生物大分子

2025年01月 的作者和标题

[1] arXiv:2501.00194 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： RNA模拟的最小模型 显示英文标题

标题： Minimal Models for RNA Simulations

D. Thirumalai, Naoto Hori, Hung T. Nguyen

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[2] arXiv:2501.01477 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蛋白质生物信息学中深度学习方法的综述及其对蛋白质设计的影响 显示英文标题

标题： A Survey of Deep Learning Methods in Protein Bioinformatics and its Impact on Protein Design

Weihang Dai

评论： 博士资格考试（2021）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[3] arXiv:2501.01768 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 重塑肽-MHC-TCR三元结合为序列融合用于免疫原性预测 显示英文标题

标题： Remodeling Peptide-MHC-TCR Triad Binding as Sequence Fusion for Immunogenicity Prediction

Jiahao Ma, Hongzong Li, Jian-Dong Huang, Ye-Fan Hu, Yifan Chen

评论： 27页 5图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[4] arXiv:2501.02282 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 小檗碱的减肥研究进展 显示英文标题

标题： Progress of the anti-obesity of Berberine

Kong Yue, Yang haokun, Nie Rong, Zhang Xuxiang, Zhang Hongtao, Nian Xin

评论： 54页，9图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[5] arXiv:2501.02526 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 几何条件分子生成的统一指导 显示英文标题

标题： Unified Guidance for Geometry-Conditioned Molecular Generation

Sirine Ayadi, Leon Hetzel, Johanna Sommer, Fabian Theis, Stephan Günnemann

评论： 第38届神经信息处理系统大会（NeurIPS）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[6] arXiv:2501.02824 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： γ-氨基丁酸（GABA）受体介导麻醉的蛋白质组学习 显示英文标题

标题： Proteomic Learning of Gamma-Aminobutyric Acid (GABA) Receptor-Mediated Anesthesia

Jian Jiang, Long Chen, Yueying Zhu, Yazhou Shi, Huahai Qiu, Bengong Zhang, Tianshou Zhou, Guo-Wei Wei

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[7] arXiv:2501.04056 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： RNA二级结构预测和RNA修饰的进展：方法、数据和应用 显示英文标题

标题： Advances in RNA secondary structure prediction and RNA modifications: Methods, data, and applications

Shu Yang, Nhat Truong Pham, Ziyang Li, Jae Young Baik, Joseph Lee, Tianhua Zhai, Weicheng Yu, Bojian Hou, Tianqi Shang, Weiqing He, Duy Duong-Tran, Mayur Naik, Li Shen

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[8] arXiv:2501.04258 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： RNA类似基序的宇宙有多大？ 使用拓扑描述符对RNA图基序进行聚类分析 显示英文标题

标题： How Large is the Universe of RNA-Like Motifs? A Clustering Analysis of RNA Graph Motifs Using Topological Descriptors

Rui Wang, Tamar Schlick

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[9] arXiv:2501.05457 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 生成药物发现的丛林：陷阱、宝藏和出路 显示英文标题

标题： The Jungle of Generative Drug Discovery: Traps, Treasures, and Ways Out

Rıza Özçelik, Francesca Grisoni

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[10] arXiv:2501.05607 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用摩根指纹作为特征的深度神经网络模型预测ErbB抑制剂的结合亲和力 显示英文标题

标题： Prediction of Binding Affinity for ErbB Inhibitors Using Deep Neural Network Model with Morgan Fingerprints as Features

La Ode Aman

评论： 40页，1个图形摘要，2个图表，6个附录

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[11] arXiv:2501.05644 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于残基级检测的可解释酶功能预测 显示英文标题

标题： Interpretable Enzyme Function Prediction via Residue-Level Detection

Zhao Yang, Bing Su, Jiahao Chen, Ji-Rong Wen

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[12] arXiv:2501.06371 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 颜色：基于组合线性运算的蛋白质序列表示，用于识别单体对性质的贡献 显示英文标题

标题： COLOR: A compositional linear operation-based representation of protein sequences for identification of monomer contributions to properties

Akash Pandey, Wei Chen, Sinan Keten

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[13] arXiv:2501.15055 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 配体在蛋白质口袋中的对接 显示英文标题

标题： Group Ligands Docking to Protein Pockets

Jiaqi Guan, Jiahan Li, Xiangxin Zhou, Xingang Peng, Sheng Wang, Yunan Luo, Jian Peng, Jianzhu Ma

评论： 18页，发表于ICLR 2025

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[14] arXiv:2501.15631 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： BoKDiff：针对目标的3D分子生成的最优K扩散对齐 显示英文标题

标题： BoKDiff: Best-of-K Diffusion Alignment for Target-Specific 3D Molecule Generation

Ali Khodabandeh Yalabadi, Mehdi Yazdani-Jahromi, Ozlem Ozmen Garibay

评论： 本文正在接受ISMB/ECCB 2025的审稿

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[15] arXiv:2501.15799 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 分子进化机制能否增强分子表示？ 显示英文标题

标题： Can Molecular Evolution Mechanism Enhance Molecular Representation?

