定量生物学

2016年09月 的作者和标题

[1] arXiv:1609.00001 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 临界性或超对称破缺？ 显示英文标题

标题： Criticality or Supersymmetry Breaking ?

Igor V. Ovchinnikov, Wenyuan Li, Yuquan Sun, Robert N. Schwartz, Andrew E. Hudson, Karlheinz Meier, Kang L. Wang

评论： elsevier格式，更新参考文献

期刊参考： 对称性 12, 805 (2020)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 动力系统 (math.DS)

[2] arXiv:1609.00032 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 柔性导电石墨烯基底上的柔性金属氧化物/氧化石墨烯混合神经形态器件 显示英文标题

标题： Flexible Metal Oxide/Graphene Oxide Hybrid Neuromorphic Devices on Flexible Conducting Graphene Substrates

Chang Jin Wan, Wei Wang, Li Qiang Zhu, Yang Hui Liu, Ping Feng, Zhao Ping Liu, Yi Shi, Qing Wan

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[3] arXiv:1609.00157 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物聚合物分子动力学中低维集体变量的性质 显示英文标题

标题： Properties of low-dimensional collective variables in the molecular dynamics of biopolymers

R. Meloni, C. Camilloni, G. Tiana

期刊参考： 物理评论E 94, 052406 (2016)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[4] arXiv:1609.00185 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 森林种群动态中的光竞争：从计算机模拟器到数学模型 显示英文标题

标题： Competition for light in forest population dynamics: from computer simulator to mathematical model

Pierre Magal, Zhengyang Zhang

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 偏微分方程分析 (math.AP)

[5] arXiv:1609.00441 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质-蛋白质相互作用网络的结构特征 显示英文标题

标题： Characterizing the structure of protein-protein interaction networks

Allan A. Zea, Antonio Rueda-Toicen

评论： 10页，3幅图。会议：CIMENICS XIII，加拉加斯，委内瑞拉，2016年

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[6] arXiv:1609.00491 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 映射局部扰动如何影响系统级的脑动态 显示英文标题

标题： Mapping how local perturbations influence systems-level brain dynamics

Leonardo L. Gollo, James A. Roberts, Luca Cocchi

评论： 41页，9幅图

期刊参考： 神经影像 160:97-112 (2017)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[7] arXiv:1609.00520 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 物种在中性动力学与环境噪声下的共存 显示英文标题

标题： Species coexistence in a neutral dynamics with environmental noise

Jorge Hidalgo, Samir Suweis, Amos Maritan

评论： 11页，4幅图

期刊参考： 《理论生物学杂志》413卷（2017年）1-10页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[8] arXiv:1609.00620 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 作为空间演化博弈的骨重塑 显示英文标题

标题： Bone Remodeling as a Spatial Evolutionary Game

Marc D. Ryser, Kevin A. Murgas

评论： 29页，6个图，1个表格

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[9] arXiv:1609.00639 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 快速在线钙成像数据去卷积 显示英文标题

标题： Fast Online Deconvolution of Calcium Imaging Data

Johannes Friedrich, Pengcheng Zhou, Liam Paninski

评论： 扩展版本，大幅扩充了出现在NIPS 2016会议上的论文内容

期刊参考： 《PLOS计算生物学》2017; 13(3): e1005423

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[10] arXiv:1609.00658 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于认知学习的量子原理 显示英文标题

标题： On the quantum principles of cognitive learning

Alexandre de Castro

期刊参考： 《Behav Brain Sci》. 2013年6月；36(3):281-2。

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[11] arXiv:1609.00680 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 超深度学习模型预测蛋白质接触图的精确从头预测 显示英文标题

标题： Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model

Sheng Wang, Siqi Sun, Zhen Li, Renyu Zhang, Jinbo Xu

期刊参考： 《PLOS计算生物学》13(1): e1005324, 2017

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (stat.ML)

[12] arXiv:1609.00762 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于相关性的双向脑机接口诱导运动皮层可塑性的模型 显示英文标题

标题： Correlation-based model of artificially induced plasticity in motor cortex by a bidirectional brain-computer interface

Guillaume Lajoie, Nedialko I. Krouchev, John F. Kalaska, Adrienne L. Fairhall, Eberhard E. Fetz

评论： 35页，9幅图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[13] arXiv:1609.00779 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于从时间表达数据中识别复杂基因调控网络结构的可扩展算法 显示英文标题

标题： A Scalable Algorithm for Structure Identification of Complex Gene Regulatory Network from Temporal Expression Data

