定量生物学

2021年08月 的作者和标题

[1] arXiv:2108.00047 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 动态环境中的决策制定预测演变 显示英文标题

标题： The evolution of forecasting for decision making in dynamic environments

Andrew R. Tilman, Vítor V. Vasconcelos, Erol Akçay, Joshua B. Plotkin

评论： 修订的稿件；结果不变

期刊参考： 集体智能 2:4 (2023) 1-14

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[2] arXiv:2108.00296 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 颈动脉狭窄严重程度的深度预测学习 显示英文标题

标题： Deep Predictive Learning of Carotid Stenosis Severity

Yiqun Diao, Oliver Zhao, Priya Kothapalli, Peter Monteleone, Chandrajit Bajaj

评论： 15页，10图，2表

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[3] arXiv:2108.00310 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大脑认知中复杂功能皮层模式的观察 显示英文标题

标题： Observation of complex functional cortical patterns in brain cognition

Jasleen Gund, R.K. Brojen Singh

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[4] arXiv:2108.00371 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 猴脑皮层功能连接在丙泊酚诱导麻醉开始时的动力学变化 显示英文标题

标题： Macaque's Cortical Functional Connectivity Dynamics at the Onset of Propofol-Induced Anesthesia

Eduardo C. Padovani

评论： 20页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[5] arXiv:2108.00466 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经解剖网络揭示了人类认知能力的本体论的哪些方面？ 显示英文标题

标题： What do neuroanatomical networks reveal about the ontology of human cognitive abilities?

Daniel Kristanto, Xinyang Liu, Werner Sommer, Andrea Hildebrandt, Changsong Zhou

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[6] arXiv:2108.00532 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 胚胎发育中的自组织：神话与现实 显示英文标题

标题： Self-organization in embryonic development: myth and reality

Stuart A. Newman

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[7] arXiv:2108.00536 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于全一次性无线贴片传感器的实时心电间隔监测 显示英文标题

标题： Real-Time ECG Interval Monitoring Using a Fully Disposable Wireless Patch Sensor

Gabriel Nallathambi, Paurakh Rajbhandary, Thang Tran, Olivier Colliou

评论： 发表于2021年IEEE第17届可穿戴和植入式体感网络会议（BSN）

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 信号处理 (eess.SP) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[8] arXiv:2108.00537 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在自由生活条件下，口腔温度与可吞咽核心温度药丸的有效性和可靠性 显示英文标题

标题： Validity and reliability of oral temperature compared to ingestible core temperature pill in free-living conditions

Paurakh Rajbhandary, Gabriel Nallathambi

评论： 7页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[9] arXiv:2108.00777 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CPSC：用于高效预测可靠性量化和数据增强的收缩中心共形预测，一种在电子鼻的替代草药分类中的案例 显示英文标题

标题： CPSC: Conformal prediction with shrunken centroids for efficient prediction reliability quantification and data augmentation, a case in alternative herbal medicine classification with electronic nose

Li Liu, Xianghao Zhan, Xikai Yang, Xiaoqing Guan, Rumeng Wu, Zhan Wang, Zhiyuan Luo, You Wang, Guang Li

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[10] arXiv:2108.00813 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CirCor DigiScope数据集：从杂音检测到杂音分类 显示英文标题

标题： The CirCor DigiScope Dataset: From Murmur Detection to Murmur Classification

Jorge Oliveira, Francesco Renna, Paulo Dias Costa, Marcelo Nogueira, Cristina Oliveira, Carlos Ferreira, Alipio Jorge, Sandra Mattos, Thamine Hatem, Thiago Tavares, Andoni Elola, Ali Bahrami Rad, Reza Sameni, Gari D Clifford, Miguel T. Coimbra

评论： 12页，6张表格，8幅图，在《IEEE生物医学与健康信息学杂志》

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)

[11] arXiv:2108.00837 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 发现秀丽线虫中的稀疏控制策略 显示英文标题

