定量生物学

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2025年07月29日， 星期二 (继续， 展示 最后 30 之 23 条目 )

[55] arXiv:2507.19944 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 吸引和排斥的感知偏差在生成对抗推理中自然出现 显示英文标题

标题： Attractive and Repulsive Perceptual Biases Naturally Emerge in Generative Adversarial Inference

Hyun-Jun Jeon, Hansol Choi, Oh-Sang Kwon

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[56] arXiv:2507.19805 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于序列的蛋白质-蛋白质相互作用预测及其在药物发现中的应用 显示英文标题

标题： Sequence-based protein-protein interaction prediction and its applications in drug discovery

François Charih, James R. Green, Kyle K. Biggar

评论： 32页，6图，3表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[57] arXiv:2507.19772 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 外部光照计划可以在儿童睡眠的稳态-昼夜节律-光照模型中引发夜间睡眠中断 显示英文标题

标题： External light schedules can induce nighttime sleep disruptions in a Homeostat-Circadian-Light Model for sleep in young children

Tianyong Yao, Victoria Booth

评论： 19页，8图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[58] arXiv:2507.19711 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 暴露前预防和男男性行为者中的梅毒：网络分析 显示英文标题

标题： Pre-exposure prophylaxis and syphilis in men who have sex with men: a network analysis

Esteban Vargas Bernal, Morgan Spahnie, William Miller, Abigail Turner, Joseph Tien

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[59] arXiv:2507.19659 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 两个序列在依赖位点进化模型下的分化时间后验界限 显示英文标题

标题： Posterior bounds on divergence time of two sequences under dependent-site evolutionary models

Joseph Mathews, Scott C. Schmidler

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR)

[60] arXiv:2507.19565 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 深度学习在冷冻电子显微镜和断层扫描技术推动下的结构蛋白质组学应用综述 显示英文标题

标题： Review of Deep Learning Applications to Structural Proteomics Enabled by Cryogenic Electron Microscopy and Tomography

Brady K. Zhou, Jason J. Hu, Jane K.J. Lee, Z. Hong Zhou, Demetri Terzopoulos

评论： 16页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG)

[61] arXiv:2507.19553 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 多因素驱动的水生生态系统理论建模与定量研究 显示英文标题

标题： Theoretical modeling and quantitative research on aquatic ecosystems driven by multiple factors

Haizhao Guan, Yiyuan Niu, Chuanjin Zu, Ju Kang

评论： 9页，7图

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[62] arXiv:2507.21035 (交叉列表自 cs.AI) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： GenoMAS：通过代码驱动的基因表达分析进行科学发现的多智能体框架 显示英文标题

标题： GenoMAS: A Multi-Agent Framework for Scientific Discovery via Code-Driven Gene Expression Analysis

Haoyang Liu, Yijiang Li, Haohan Wang

评论： 51页（正文13页，参考文献9页，附录29页）

主题： 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG) ; 多智能体系统 (cs.MA) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[63] arXiv:2507.21016 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从fMRI预测认知：任务和休息条件下图、Transformer和核模型的比较研究 显示英文标题

标题： Predicting Cognition from fMRI:A Comparative Study of Graph, Transformer, and Kernel Models Across Task and Rest Conditions

Jagruti Patel (1), Mikkel Schöttner (1), Thomas A. W. Bolton (1), Patric Hagmann (1) ((1) Department of Radiology, Lausanne University Hospital and University of Lausanne (CHUV-UNIL), Lausanne, Switzerland)

评论： 初稿；稍后将上传修订版

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[64] arXiv:2507.20925 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于子序列重排序预训练的零样本学习用于化合物-蛋白质相互作用 显示英文标题

标题： Zero-Shot Learning with Subsequence Reordering Pretraining for Compound-Protein Interaction

Hongzhi Zhang, Zhonglie Liu, Kun Meng, Jiameng Chen, Jia Wu, Bo Du, Di Lin, Yan Che, Wenbin Hu

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[65] arXiv:2507.20714 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于多模态特征融合和可解释人工智能的前列腺癌分类 显示英文标题

标题： Prostate Cancer Classification Using Multimodal Feature Fusion and Explainable AI

Asma Sadia Khan, Fariba Tasnia Khan, Tanjim Mahmud, Salman Karim Khan, Rishita Chakma, Nahed Sharmen, Mohammad Shahadat Hossain, Karl Andersson

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[66] arXiv:2507.20644 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 深度生成模型的进化：通过基因组连锁整合进行SNP水平的人口适应 显示英文标题

标题： Deep Generative Models of Evolution: SNP-level Population Adaptation by Genomic Linkage Incorporation