Shupeng Gui, Rui Chen, Liang Wu, Ji Liu, Hongyu Miao

评论： 14页，2幅图，2张表格

期刊参考： 《BMC Bioinformatics》2017年18卷第74期

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[14] arXiv:1609.00788 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 被忽视的热带病建模复杂性的挑战：资源有限环境中内脏利什曼病动力学评估 显示英文标题

标题： Challenges in Modeling Complexity of Neglected Tropical Diseases: Assessment of Visceral Leishmaniasis Dynamics in Resource Limited Settings

Swati DebRoy, Olivia Prosper, Austin Mishoe, Anuj Mubayi

评论： 20页，3幅图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[15] arXiv:1609.00900 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 强相关神经元的联合统计学通过维度约简 显示英文标题

标题： Joint Statistics of Strongly Correlated Neurons via Dimensional Reduction

Taskin Deniz, Stefan Rotter

评论： 40页，11幅图。投稿至IOP-物理A期刊。

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[16] arXiv:1609.00959 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从假设的角度选择跨样本RNA-Seq归一化方法 显示英文标题

标题： Selecting between-sample RNA-Seq normalization methods from the perspective of their assumptions

Ciaran Evans, Johanna Hardin, Daniel Stoebel

评论： 20页，6个图，1个表。补充信息包含9页，1个表。有关关联的模拟代码，请参见https://github.com/ciaranlevans/rnaSeqAssumptions

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[17] arXiv:1609.00981 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 体外的异速生长标度律 显示英文标题

标题： Allometric scaling in-vitro

Arti Ahluwalia

期刊参考： 科学报告，7:42113

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[18] arXiv:1609.01015 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人脑连接组模块动力学背后的能量景观 显示英文标题

标题： The Energy Landscape Underpinning Module Dynamics in the Human Brain Connectome

Arian Ashourvan, Shi Gu, Marcelo G. Mattar, Jean M. Vettel, Danielle S. Bassett

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[19] arXiv:1609.01270 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一个高度多样化的生态系统中资源竞争的集体阶段 显示英文标题

标题： A collective phase in resource competition in a highly diverse ecosystem

Mikhail Tikhonov, Remi Monasson

评论： 5页，3个图+补充材料

期刊参考： 物理评论快报 118, 048103 (2017)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[20] arXiv:1609.01384 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 负值的重要性：大脑功能连接组中非平凡边的严肃处理 显示英文标题

标题： The Importance of Being Negative: A serious treatment of non-trivial edges in brain functional connectome

Liang Zhan, Lisanne M. Jenkins, Ouri E. Wolfson, Johnson J. GadElkarim, Kevin Nocito, Paul M. Thompson, Olusola A. Ajilore, Moo K. Chung, Alex D. Leow

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[21] arXiv:1609.01566 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 环肽与抑制聚合酶A和B1（PAC-PB1N）H1N1分子相互作用和结合的复杂性 显示英文标题

标题： The Complexity of Molecular Interactions and Bindings between Cyclic Peptide and Inhibit Polymerase A and B1 (PAC-PB1N) H1N1

Arli Aditya Parikesit, Harry Noviardi, Djati Kerami, Usman Sumo Friend Tambunan

评论： 6页，第9届联合化学会议，印尼三宝垄，2014年11月12-13日

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[22] arXiv:1609.01569 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 淀粉样蛋白 fibrillation 的统计力学和动力学 显示英文标题

标题： Statistical Mechanics and Kinetics of Amyloid Fibrillation

Liu Hong, Chiu Fan Lee, Ya Jing Huang

评论： 68页，18幅图，201篇参考文献

期刊参考： 《蛋白质聚集的生物物理学和生物化学》，J.-M. Yuan 和 H.-X. Zhou 编（世界科学出版社，2017年），第4章，第113-186页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[23] arXiv:1609.01570 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 个性化数学模型预测内毒素诱导的年轻男性炎症反应 显示英文标题

标题： Personalized Mathematical Model Predicting Endotoxin-Induced Inflammatory Responses in Young Men

Renee Brady, Dennis O. Frank-Ito, Hien T. Tran, Susanne Janum, Kirsten Møller, Susanne Brix, Johnny T. Ottesen, Jesper Mehlsen, Mette S. Olufsen

评论： 关键词：细胞因子，LPS，TNF-，IL-6，IL-10，CXCL8

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[24] arXiv:1609.01604 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： MCA：布尔网络控制算法 显示英文标题

标题： MCA: Boolean Networks Control Algorithm

Mohammad Moradi, Sama Goliaei

评论： 26页，11幅图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[25] arXiv:1609.01663 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 典型的语义网络支持慢性卒中后失语症的残留语言功能 显示英文标题