标题： Discovering sparse control strategies in C. elegans

Edward D. Lee, Xiaowen Chen, Bryan C. Daniels

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[12] arXiv:2108.00904 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 如何形态计算塑造具身代理人的整合信息 显示英文标题

标题： How Morphological Computation shapes Integrated Information in Embodied Agents

Carlotta Langer, Nihat Ay

期刊参考： 前额叶心理学 12:716433 (2021)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 信息论 (cs.IT)

[13] arXiv:2108.00905 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 前庭传入神经元中的尖峰时间规律性：离子电流如何影响感觉编码机制 显示英文标题

标题： Spike timing regularity in vestibular afferent neurons: How ionic currents influence sensory encoding mechanisms

Selina Baeza Loya

评论： 6页，1图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[14] arXiv:2108.00950 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： ANDOR 以及更进一步：动态可切换逻辑门作为生化调控网络中灵活信息处理的模块 显示英文标题

标题： ANDOR and beyond: dynamically switchable logic gates as modules for flexible information processing in biochemical regulatory networks

Mohammadreza Bahadorian, Carl D. Modes

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[15] arXiv:2108.00994 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 流行病模型中的极端爆发动力学 显示英文标题

标题： Extreme outbreak dynamics in epidemic models

Jason Hindes, Michael Assaf, Ira B. Schwartz

评论： 8页，3图；将发表于《物理评论快报》（2022）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[16] arXiv:2108.01198 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 传染病爆发的随机性及其对最优干预措施的影响 显示英文标题

标题： Stochasticity of infectious outbreaks and consequences for optimal interventions

Roberto Morán-Tovar, Henning Gruell, Florian Klein, Michael Lässig

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[17] arXiv:2108.01210 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于神经数据变压器的神经种群活动表示学习 显示英文标题

标题： Representation learning for neural population activity with Neural Data Transformers

Joel Ye, Chethan Pandarinath

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG)

[18] arXiv:2108.01229 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 认真对待认知：认知的广义物理学 显示英文标题

标题： Taking Cognition Seriously: A generalised physics of cognition

Sophie Alyx Taylor, Son Cao Tran, Dan V. Nicolau Jr

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI) ; 范畴论 (math.CT) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[19] arXiv:2108.01304 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间分辨转录组学数据分析的软件包和算法比较分析 显示英文标题

标题： Comparative Analysis of Packages and Algorithms for the Analysis of Spatially Resolved Transcriptomics Data

Natalie Charitakis (1), Mirana Ramialison (1,2,3), Hieu T. Nim (1,2,3) ((1), Murdoch Children's Research Institute, Parkville, Australia, (2) Australian Regenerative Medicine Institute, Monash University, Clayton, Australia, (3) Systems Biology Institute, Clayton, Australia)

评论： 32页，图3

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[20] arXiv:2108.01514 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于一步法、无需洗涤的纳米颗粒聚集体的磁粒子光谱（MPS）生物检测方法，用于液相中SARS-CoV-2刺突蛋白和核衣壳蛋白的检测 显示英文标题

标题： One-step, Wash-free, Nanoparticle Clustering-based Magnetic Particle Spectroscopy (MPS) Bioassay Method for Detection of SARS-CoV-2 Spike and Nucleocapsid Proteins in Liquid Phase

Kai Wu, Vinit Kumar Chugh, Venkatramana D. Krishna, Arturo di Girolamo, Yongqiang Andrew Wang, Renata Saha, Shuang Liang, Maxim C-J Cheeran, Jian-Ping Wang

评论： 35页，14图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[21] arXiv:2108.01563 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质氨基酸集合中的一种新型镜像对称性 显示英文标题

标题： A new type of mirror symmetry in the set of protein amino acids

Miloje M. Rakocevic

评论： 16页，6张表格，4幅图，2个展示和2个调查

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[22] arXiv:2108.01620 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有非竞争性转录调控结构的随机基因转录 显示英文标题

