定量生物学 > 种群与进化
[提交于 2011年6月14日
]
标题: abc:一个用于近似贝叶斯计算(ABC)的R包
标题: abc: an R package for Approximate Bayesian Computation (ABC)
摘要: 许多近期的统计应用涉及复杂模型下的推断,在这些模型中计算似然函数代价高昂,但模拟数据是可行的。 近似贝叶斯计算(ABC)专注于这类复杂模型,因为它通过比较观测数据和模拟数据的汇总统计量来绕过似然函数的计算。 我们介绍了R语言中的abc包,该包实现了多个ABC算法用于参数估计和模型选择。 特别是,最近开发的针对ABC的非线性异方差回归方法已被实现。 abc包还包括一个交叉验证工具,用于衡量ABC估计的准确性,以及在执行模型选择时计算误分类概率。 主要函数附带了适当的摘要和绘图工具。 以人口遗传学数据的群体推断为例,我们展示了R包的潜力。 R已经在生物信息学和生物学的几个领域得到了广泛应用。 R abc包将使ABC算法对大量的R用户可用。 abc是根据GPL许可证提供的免费R包,可以从http://cran.r-project.org/web/packages/abc/index.html下载。
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