定量生物学 > 定量方法
[提交于 2011年6月20日
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标题: 参考序列构建用于基因组的相对压缩
标题: Reference Sequence Construction for Relative Compression of Genomes
摘要: 相对压缩,其中一组相似的字符串相对于参考字符串进行压缩,是压缩包含多个相似序列的DNA数据集的一种非常有效的方法。 相对压缩执行速度快,并且也支持对底层数据的快速随机访问。 相对压缩的主要困难在于选择适当的参考序列。 在本文中,我们探讨使用Comrad、Re-pair和Dna-x算法生成的重复字典作为相对压缩的参考序列。 我们证明这种技术可以实现更好的压缩,并且同样支持随机访问。 该技术还允许使用相对压缩来压缩更一般的重复数据集。
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