标题： Stochastic gene transcription with non-competitive transcription regulatory architecture

Amit Kumar Das

评论： 文章经过大幅修改，增加了新的段落、公式、图表和附录，共29页，63幅图，2张表

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[23] arXiv:2108.01765 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于基因组序列使用对数行列式距离识别物种网络拓扑的可辨识性 显示英文标题

标题： Identifiability of species network topologies from genomic sequences using the logDet distance

Elizabeth S. Allman, Hector Baños, John A. Rhodes

评论： 25页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计理论 (math.ST)

[24] arXiv:2108.01927 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 深度马尔可夫状态建模的进展：粗粒化和实验数据约束 显示英文标题

标题： Progress in deep Markov State Modeling: Coarse graining and experimental data restraints

Andreas Mardt, Frank Noé

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算物理 (physics.comp-ph)

[25] arXiv:2108.01973 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用病毒复制和组装机制的治疗干扰粒子表现出有前景的性能：一项建模研究 显示英文标题

标题： Therapeutic Interfering Particles Exploiting Viral Replication and Assembly Mechanisms Show Promising Performance: A Modelling Study

Farzad Fatehi, Richard J. Bingham, Pierre-Philippe Dechant, Peter G. Stockley, Reidun Twarock

评论： 经小修改后接受发表于《Scientific Reports》的版本

期刊参考： 科学报告，11，23847（2021）

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[26] arXiv:2108.01974 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 扭曲DNA在热浴中的熔化过程 显示英文标题

标题： Melting process of twisted DNA in a thermal bath

O. Farzadian, T. Oikonomou, M. Moradkhani

评论： 10页；9图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[27] arXiv:2108.01982 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 乙型肝炎病毒感感染的年龄结构模型突显了不同治疗策略的潜力 显示英文标题

标题： An age-structured model of hepatitis B viral infection highlights the potential of different therapeutic strategies

Farzad Fatehi, Richard J. Bingham, Eric C. Dykeman, Peter G. Stockley, Reidun Twarock

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[28] arXiv:2108.02060 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CellProfiler Analyst 3.0：图像分析的可访问数据探索和机器学习 显示英文标题

标题： CellProfiler Analyst 3.0: Accessible data exploration and machine learning for image analysis

David R. Stirling, Anne E. Carpenter, Beth A. Cimini

评论： 5页，1图

期刊参考： 生物信息学，2021；btab634

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[29] arXiv:2108.02066 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 快速频率调制根据听众期望在人类皮层下听觉通路中编码 显示英文标题

标题： Fast frequency modulation is encoded according to the listener expectations in the human subcortical auditory pathway

Alejandro Tabas, Stefan Kiebel, Michael Marxen, Katharina von Kriegstein

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[30] arXiv:2108.02249 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 年龄结构多阶段细胞周期表示的等价框架 显示英文标题

标题： An equivalence framework for an age-structured multi-stage representation of the cell cycle

Joshua C. Kynaston, Chris Guiver, Christian A. Yates

评论： 作者接受版本

期刊参考： 物理评论E 105, 064411 (2022)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[31] arXiv:2108.02315 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 僵尸的起源：一种建模方法 显示英文标题

标题： On the origin of zombies: a modeling approach

Alisha Kumari, Elijah Reece, Kursad Tosun, Scott Greenhalgh

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[32] arXiv:2108.02354 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人工智能与诊断和治疗放射性药物发展的未来：计算机智能分子设计 显示英文标题

标题： Artificial intelligence and the future of diagnostic and therapeutic radiopharmaceutical development: in Silico smart molecular design

Bahar Ataeinia, Pedram Heidari

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[33] arXiv:2108.02545 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信息处理递归神经网络中的动力学相和共振现象 显示英文标题

标题： Dynamical Phases and Resonance Phenomena in Information-Processing Recurrent Neural Networks