Julia Siekiera, Christian Schlötterer, Stefan Kramer

评论： 10页，5图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[67] arXiv:2507.20598 (交叉列表自 stat.ME) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Nullstrap-DE：一种校准FDR并保留DE方法功效的通用框架，应用于DESeq2和edgeR 显示英文标题

标题： Nullstrap-DE: A General Framework for Calibrating FDR and Preserving Power in DE Methods, with Applications to DESeq2 and edgeR

Chenxin Jiang, Changhu Wang, Jingyi Jessica Li

主题： 方法论 (stat.ME) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 应用 (stat.AP)

[68] arXiv:2507.20440 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： BioNeuralNet：一种基于图神经网络的多组学网络数据分析工具 显示英文标题

标题： BioNeuralNet: A Graph Neural Network based Multi-Omics Network Data Analysis Tool

Vicente Ramos (1), Sundous Hussein (1), Mohamed Abdel-Hafiz (1), Arunangshu Sarkar (2), Weixuan Liu (2), Katerina J. Kechris (2), Russell P. Bowler (3), Leslie Lange (4), Farnoush Banaei-Kashani (1) ((1) Department of Computer Science and Engineering, University of Colorado Denver, Denver, USA, (2) Department of Biostatistics and Informatics, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, USA, (3) Genomic Medicine Institute, Cleveland Clinic, Cleveland, USA, (4) Division of Biomedical Informatics and Personalized Medicine, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, USA)

评论： 6页，1图，2表；软件可在PyPI上作为BioNeuralNet获取。有关文档、教程和工作流程，请参见https://bioneuralnet.readthedocs.io

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[69] arXiv:2507.20426 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ResCap-DBP：一种轻量级残差胶囊网络，用于使用全局ProteinBERT嵌入的准确DNA结合蛋白预测 显示英文标题

标题： ResCap-DBP: A Lightweight Residual-Capsule Network for Accurate DNA-Binding Protein Prediction Using Global ProteinBERT Embeddings

Samiul Based Shuvo, Tasnia Binte Mamun, U Rajendra Acharya

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 信号处理 (eess.SP) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[70] arXiv:2507.20288 (交叉列表自 stat.ME) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 非参数方法在非线性混合效应模型实际可辨识性中的应用 显示英文标题

标题： A nonparametric approach to practical identifiability of nonlinear mixed effects models

Tyler Cassidy, Stuart T. Johnston, Michael Plank, Imke Botha, Jennifer A. Flegg, Ryan J. Murphy, Sara Hamis

主题： 方法论 (stat.ME) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[71] arXiv:2507.20189 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： NeuroCLIP：一种用于rTMS治疗的甲基苯丙胺成瘾分析的多模态对比学习方法 显示英文标题

标题： NeuroCLIP: A Multimodal Contrastive Learning Method for rTMS-treated Methamphetamine Addiction Analysis

Chengkai Wang, Di Wu, Yunsheng Liao, Wenyao Zheng, Ziyi Zeng, Xurong Gao, Hemmings Wu, Zhoule Zhu, Jie Yang, Lihua Zhong, Weiwei Cheng, Yun-Hsuan Chen, Mohamad Sawan

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[72] arXiv:2507.20130 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于3D药效团的生成分子进化用于高效的基于结构的药物设计 显示英文标题

标题： Generative molecule evolution using 3D pharmacophore for efficient Structure-Based Drug Design

Yi He, Ailun Wang, Zhi Wang, Yu Liu, Xingyuan Xu, Wen Yan

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[73] arXiv:2507.19956 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用多模态大语言模型预测大脑对自然电影的反应 显示英文标题

标题： Predicting Brain Responses To Natural Movies With Multimodal LLMs

Cesar Kadir Torrico Villanueva, Jiaxin Cindy Tu, Mihir Tripathy, Connor Lane, Rishab Iyer, Paul S. Scotti

评论： 代码可在 https://github.com/MedARC-AI/algonauts2025 获取

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 人工智能 (cs.AI) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[74] arXiv:2507.19755 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从序列片段角度建模酶的温度稳定性 显示英文标题

标题： Modeling enzyme temperature stability from sequence segment perspective

Ziqi Zhang, Shiheng Chen, Runze Yang, Zhisheng Wei, Wei Zhang, Lei Wang, Zhanzhi Liu, Fengshan Zhang, Jing Wu, Xiaoyong Pan, Hongbin Shen, Longbing Cao, Zhaohong Deng

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[75] arXiv:2507.19734 (交叉列表自 eess.IV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种代谢影像整合模型用于结直肠肝转移的预后预测 显示英文标题

标题： A Metabolic-Imaging Integrated Model for Prognostic Prediction in Colorectal Liver Metastases