标题： The canonical semantic network supports residual language function in chronic post-stroke aphasia

Joseph C. Griffis, Rodolphe Nenert, Jane B. Allendorfer, Jennifer Vannest, Scott Holland, Aimee Dietz, Jerzy P. Szaflarski

评论： 67页，5个图，4个表格，5个补充图，2个补充表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[26] arXiv:1609.01664 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 当前可重复性危机中P值变异性的评估 显示英文标题

标题： Assessment of P-value variability in the current replicability crisis

Olga A. Vsevolozhskaya, Gabriel Ruiz, Dmitri V. Zaykin

评论： 修正了拼写错误

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 方法论 (stat.ME)

[27] arXiv:1609.01788 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 测得越多，发现越多：随着测试次数的增加，最小的p值越来越富集真实发现。 显示英文标题

标题： The more you test, the more you find: Smallest P-values become increasingly enriched with real findings as more tests are conducted

Olga A. Vsevolozhskaya, Chia-Ling Kuo, Gabriel Ruiz, Luda Diatchenko, Dmitri V. Zaykin

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 方法论 (stat.ME)

[28] arXiv:1609.01790 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 脑网络结构：对人类学习的启示 显示英文标题

标题： Brain Network Architecture: Implications for Human Learning

Marcelo G. Mattar, Danielle S. Bassett

评论： 9页，5幅图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[29] arXiv:1609.02049 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过数据分析的晕厥分类 显示英文标题

标题： Classification of syncope through data analytics

Joseph Hart, Jesper Mehlsen, Christian H. Olsen, Mette Sofie Olufsen, Pierre Gremaud

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:1609.02081 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于电生理信号的数学性质及其应用的研究 显示英文标题

标题： An Investigation into the Mathematical Nature of Electrophysiological Signals with Applications

Kaushik Majumdar, Anagh Pathak, Viswadeep Sarangi

评论： 10页，7幅图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[31] arXiv:1609.02114 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 左半球中风后，白质瓶颈损伤会导致语言障碍 显示英文标题

标题： Damage to white matter bottlenecks contributes to language impairments after left hemispheric stroke

Joseph C. Griffis, Rodolphe Nenert, Jane B. Allendorfer, Jerzy P. Szaflarski

评论： 39页，5幅图，1张表格，1个补充表格，3个补充图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[32] arXiv:1609.02141 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 密码子使用频率的相关性与香农熵 显示英文标题

标题： Correlations in Usage Frequencies and Shannon Entropy for Codons

Diego Cocurullo, Antonino Sciarrino

评论： 42页，12幅图，33张表格

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[33] arXiv:1609.02202 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过双重网络中的首要性解析气味身份 显示英文标题

标题： Deconstructing Odorant Identity via Primacy in Dual Networks

Daniel Kepple, Hamza Giaffar, Dmitry Rinberg, Alexei Koulakov

评论： 10页，1幅图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[34] arXiv:1609.02213 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过自适应约束K均值算法的无监督冷冻电镜数据聚类 显示英文标题

标题： Unsupervised cryo-EM data clustering through adaptively constrained K-means algorithm

Yaofang Xu, Jiayi Wu, Chang-Cheng Yin, Youdong Mao

评论： 35页，14幅图

期刊参考： 《PLoS ONE》11(12): e0167765 (2016)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[35] arXiv:1609.02261 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 果蝇大脑半球的三维网络 显示英文标题

标题： Three-dimensional network of Drosophila brain hemisphere

Ryuta Mizutani, Rino Saiga, Akihisa Takeuchi, Kentaro Uesugi, Yoshio Suzuki

评论： 39页，7幅图，1张表格

期刊参考： 《结构生物学杂志》184卷 (2013年) 271-279页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[36] arXiv:1609.02535 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 模拟A型和C型压力感受器放电模式的分化 显示英文标题

标题： Modeling the differentiation of A- and C-type baroreceptor firing patterns

Jacob Sturdy, Johnny T Ottesen, Mette S Olufsen

评论： 关键词：压力反射模型，机械敏感性，A型和C型传入压力感受器，生物物理模型，计算模型

期刊参考： 计算神经科学杂志，2016年

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[37] arXiv:1609.02545 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于FORCE训练的脉冲神经网络监督学习 显示英文标题

标题： Supervised Learning in Spiking Neural Networks with FORCE Training

Wilten Nicola, Claudia Clopath

期刊参考： 尼古拉, W., & 克洛帕斯, C. (2017). 基于FORCE训练的脉冲神经网络的监督学习. 自然通讯, 8(1), 2208

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[38] arXiv:1609.02654 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用网络可观测性检测社区中的疾病爆发优化方案 显示英文标题