Kun Li, Longtao Hu, Xiantao Cai, Jia Wu, Wenbin Hu

评论： 9页，6图，5表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[16] arXiv:2501.17901 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 分子指纹是肽功能预测的强大模型 显示英文标题

标题： Molecular Fingerprints Are Strong Models for Peptide Function Prediction

Jakub Adamczyk, Piotr Ludynia, Wojciech Czech

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[17] arXiv:2501.18909 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： HIV-1治疗期间无法抑制的病毒血症符合分子病毒学 显示英文标题

标题： Nonsuppressible viremia during HIV-1 therapy meets molecular virology

Xiangshuai Liu

评论： 重要：仅给出翻译结果，不要在输出中夹杂任何解释说明或注释。

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[18] arXiv:2501.02424 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 立体化学约束对折叠蛋白质结构特性的影响 显示英文标题

标题： The effect of stereochemical constraints on the structural properties of folded proteins

Jack A. Logan, Jacob Sumner, Alex T. Grigas, Mark D. Shattuck, Corey S. OHern

评论： 14页，9图

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[19] arXiv:2501.03235 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 由DNA组成的神经网络 显示英文标题

标题： Neural networks consisting of DNA

Michael te Vrugt

评论： 书籍章节，即将出版于：《人工智能与智能物质》，施普林格出版社，查姆

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 人工智能 (cs.AI) ; 神经与进化计算 (cs.NE) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[20] arXiv:2501.05109 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： EquiBoost：一种用于分子构象生成的等变提升方法 显示英文标题

标题： EquiBoost: An Equivariant Boosting Approach to Molecular Conformation Generation

Yixuan Yang, Xingyu Fang, Zhaowen Cheng, Pengju Yan, Xiaolin Li

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[21] arXiv:2501.06615 (交叉列表自 math.NA) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种非局部尺寸修正的泊松-玻尔兹曼模型及其用于多物种离子溶液中蛋白质的有限元求解器 显示英文标题

标题： A Nonlocal size modified Poisson-Boltzmann Model and Its Finite Element Solver for Protein in Multi-Species Ionic Solution

Dexuan Xie, Liam Jemison, Yi Jiang

评论： 30页，7图，3表

主题： 数值分析 (math.NA) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[22] arXiv:2501.08508 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于分数的3D分子生成与神经场 显示英文标题

标题： Score-based 3D molecule generation with neural fields

Matthieu Kirchmeyer, Pedro O. Pinheiro, Saeed Saremi

评论： 神经信息处理系统大会 2024

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[23] arXiv:2501.08754 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质动力学非遍历性的研究 显示英文标题

标题： Investigation on non-ergodicity of protein dynamics

Luca Maggi

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[24] arXiv:2501.10004 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 静态三维结构在间期染色体中决定远端位点对之间的快速动力学 显示英文标题

标题： Static Three-Dimensional Structures Determine Fast Dynamics Between Distal Loci Pairs in Interphase Chromosomes

Guang Shi, Sucheol Shin, D. Thirumalai

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[25] arXiv:2501.10282 (交叉列表自 cs.CE) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 大规模语言模型（LLMs）时代的计算蛋白质科学 显示英文标题

标题： Computational Protein Science in the Era of Large Language Models (LLMs)

Wenqi Fan, Yi Zhou, Shijie Wang, Yuyao Yan, Hui Liu, Qian Zhao, Le Song, Qing Li

主题： 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[26] arXiv:2501.12750 (交叉列表自 cs.GR) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： VTX：实时高性能分子结构和动力学可视化软件 显示英文标题

标题： VTX: Real-time high-performance molecular structure and dynamics visualization software

Maxime Maria, Simon Guionnière, Nicolas Dacquay, Cyprien Plateau-Holleville, Valentin Guillaume, Vincent Larroque, Jean Lardé, Yassine Naimi, Jean-Philip Piquemal, Guillaume Levieux, Nathalie Lagarde, Stéphane Mérillou, Matthieu Montes

评论： 5页，1图，从 http://vtx.drugdesign.fr 下载VTX，关注 https://github.com/VTX-Molecular-Visualization 的开发情况

期刊参考： 生物信息学 2025，btaf295

主题： 图形学 (cs.GR) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[27] arXiv:2501.14469 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 佩斯蒂-基因：释放生成分子方法用于毒性感知的农药设计 显示英文标题

标题： Pesti-Gen: Unleashing a Generative Molecule Approach for Toxicity Aware Pesticide Design

Taehan Kim, Wonduk Seo

评论： 被RECOMB 2025海报展示接收

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[28] arXiv:2501.16391 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于人类认知模式的归纳关联元学习流程用于未见过的药物-靶点相互作用预测 显示英文标题

标题： Inductive-Associative Meta-learning Pipeline with Human Cognitive Patterns for Unseen Drug-Target Interaction Prediction

Xiaoqing Lian, Jie Zhu, Tianxu Lv, Shiyun Nie, Hang Fan, Guosheng Wu, Yunjun Ge, Lihua Li, Xiangxiang Zeng, Xiang Pan

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[29] arXiv:2501.17647 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用微毛细管阵列的表达构建体高通量筛选 显示英文标题

标题： High Throughput Screening of Expression Constructs using Microcapillary Arrays

Khushank Singhal, Harry Adamson, Thomas Baer, Howard Salis, Melik Demirel

评论： 30页，6图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[30] arXiv:2501.18439 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MolGraph-xLSTM：一种基于图的双层xLSTM框架，结合多头专家混合以增强分子表示和可解释性 显示英文标题

标题： MolGraph-xLSTM: A graph-based dual-level xLSTM framework with multi-head mixture-of-experts for enhanced molecular representation and interpretability

Yan Sun, Yutong Lu, Yan Yi Li, Zihao Jing, Carson K. Leung, Pingzhao Hu

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[31] arXiv:2501.18651 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 水合电缆细菌在长距离上表现出质子导电性 显示英文标题

标题： Hydrated Cable Bacteria Exhibit Protonic Conductivity Over Long Distances

Bradley G. Lusk, Sheba Morgan, Shawn P. Mulvaney, Brandon Blue, Samuel W. LaGasse, Cory D. Cress, Jesper T. Bjerg, Woo K. Lee, Brian J. Eddie, Jeremy T. Robinson

评论： 31页，4图

期刊参考： PNAS 第122卷 第4期 e2416008122 (2025)

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 材料科学 (cond-mat.mtrl-sci) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)