Qinlong Li, Pu Sun, Guanlin Zhu, Tianjiao Liang, Honggang QI

评论： 8页，4图

主题： 图像与视频处理 (eess.IV) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[76] arXiv:2507.19637 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用肌电图信息的肌肉协同作用量化骑行时下肢肌肉协调性 显示英文标题

标题： Quantifying lower-limb muscle coordination during cycling using electromyography-informed muscle synergies

Reza Ahmadi (1), Shahram Rasoulian (2), Hamidreza Heidary (1), Saied Jalal Aboodarda (2), Thomas K. Uchida (3), Walter Herzog (1 and 2), Amin Komeili (1 and 2) ((1) Department of Mechanical and Manufacturing Engineering, University of Calgary, Calgary, Canada (2) Human Performance Laboratory, Faculty of Kinesiology, University of Calgary, Calgary, Canada (3) Department of Mechanical Engineering, University of Ottawa, Ottawa, Canada)

评论： 21页，6图

主题： 医学物理 (physics.med-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[77] arXiv:2507.19615 (交叉列表自 math.PR) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 随机切换下的种群动力学 显示英文标题

标题： Population dynamics under random switching

Alexandru Hening, Siddharth Sabharwal

评论： 72页，3图

主题： 概率 (math.PR) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

2025年07月28日， 星期一 (展示 18 之 18 条目 )

[78] arXiv:2507.19416 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 去甲肾上腺能调节对吸气神经元异质性反应的双重机制 显示英文标题

标题： Dual Mechanisms for Heterogeneous Responses of Inspiratory Neurons to Noradrenergic Modulation

Sreshta Venkatakrishnan, Andrew K. Tryba, Alfredo J. Garcia 3rd, Yangyang Wang

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 动力系统 (math.DS)

[79] arXiv:2507.19395 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 暂停翻译：一种针对核糖体靶向抗生素的转录长度依赖性影响的模型 显示英文标题

标题： Paused in translation: A model for the transcript length-dependent impact of ribosome-targeting antibiotics

Johannes Keisers, Norbert Kern, Luca Ciandrini

评论： 15页，10图

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[80] arXiv:2507.19375 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 潜变量-X：一种用于从头设计蛋白质结合剂的原子级前沿模型 显示英文标题

标题： Latent-X: An Atom-level Frontier Model for De Novo Protein Binder Design

Latent Labs Team: Alex Bridgland, Jonathan Crabbé, Henry Kenlay, Daniella Pretorius, Sebastian M. Schmon, Agrin Hilmkil, Rebecca Bartke-Croughan, Robin Rombach, Michael Flashman, Tomas Matteson, Simon Mathis, Alexander W. R. Nelson, David Yuan, Annette Obika, Simon A. A. Kohl

评论： 罗宾·罗姆巴奇和亚历山大·W·R·内尔森作为潜在实验室的顾问对本工作做出了贡献。迈克尔·弗拉什曼在潜在实验室任职期间对本工作做出了贡献。

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[81] arXiv:2507.19331 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 无线电遥测系统的设计用于动物追踪 显示英文标题

标题： Design of radiotelemetry systems for animal tracking

Laila Kazimierski, Guillermo Abramson, Nicolás Catalano

评论： 16页

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[82] arXiv:2507.19314 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 巨噬细胞在斑马鱼伤口愈合过程中形态动力学景观 显示英文标题

标题： The Morpho-Kinetic Landscape of Macrophage Modes During Wound Healing in Zebrafish

Seol Ah Park, Giulia Lupi, Resul Ozbilgic, Michal Kollar, Aneta A. Ozvat, Mai Nguyen-Chi, Karol Mikula

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[83] arXiv:2507.19220 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 混合遗传背景比近交的C57BL/6J小鼠更能再现发育和精神疾病表型及异质性 显示英文标题

标题： Mixed genetic background better recapitulates developmental and psychiatric phenotypes and heterogeneity than inbred C57BL/6J mice

Ana Dudas (PRC), Ana Novak (CBM), Caroline Gora (PRC), Emmanuel Pecnard (PRC), Nicolas Azzopardi (PRC), Séverine Morisset-Lopez (CBM), Lucie P. Pellissier (PRC)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[84] arXiv:2507.19194 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 动手增长定律理论手册 显示英文标题

标题： The Hands-On Growth Laws Theory Cookbook

Rossana Droghetti, Mattia Corigliano, Ludovico Calabrese, Philippe Fuchs, Abhishek Vaidyanathan, Johannes Keisers, Gabriele Micali, Marco Cosentino Lagomarsino, Luca Ciandrini

