定量生物学

2011年02月 的作者和标题

[1] arXiv:1102.0030 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过 ABELtrap 在溶液中操控脂质体以监测单个膜蛋白的动力学 显示英文标题

标题： Monitoring single membrane protein dynamics in a liposome manipulated in solution by the ABELtrap

Torsten Rendler, Marc Renz, Eva Hammann, Stefan Ernst, Nawid Zarrabi, Michael Boersch

评论： 12页，10图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[2] arXiv:1102.0052 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 中性理论动力学问题的一种特殊解决方案 显示英文标题

标题： A niche remedy for the dynamical problems of neutral theory

Andrew E. Noble, William F. Fagan

评论： 47页，4张图，已被《理论生态学》接收

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[3] arXiv:1102.0113 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： P-糖蛋白药物转运机制的单分子荧光共振能量转移监测 显示英文标题

标题： Drug transport mechanism of P-glycoprotein monitored by single molecule fluorescence resonance energy transfer

Stefan Ernst, Brandy Verhalen, Nawid Zarrabi, Stephan Wilkens, Michael Boersch

评论： 10页，7图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[4] arXiv:1102.0166 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 突触连接的Hebb学习：几何视角 显示英文标题

标题： Hebbian learning of recurrent connections: a geometrical perspective

Mathieu N. Galtier, Olivier D. Faugeras, Paul C. Bressloff

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[5] arXiv:1102.0207 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于特征模型与无性Wright-Fisher模型之间的数学关系 显示英文标题

标题： On a mathematical relation between the Eigen model and the asexual Wright-Fisher model

Fabio Musso

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[6] arXiv:1102.0272 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 渐进达尔文进化的一个简单数学模型：在适应性梯度上出现高斯性状分布 显示英文标题

标题： A simple mathematical model of gradual Darwinian evolution: Emergence of a Gaussian trait distribution in adaptation along a fitness gradient

Vadim N. Biktashev

评论： 21页，2张图表，已接受发表于《数学生物学杂志》2013年3月12日

期刊参考： J. 数学生物学，68(5):1225-1248，2014

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[7] arXiv:1102.0309 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： “Lassoing”一个系统发育树 I：基本性质、分解和覆盖 显示英文标题

标题： `Lassoing' a phylogenetic tree I: Basic properties, shellings, and covers

A.W.M. Dress, K.T. Huber, M. Steel

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 数据结构与算法 (cs.DS)

[8] arXiv:1102.0448 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人类基因组与十年后的药物发现 未走的道路 显示英文标题

标题： The human genome and drug discovery after a decade. Roads (still) not taken

Ruth Isserlin, Gary D. Bader, Aled Edwards, Stephen Frye, Timothy Willson, Frank H. Yu

评论： 14页，5图

期刊参考： 自然 470，163-165（2011年2月10日）

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[9] arXiv:1102.0566 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 模型皮层关联场解释了人类轮廓感知的时间过程和对目标复杂性的依赖性 显示英文标题

标题： Model Cortical Association Fields Account for the Time Course and Dependence on Target Complexity of Human Contour Perception

Vadas Gintautas, Michael I. Ham, Benjamin Kunsberg, Shawn Barr, Steven P. Brumby, Craig Rasmussen, John S. George, Ilya Nemenman, Luis M. A. Bettencourt, Garrett T. Kenyon

评论： 18页，8图

期刊参考： PLoS 计算生物学 7(10): e1002162，2011

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[10] arXiv:1102.0817 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人类眼睛诞生地的自然图像 显示英文标题

标题： Natural images from the birthplace of the human eye

Gašper Tkačik, Patrick Garrigan, Charles Ratliff, Grega Milčinski, Jennifer M Klein, Lucia H Seyfarth, Peter Sterling, David Brainard, Vijay Balasubramanian

评论： 提交至《PLOS ONE》

期刊参考： PLoS ONE 6：e20409（2011）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV)

[11] arXiv:1102.0933 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 持续的爱泼斯坦-巴尔病毒感是否能作为免疫反应的条件反射引发慢性疲劳综合征？ 显示英文标题

标题： Can persistent Epstein-Barr virus infection induce Chronic Fatigue Syndrome as a Pavlov reflex of the immune response?

