定量生物学 > 定量方法
[提交于 2025年1月18日
]
标题: EMICSS:EMDB条目中的增值注释
标题: EMICSS: Added-value annotations for EMDB entries
摘要: 动机:电子显微镜数据银行(EMDB)是3D电子显微镜(3DEM)数据的关键存储库,但缺乏全面的注释以及与大多数相关生物、功能和结构数据的连接。这种限制来自于此类信息的可选性,以减轻提交者的负担,以及维护最新外部引用的复杂性,通常需要提交者的同意。为了解决这些挑战,我们开发了EMICSS(EMDB与复合物、结构和序列的集成),这是一个独立的系统,能够自动更新与超过20个外部资源的交叉引用,包括UniProt、AlphaFold DB、PubMed、Complex Portal和Gene Ontology。 结果:EMICSS(https://www.ebi.ac.uk/emdb/emicss)的注释对于每个EMDB条目及其链接资源以多种格式提供,并可通过EMDB应用程序编程接口(API)进行程序化访问。 EMICSS在支持EMDB网站方面起着关键作用,注释被用于条目页面、统计数据和搜索系统中。 可用性和实现:EMICSS使用Python实现,是一个开源软件,根据EMBL-EBI许可证分发,核心代码可在GitHub上获得(https://github.com/emdb-empiar/added_annotations)。
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