标题： Optimal Disease Outbreak Detection in a Community Using Network Observability

Atiye Alaeddini, Kristi A. Morgansen

评论： 2016年美国控制会议（ACC）

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 优化与控制 (math.OC)

[39] arXiv:1609.02721 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 物种丰富生态系统中宏观生态模式的表型空间模型 显示英文标题

标题： A phenomenological spatial model for macro-ecological patterns in species-rich ecosystems

Fabio Peruzzo, Sandro Azaele

评论： 17页，9幅图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[40] arXiv:1609.02794 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从大规模基因组数据学习有向无环图 显示英文标题

标题： Learning Directed-Acyclic-Graphs from Large-Scale Genomics Data

Fabio Nikolay, Marius Pesavento, George Kritikos, Nassos Typas

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[41] arXiv:1609.02893 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 简单神经活动模型中的涌现计算 显示英文标题

标题： Emergent computation in simple model of neural activity

Leandro M. Alonso

评论： 撤稿原因是草案中该研究的动机不够充分且不完整。以目前的形式，草案可能会产生误导。本文草案中介绍的网络已得到了彻底的研究，其结果已在其他地方发表。请参见https://doi.org/10.1063/1.4984800。

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[42] arXiv:1609.02938 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过去形状短时傅里叶变换和非局部中值提取单导联腹部ECG中的胎儿ECG 显示英文标题

标题： Extract fetal ECG from single-lead abdominal ECG by de-shape short time Fourier transform and nonlocal median

Su Li, Hau-tieng Wu

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 应用 (stat.AP) ; 方法论 (stat.ME) ; 机器学习 (stat.ML)

[43] arXiv:1609.02956 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 现代生物学中的难题。 一、 雄性不育，失败揭示设计 显示英文标题

标题： Puzzles in modern biology. I. Male sterility, failure reveals design

Steven A. Frank

期刊参考： F1000Research 5:2088 (2016)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[44] arXiv:1609.02959 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 现代生物学中的难题。 二。 语言、癌症和进化创新的递归过程 显示英文标题

标题： Puzzles in modern biology. II. Language, cancer and the recursive processes of evolutionary innovation

Steven A. Frank

期刊参考： F1000Research 5:2089 (2016)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[45] arXiv:1609.02981 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物网络中哈密顿动力系统的重正化群变换 显示英文标题

标题： Renormalization Group Transformation for Hamiltonian Dynamical Systems in Biological Networks

Masamichi Sato

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 动力系统 (math.DS)

[46] arXiv:1609.03073 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： BAUM：基于自适应唯一映射和局部重叠-布局-一致性模型的DNA拼接组装器 显示英文标题

标题： BAUM: A DNA Assembler by Adaptive Unique Mapping and Local Overlap-Layout-Consensus

Anqi Wang, Zheng Li, Zhanyu Wang, Lei M. Li

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[47] arXiv:1609.03129 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 膨出的脑部 显示英文标题

标题： Bulging brains

J. Weickenmeier, P. Saez, A.Goriely, E.Kuhl

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[48] arXiv:1609.03257 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于贝叶斯模型平均的溶剂化自由能集成估计 显示英文标题

标题： Bayesian Model Averaging for Ensemble-Based Estimates of Solvation Free Energies

Luke J. Gosink, Christopher C. Overall, Sarah M. Reehl, Paul D. Whitney, David L. Mobley, Nathan A. Baker

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 计算物理 (physics.comp-ph) ; 应用 (stat.AP)

[49] arXiv:1609.03337 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人类易受多种生物侵害的蛋白质及其疾病关联的鉴定 显示英文标题

标题： Identification of Human Proteins vulnerable to multiple Organisms and their disease associations

S. Chatterjee, B. S. Sanjeev

评论： 7页，3个图，会议版本载于2016年3月4-6日国际生物信息学和系统生物学会议（BSB）论文集中

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[50] arXiv:1609.03372 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 差异性分类的结构连接组枢纽涉及不同的微观结构基础和功能意义，并有助于个体识别 显示英文标题

标题： Differentially Categorized Structural Connectome Hubs are Involved in Differential Microstructural Basis and Functional Implications and Contribute to Individual Identification

Xindi Wang, Qixiang Lin, Mingrui Xia, Yong He

评论： 32页文本，6个图，1个表格（补充信息：20页文本，9个图，1个表格）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)