Elena Agliari, Adriano Barra, Kristian Gervasi Vidal, Francesco Guerra

评论： 26页，9张图；将发表于《J. Bio. Dyn》

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[12] arXiv:1102.1384 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 感知中的关系动力学：对试次间变异的影响 显示英文标题

标题： Relational Dynamics in Perception: Impacts on trial-to-trial variation

Shimon Marom, Avner Wallach

评论： 11页，3图

期刊参考： 前沿计算神经科学（2011）5:16

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[13] arXiv:1102.1707 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 共线特征会损害大鼠的视觉检测 显示英文标题

标题： Collinear features impair visual detection by rats

Philip Meier, Erik Flister, Pamela Reinagel

评论： 前两位作者贡献相同；稿件目前处于同行评审中；本文档包含主论文和补充材料

期刊参考： 梅尔，P.，弗利斯特，E.，& 雷纳格尔，P.（2011）。共线特征会损害大鼠的视觉检测。视觉杂志，11（3）：22，1-16

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[14] arXiv:1102.1897 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 无序列比对的分子进化随机替换-插入-删除模型 显示英文标题

标题： Random Substitution-Insertion-Deletion (RSID) Model of Molecular Evolution with Alignment-free Parameter Estimation

David Koslicki

评论： 14页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[15] arXiv:1102.1928 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 不完全信息下的2x2博弈模仿 显示英文标题

标题： Imitation with incomplete information in 2x2 games

Mathis Antony, Degang Wu, K Y Szeto

评论： 7页，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[16] arXiv:1102.2146 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有限资源介导的混合种群中合作者与背叛者的共存 显示英文标题

标题： Coexistence of cooperators and defectors in well mixed populations mediated by limiting resources

Rubén J. Requejo, Juan Camacho

评论： 9页，7图

期刊参考： 物理评论快报 108, 038701 (2012)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 其他统计 (stat.OT)

[17] arXiv:1102.2184 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过FRET监测活细菌中单个FoF1-ATP合成酶的亚基旋转 显示英文标题

标题： Subunit rotation in a single FoF1-ATP synthase in a living bacterium monitored by FRET

Karin Seyfert, Takuya Oosaka, Hideyuki Yaginuma, Stefan Ernst, Hiroyuki Noji, Ryota Iino, Michael Boersch

评论： 9页，6图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[18] arXiv:1102.2331 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因家族演化的模式与过程 显示英文标题

标题： The pattern and process of gene family evolution

Gergely J Szöllősi, Vincent Daubin

评论： 书的章节，将发表于《进化基因组学：统计和计算方法》，由玛丽亚·安尼西莫娃博士编辑

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[19] arXiv:1102.2402 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 弹性网络模型：理论与实证基础 显示英文标题

标题： Elastic Network Models: Theoretical and Empirical Foundations

Yves-Henri Sanejouand

评论： 26页，1图

期刊参考： 在《生物分子模拟》中，Monticelli 和 Salonen 编，Humana 出版社，第601页，2012年

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[20] arXiv:1102.2632 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用氯化钌II三（间苯二酚磺酸盐）进行凝胶内荧光检测蛋白质的改进和简化：穷人的荧光检测方法 显示英文标题

标题： Improvements and simplifications in in-gel fluorescent detection of proteins using ruthenium II tris-(bathophenanthroline disulfonate): the poor man's fluorescent detection method

Catherine Aude-Garcia (BBSI), Véronique Collin-Faure (BBSI), Sylvie Luche (BBSI), Thierry Rabilloud (BBSI)

期刊参考： 蛋白质组学 11，2 (2011) 324-8

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[21] arXiv:1102.2634 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 中性生态学中物种形成的可能性有多大？ 显示英文标题

标题： How likely is speciation in neutral ecology ?

Philippe Desjardins-Proulx, Dominique Gravel

评论： 7页，3图

期刊参考： 《美国自然学家》179卷第1期：137-144，2012

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[22] arXiv:1102.2666 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 微分方程模型中牡蛎礁高度和沉积物积累的双稳态 显示英文标题

标题： Bistability in a differential equation model of oyster reef height and sediment accumulation

William C. Jordan-Cooley, Romuald N. Lipcius, Leah B. Shaw, Jian Shen, Junping Shi

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[23] arXiv:1102.2819 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 马尔可夫模型的参数识别用于生化反应 显示英文标题

标题： Parameter Identification for Markov Models of Biochemical Reactions

Aleksandr Andreychenko, Linar Mikeev, David Spieler, Verena Wolf

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[24] arXiv:1102.2956 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 确定遗传开关的稳定性：明确考虑mRNA噪声 显示英文标题

标题： Determining the stability of genetic switches: explicitly accounting for mRNA noise

