phosphorylation system

Carsten Conradi, Maya Mincheva, Anne Shiu

评论： 24页

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 代数几何 (math.AG) ; 动力系统 (math.DS)

[35] arXiv:1809.02956 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 接种疫苗人群中免疫保护力减弱的流行病学影响 显示英文标题

标题： Epidemiological impact of waning immunization on a vaccinated population

Ewa Grela, Michael Stich, Amit K Chattopadhyay

评论： 发表版本在EPJB上有11页（双栏），1张表格，10幅图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[36] arXiv:1809.03078 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分子系统学与分子系统发育建模中的对称性：来自物理学的视角 显示英文标题

标题： Systematics and symmetry in molecular phylogenetic modelling: perspectives from physics

Peter D Jarvis, Jeremy G Sumner

评论： 51页，LaTeX，3张图表。添加了少量澄清内容并更正了拼写错误

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[37] arXiv:1809.03265 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 活细胞中的单分子动力学 显示英文标题

标题： Single-molecule kinetics in living cells

Johan Elf, Irmeli Barkefors

评论： 已被《生物化学年鉴》接受发表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[38] arXiv:1809.03393 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： LUDB：一种新的用于心电图分界算法的开源验证工具 显示英文标题

标题： LUDB: a new open-access validation tool for electrocardiogram delineation algorithms

Alena I. Kalyakulina, Igor I. Yusipov, Victor A. Moskalenko, Alexander V. Nikolskiy, Konstantin A. Kosonogov, Grigory V. Osipov, Nikolai Yu. Zolotykh, Mikhail V. Ivanchenko

评论： 11页，10图，6表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 信号处理 (eess.SP) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[39] arXiv:1809.03490 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 量子物理能否帮助解决意识的难题？ 基于纠缠自旋和光子的假说 显示英文标题

标题： Can quantum physics help solve the hard problem of consciousness? A hypothesis based on entangled spins and photons

Christoph Simon

评论： 12页，约5000字

期刊参考： 意识研究杂志 26, 204 (2019)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 量子物理 (quant-ph)

[40] arXiv:1809.03587 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于光纤的光谱设备实时枚举活菌和死菌 显示英文标题

标题： Near real-time enumeration of live and dead bacteria using a fibre-based spectroscopic device

Fang Ou, Cushla McGoverin, Simon Swift, Frédérique Vanholsbeeck

评论： 13页，5图

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[41] arXiv:1809.03614 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 物种特征和群落属性解释了物种灭绝对碎屑食物网的影响 显示英文标题

标题： Species traits and community properties explain species extinction effects on detritus-based food webs

Idaline Laigle, Isabelle Aubin, Dominique Gravel

评论： 39页，4表，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[42] arXiv:1809.03732 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人类的长寿记录可能保持数十年 显示英文标题

标题： The human longevity record may hold for decades

Adam Lenart, José Manuel Aburto, Anders Stockmarr, James W. Vaupel

评论： 6页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[43] arXiv:1809.03824 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 血管生成过程中内皮单层中的解堵和向列性 flock 的理论与实验分析 显示英文标题

标题： Unjamming and nematic flocks in endothelial monolayers during angiogenesis : theoretical and experimental analysis

Horacio Lopez-Menendez, Joseph D'Alessandro

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[44] arXiv:1809.03835 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Entamoeba histolytica 中 LINEs 和 SINEs 的序列多态性分析 显示英文标题

标题： Analysis of Sequence Polymorphism of LINEs and SINEs in Entamoeba histolytica

Mohammad Sultan Alam

评论： 硕士论文（2010-2012），在贾瓦哈拉尔·尼赫鲁大学（JNU）Alok Bhattacharya教授和Ram Ramaswamy教授的指导下完成。59页，28图，8表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[45] arXiv:1809.03866 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 疟疾的随机持久性，以及一类疟疾模型平稳分布的存在性 显示英文标题

标题： The stochastic permanence of malaria, and the existence of a stationary distribution for a class of malaria models

Divine Wanduku

评论： 《生物数学国际期刊》，2020年。arXiv管理员注释：与arXiv:1808.09842文本重叠

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[46] arXiv:1809.03897 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一类疟疾流行动态模型的比较随机与确定性研究：探讨噪声对疾病根除和持续的影响 显示英文标题

标题： A comparative stochastic and deterministic study of a class of epidemic dynamic models for malaria: exploring the impacts of noise on eradication and persistence of disease

Divine Wanduku

评论： arXiv管理员注释：与arXiv:1808.09842、arXiv:1809.03866有大量文本重叠

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 应用 (stat.AP)

[47] arXiv:1809.03934 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 遗传学和神经解剖学支持癫痫功能脑网络动力学 显示英文标题

标题： Genetic and Neuroanatomical Support for Functional Brain Network Dynamics in Epilepsy

Pranav G. Reddy, Richard F. Betzel, Ankit N. Khambhati, Preya Shah, Lohith Kini, Brian Litt, Thomas H. Lucas, Kathryn A. Davis, Danielle S. Bassett

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[48] arXiv:1809.03950 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于核苷酸、词和压缩特征的病毒基因组序列分类 显示英文标题

标题： Virus genome sequence classification using features based on nucleotides, words and compression

T. Wang, M. Herbster, I.S. Mian

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[49] arXiv:1809.03961 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 特征、完成或匹配的时间尺度？ 酶动力学中临时边界分析 显示英文标题

标题： Characteristic, completion or matching timescales? An analysis of temporary boundaries in enzyme kinetics

Justin Eilertsen, Wylie Stroberg, Santiago Schnell

评论： 35页，11图

期刊参考： 《理论生物学杂志》，第481卷，2019年11月21日，第28-43页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 动力系统 (math.DS)

[50] arXiv:1809.03968 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种基于团簇的Ca2+波和振荡的肌醇1,4,5-三磷酸受体（IP3R）通道现象学模型 显示英文标题

标题： A phenomenological cluster-based model of Ca2+ waves and oscillations for Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor (IP3R) channels

Svitlana Braichenko, Atul Bhaskar, Srinandan Dasmahapatra

评论： 18页，10图

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)