评论： 56页，9图，提交至PRX Life

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[85] arXiv:2507.19021 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过相分离的最优感知 显示英文标题

标题： Optimal sensing through phase separation

Henry Alston, Mason Rouches, Arvind Murugan, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[86] arXiv:2507.19011 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： PKAG-DDI：用于药物-药物相互作用事件文本生成的成对知识增强语言模型 显示英文标题

标题： PKAG-DDI: Pairwise Knowledge-Augmented Language Model for Drug-Drug Interaction Event Text Generation

Ziyan Wang, Zhankun Xiong, Feng Huang, Wen Zhang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[87] arXiv:2507.18887 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 自组织驱动干细胞衍生类器官的对称性破缺、尺度和临界生长转变 显示英文标题

标题： Self-organization drives symmetry-breaking, scaling, and critical growth transitions in stem cell-derived organoids

Daniel Aguilar-Hidalgo, Joel Ostblom, M Mona Siu, Divy Raval, Ajinkya Ghagre, Tiam Heydari, Benjamin McMaster, Jonathan Gui, Nicolas Werschler, Mukul Tewary, Peter W. Zandstra

评论： 9页，3图

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[88] arXiv:2507.18832 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于免疫浸润的风险评分系统在结直肠腺癌中的预后分层应用 显示英文标题

标题： An Immune Infiltration-Based Risk Scoring System for Prognostic Stratification in Colorectal Adenocarcinoma

Oluwafemi Ogundare

评论： 12页，7图

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[89] arXiv:2507.18772 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 表征（多）半定向系统发生网络 显示英文标题

标题： Characterizing (multi-)semi-directed phylogenetic networks

Niels Holtgrefe, Katharina T. Huber, Leo van Iersel, Mark Jones, Vincent Moulton

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 组合数学 (math.CO)

[90] arXiv:2507.18765 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 将繁殖力-存活力权衡加入具有成熟延迟的离散种群模型 显示英文标题

标题： Adding a fecundity-survival trade-off to a discrete population model with maturation delay

Christopher J. Greyson-Gaito, Sabrina H. Streipert, Gail S.K. Wolkowicz

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[91] arXiv:2507.18642 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 乳腺簇聚类：基于上下文簇聚的多视角三级信息融合用于乳腺摄影中的病灶定位和分类 显示英文标题

标题： Mammo-Clustering: Context Clustering based Multi-view Tri Level Information Fusion for Lesion Location and Classification in Mammography

Shilong Yang, Chulong Zhang, Xiaokun Liang, Qi Zang, Juan Yu, Liang Zeng, Xiao Luo, Yexuan Xing, Xin Pan, Qi Li, Linlin Shen, Yaoqin Xie

评论： 12页，7图

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[92] arXiv:2507.19341 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 竞争性化学梯度改变趋化动力学和细胞分布 显示英文标题

标题： Competing chemical gradients change chemotactic dynamics and cell distribution

Emiliano Perez Ipiña, Brian A. Camley

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[93] arXiv:2507.19218 (交叉列表自 cs.HC) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 技术性妄想症：人工智能聊天机器人与精神疾病之间的反馈回路 显示英文标题

标题： Technological folie à deux: Feedback Loops Between AI Chatbots and Mental Illness

Sebastian Dohnány, Zeb Kurth-Nelson, Eleanor Spens, Lennart Luettgau, Alastair Reid, Iason Gabriel, Christopher Summerfield, Murray Shanahan, Matthew M Nour

主题： 人机交互 (cs.HC) ; 人工智能 (cs.AI) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[94] arXiv:2507.18850 (交叉列表自 eess.IV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： X-核磁共振波谱成像的敏感度图估计 显示英文标题

标题： Estimating Sensitivity Maps for X-Nuclei Magnetic Resonance Spectroscopic Imaging

Nicholas Dwork, Jeremy W. Gordon, Shuyu Tang, Peder E. Z. Larson

主题： 图像与视频处理 (eess.IV) ; 医学物理 (physics.med-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[95] arXiv:2505.02945 (交叉列表自 cs.CY) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 经济交换的认知基础：基于行为证据的模块化框架 显示英文标题

标题： The Cognitive Foundations of Economic Exchange: A Modular Framework Grounded in Behavioral Evidence

Egil Diau

评论： 本版本用更清晰的语言和改进的结构更新了立场论文。同时修正了措辞和格式上的小错误。框架的设定、范围或建模领域没有变化，核心贡献仍是一个可用于计算机科学工程（cs.CE）/多智能体系统（cs.MA）的可模拟、基于代理的框架。

主题： 计算机与社会 (cs.CY) ; 人工智能 (cs.AI) ; 多智能体系统 (cs.MA)