Michael Assaf, Elijah Roberts, Zaida Luthey-Schulten

评论： 4页，4图，稍作修改的版本。已接受发表于《物理评论快报》

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[25] arXiv:1102.3342 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分子阻塞 - 全原子模拟中的半胱氨酸滑结机械夹具 显示英文标题

标题： Molecular jamming - the cystine slipknot mechanical clamp in all-atom simulations

Lukasz Peplowski, Mateusz Sikora, Wieslaw Nowak, Marek Cieplak

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[26] arXiv:1102.3353 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 视觉皮层图的协调优化（I）基于对称性的分析 显示英文标题

标题： Coordinated optimization of visual cortical maps (I) Symmetry-based analysis

Lars Reichl, Dominik Heide, Siegrid Löwel, Justin C. Crowley, Matthias Kaschube, Fred Wolf

评论： 90页，16图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[27] arXiv:1102.3369 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 计算机模拟巨噬细胞：向更好地理解炎症疾病迈进 显示英文标题

标题： The in silico macrophage: toward a better understanding of inflammatory disease

Peter Ghazal, Steven Watterson, Kevin Robertson, David C Kluth

评论： 7页加1图

期刊参考： 基因组医学 2011 年，3:4（2011 年 1 月 22 日）

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[28] arXiv:1102.3596 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 遗传密码，8维超复数和二进制位移 显示英文标题

标题： The genetic code, 8-dimensional hypercomplex numbers and dyadic shifts

Sergey V. Petoukhov

评论： 108页，73图，增加的文本，增加的参考文献

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[29] arXiv:1102.3709 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 莱特的适应性景观与费舍尔的基本定理 显示英文标题

标题： Wright's adaptive landscape versus Fisher's fundamental theorem

Steven A. Frank

评论： 将作为章节发表于《进化生物学中的适应性景观》，E. Svensson 和 R. Calsbeek 编，牛津大学出版社

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[30] arXiv:1102.3720 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于同源一致性的低通全基因组测序和变异填补在隔离人类种群中的应用 显示英文标题

标题： Low-pass Genomewide Sequencing and Variant Imputation Using Identity-by-descent in an Isolated Human Population

A Gusev, MJ Shah, EE Kenny, A Ramachandran, JK Lowe, J Salit, CC Lee, EC Levandowsky, TN Weaver, QC Doan, HE Peckham, SF McLaughlin, MR Lyons, VN Sheth, M Stoffel, FM De La Vega, JM Friedman, JL Breslow, I Pe'er

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[31] arXiv:1102.3739 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分子相互作用网络中的调控模式 显示英文标题

标题： Regulatory patterns in molecular interaction networks

David Murrugarra, Reinhard Laubenbacher

评论： 基因调控；信号传递；数学模型；嵌套可消函数；鲁棒性

期刊参考： 《理论生物学杂志》，288，66-72，2011

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[32] arXiv:1102.3748 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质折叠的温度依赖性由量子跃迁推导出 显示英文标题

标题： Temperature Dependence of Protein Folding Deduced from Quantum Transition

Liaofu Luo, Jun Lu

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[33] arXiv:1102.3793 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 理论框架和流行病中接种人口所需时间的经验建模 显示英文标题

标题： Theoretical Framework and Empirical Modeling for Time Required to Vaccinate a Population in an Epidemic

Arni S.R. Srinivasa Rao, Thomas Kurien

评论： 14页，1表，5图（初步草稿）

期刊参考： 统计学手册（2017年），第37卷

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[34] arXiv:1102.3869 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 登革热流行和人类流动 显示英文标题

标题： Dengue epidemics and human mobility

Daniel H Barmak, Claudio O Dorso, Marcelo Otero, Hernán G Solari

评论： 24页，13图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[35] arXiv:1102.3919 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于网络中排名一致性推断疾病和基因集关联 显示英文标题

标题： Inferring Disease and Gene Set Associations with Rank Coherence in Networks

TaeHyun Hwang, Wei Zhang, Maoqiang Xie, Rui Kuang

评论： 16页

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[36] arXiv:1102.4015 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： dMotifGreedy：一种新的工具，用于从头发现DNA基序，具有更强的报告不同基序的能力 显示英文标题

标题： dMotifGreedy: a novel tool for de novo discovery of DNA motifs with enhanced power of reporting distinct motifs

Yupeng Wang, Xinyu Liu, Michael Kelley, Romdhane Rekaya

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[37] arXiv:1102.4026 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于噪声可激发动力学的基因电路设计 显示英文标题

