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定量生物学 > 定量方法

arXiv:0906.4015 (q-bio)
[提交于 2009年6月22日 ]

标题: 电场量子真空涨落对DNA凝聚的影响

标题: Effects of Quantum Vacuum Fluctuations of the Electric Field on DNA Condensation

Authors:Alfredo Iorio, Samik Sen, Siddhartha Sen
摘要: 通过假设不仅反离子而且DNA分子也根据玻尔兹曼定律进行热分布,我们提出了一种修改后的泊松-玻尔兹曼方程作为经典水平上的起点,以计算电场量子涨落对DNA-阳离子复合物之间相互作用的影响。后者在此被建模为无限一维导线($\delta$-函数)。我们的目标是将这种由量子真空驱动的相互作用与反离子引起的和与水相关的相互作用区分开来。我们得到一种普遍的、无挫折的类似卡西米尔(余维数2)相互作用,广泛数值分析表明它是一个解释DNA聚集体形成和稳定性的良好候选者。这种卡西米尔能量是针对六边形阵列中最多19条DNA链的各种配置计算的。发现它具有很强的多体特性。
摘要: By assuming that not only counter-ions but DNA molecules as well are thermally distributed according to a Boltzmann law, we propose a modified Poisson-Boltzmann equation at the classical level as starting point to compute the effects of quantum fluctuations of the electric field on the interaction among DNA-cation complexes. The latter are modeled here as infinite one-dimensional wires ($\delta$-functions). Our goal is to single out such quantum-vacuum-driven interaction from the counterion-induced and water-related interactions. We obtain a universal, frustration-free Casimir-like (codimension 2) interaction that extensive numerical analysis show to be a good candidate to explain the formation and stability of DNA aggregates. Such Casimir energy is computed for a variety of configurations of up to 19 DNA strands in a hexagonal array. It is found to be strongly many-body.
评论: 8张图表
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft); 生物大分子 (q-bio.BM)
引用方式: arXiv:0906.4015 [q-bio.QM]
  (或者 arXiv:0906.4015v1 [q-bio.QM] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.0906.4015
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
相关 DOI: https://doi.org/10.2478/s11534-010-0037-5
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来自: Alfredo Iorio [查看电子邮件]
[v1] 星期一, 2009 年 6 月 22 日 14:16:46 UTC (173 KB)
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