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定量生物学 > 定量方法

arXiv:2501.10882 (q-bio)
[提交于 2025年1月18日 ]

标题: EMICSS:EMDB条目中的增值注释

标题: EMICSS: Added-value annotations for EMDB entries

Authors:Amudha K. Duraisamy, Neli Fonseca, Gerard J. Kleywegt, Ardan Patwardhan, Kyle L. Morris
摘要: 动机:电子显微镜数据银行(EMDB)是3D电子显微镜(3DEM)数据的关键存储库,但缺乏全面的注释以及与大多数相关生物、功能和结构数据的连接。这种限制来自于此类信息的可选性,以减轻提交者的负担,以及维护最新外部引用的复杂性,通常需要提交者的同意。为了解决这些挑战,我们开发了EMICSS(EMDB与复合物、结构和序列的集成),这是一个独立的系统,能够自动更新与超过20个外部资源的交叉引用,包括UniProt、AlphaFold DB、PubMed、Complex Portal和Gene Ontology。 结果:EMICSS(https://www.ebi.ac.uk/emdb/emicss)的注释对于每个EMDB条目及其链接资源以多种格式提供,并可通过EMDB应用程序编程接口(API)进行程序化访问。 EMICSS在支持EMDB网站方面起着关键作用,注释被用于条目页面、统计数据和搜索系统中。 可用性和实现:EMICSS使用Python实现,是一个开源软件,根据EMBL-EBI许可证分发,核心代码可在GitHub上获得(https://github.com/emdb-empiar/added_annotations)。
摘要: Motivation: The Electron Microscopy Data Bank (EMDB) is a key repository for 3D electron microscopy (3DEM) data but lacks comprehensive annotations and connections to most of the related biological, functional, and structural data. This limitation arises from the optional nature of such information to reduce depositor burden and the complexity of maintaining up-to-date external references, often requiring depositor consent. To address these challenges, we developed EMICSS (EMDB Integration with Complexes, Structures, and Sequences), an independent system that automatically updates cross-references with over 20 external resources, including UniProt, AlphaFold DB, PubMed, Complex Portal and Gene Ontology. Results: EMICSS (https://www.ebi.ac.uk/emdb/emicss) annotations are accessible in multiple formats for every EMDB entry and its linked resources, and programmatically via the EMDB Application Programming Interface (API). EMICSS plays a crucial role supporting the EMDB website, with annotations being used on entry pages, statistics, and in the search system. Availability and implementation: EMICSS is implemented in Python and it is an open-source, distributed under the EMBL-EBI license, with core code available on GitHub (https://github.com/emdb-empiar/added_annotations).
评论: 16页,6图
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
引用方式: arXiv:2501.10882 [q-bio.QM]
  (或者 arXiv:2501.10882v1 [q-bio.QM] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2501.10882
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

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来自: Kyle Morris [查看电子邮件]
[v1] 星期六, 2025 年 1 月 18 日 21:12:53 UTC (1,040 KB)
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