标题： Gene circuit designs for noisy excitable dynamics

Pau Rué, Jordi Garcia-Ojalvo

评论： 9页，10图

期刊参考： 数学生物科学 231 (2011)，第90-97页

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[38] arXiv:1102.4039 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于树蛙属Agalychnis（无尾目，树蛙科，叶蟾亚科）杂交的注意事项 显示英文标题

标题： Notes on Hybridization in Leaf frogs of the Genus Agalychnis (Anura, Hylidae, Phyllomedusinae)

Andrew R. Gray

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[39] arXiv:1102.4540 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质家族系统发育的缩放特性 显示英文标题

标题： Scaling properties of protein family phylogenies

E. Alejandro Herrada, Víctor M. Eguíluz, Emilio Hernández-García, Carlos M. Duarte

评论： 替换为最终发表版本

期刊参考： BMC进化生物学 11，155（2011）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[40] arXiv:1102.4570 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 渴望邻居的适应度以解决社会困境 显示英文标题

标题： Coveting thy neighbors fitness as a means to resolve social dilemmas

Zhen Wang, Aleksandra Murks, Wen-Bo Du, Zhi-Hai Rong, Matjaz Perc

评论： 10页双栏页面，5个图表；已接受发表于《理论生物学杂志》

期刊参考： J. 理论生物学 277 (2011) 19-26

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[41] arXiv:1102.4623 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 长度、重量和产量在湖迪恩，密歇根州的渠道鲶鱼 显示英文标题

标题： Length, Weight, and Yield in Channel Catfish, Lake Diane, MI

Elizabeth Keenan, Sarah Warner, Ashley Crowe, Michael Courtney

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[42] arXiv:1102.4749 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 类别的感知：从编码效率到反应时间 显示英文标题

标题： Perception of categories: from coding efficiency to reaction times

Laurent Bonnasse-Gahot, Jean-Pierre Nadal

期刊参考： 脑研究，第1434卷（2012）第47-61页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[43] arXiv:1102.4793 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 竞争在空间资源梯度上的图论 显示英文标题

标题： A graphical theory of competition on spatial resource gradients

Alexei B. Ryabov, Bernd Blasius

期刊参考： 利亚博夫，A. B. 和布拉斯ius，B.（2011），空间资源梯度上的竞争图论。生态学字母，14

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[44] arXiv:1102.4904 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从共同组合方法中逆向工程分子网络 显示英文标题

标题： Reverse Engineering of Molecular Networks from a Common Combinatorial Approach

Bhaskar DasGupta, Paola Vera-Licona, Eduardo Sontag

评论： 15页；载于《计算分子生物学中的算法：技术、方法和应用》，M. Elloumi和A. Zomaya（编者），John Wiley & Sons, Inc.，2011年1月

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[45] arXiv:1102.4947 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 繁荣与动态网络中的不稳定性相关 显示英文标题

标题： Prosperity is associated with instability in dynamical networks

Matteo Cavaliere, Sean Sedwards, Corina E. Tarnita, Martin A. Nowak, Attila Csikász-Nagy

评论： 49页，10图；《理论生物学杂志》（2011年）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[46] arXiv:1102.5141 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 微管运动的分析由于动力蛋白行走者的阻力 显示英文标题

标题： Analysis of microtubule motion due to drag from kinesin walkers

J. M. Deutsch, M. E. Brunner, William M. Saxton

评论： 14页，6图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[47] arXiv:1102.5295 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 收缩丝束的粘弹性响应 显示英文标题

标题： Viscoelastic response of contractile filament bundles

Achim Besser (1), Julien Colombelli (2), Ernst H. K. Stelzer (2), Ulrich S. Schwarz (1) ((1) Heidelberg University, (2) EMBL Heidelberg)

评论： Revtex格式，24页，包含7个Postscript图，已接受发表于《物理评论E》

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[48] arXiv:1102.5428 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 稳定性的储库：皮层电路动力学中的通量管 显示英文标题

标题： Reservoirs of Stability: Flux Tubes in the Dynamics of Cortical Circuits

Michael Monteforte, Fred Wolf

评论： 4页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 混沌动力学 (nlin.CD)

[49] arXiv:1102.5528 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 双光子成像和神经网络动力学分析 显示英文标题

标题： Two-photon imaging and analysis of neural network dynamics

Henry Lütcke, Fritjof Helmchen

评论： 36页，4幅图，已接受发表于《物理进展报告》

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[50] arXiv:1102.5604 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 全新世人类进化中较小大脑的选择 显示英文标题

标题： Selection for smaller brains in Holocene human evolution

John Hawks

评论： 17页文字内容，3页参考文献，1图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)