Claus Metzner, Patrick Krauss

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[34] arXiv:2108.02570 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用机器学习预测轻度创伤性脑损伤后综合征的结果 显示英文标题

标题： Predicting Post-Concussion Syndrome Outcomes with Machine Learning

Minhong Kim

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)

[35] arXiv:2108.02678 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种全球核酸观测站用于生物防御和行星健康 显示英文标题

标题： A Global Nucleic Acid Observatory for Biodefense and Planetary Health

The Nucleic Acid Observatory Consortium

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[36] arXiv:2108.02706 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 结构确定 显示英文标题

标题： Structure determination

Halima Mouhib, Bas Stringer, Hugo van Ingen, Jose Gavaldá-García, Katharina Waury, Sanne Abeln, K. Anton Feenstra

评论： 本章是《蛋白质结构生物信息学导论》一书的一部分。前言 arxiv:1801.09442 中包含了所有（已发表）章节的链接

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[37] arXiv:2108.02742 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于von Willebrand因子展开的连续体模型 显示英文标题

标题： A continuum model for the unfolding of von Willebrand Factor

Mansur Zhussupbekov, Rodrigo Mendez Rojano, Wei-Tao Wu, Mehrdad Massoudi, James F. Antaki

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 流体动力学 (physics.flu-dyn)

[38] arXiv:2108.02810 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 限制对细菌种群扩散的影响 显示英文标题

标题： Influence of confinement on the spreading of bacterial populations

Daniel B. Amchin, Jenna A. Ott, Tapomoy Bhattacharjee, Sujit S. Datta

期刊参考： PLOS 计算生物学，18，e1010063（2022）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 模式形成与孤子 (nlin.PS) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[39] arXiv:2108.03129 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用蒙特卡罗算术在神经影像学中准确模拟操作系统更新 显示英文标题

标题： Accurate simulation of operating system updates in neuroimaging using Monte-Carlo arithmetic

Ali Salari (1), Yohan Chatelain (1), Gregory Kiar (2), Tristan Glatard (1) ((1) Department of Computer Science and Software Engineering, Concordia University, Montréal, QC, Canada, (2) Center for the Developing Brain, Child Mind Institute, New York, NY, USA)

评论： 10页，4个图，19条参考文献

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[40] arXiv:2108.03387 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大脑中的系统性结构 显示英文标题

标题： The Structure of Systematicity in the Brain

Randall C. O'Reilly, Charan Ranganath, Jacob L. Russin

评论： 10页，2张图，提交至《当前心理科学方向》

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[41] arXiv:2108.03465 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于k-mer的SARS-CoV-2变异体识别方法 显示英文标题

标题： A k-mer Based Approach for SARS-CoV-2 Variant Identification

Sarwan Ali, Bikram Sahoo, Naimat Ullah, Alexander Zelikovskiy, Murray Patterson, Imdadullah Khan

评论： 已接受发表于“国际生物信息研究与应用研讨会（ISBRA），2021”

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)

[42] arXiv:2108.03515 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 改进minimap2比对准确性的新策略 显示英文标题

标题： New strategies to improve minimap2 alignment accuracy

Heng Li

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[43] arXiv:2108.03518 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经元活动的空间可表示性 显示英文标题

标题： Spatial representability of neuronal activity

D. Akhtiamov, A. G. Cohn, Y. Dabaghian

评论： 12页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[44] arXiv:2108.03532 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 学习方向：一种离散几何模型 显示英文标题

标题： Learning Orientations: a Discrete Geometry Model

Y. Dabaghian

评论： 17页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[45] arXiv:2108.04008 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 缓慢扩张者通过在微生物菌落中形成凹陷前沿进行入侵 显示英文标题

标题： Slow expanders invade by forming dented fronts in microbial colonies

Hyunseok Lee, Jeff Gore, Kirill S. Korolev

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[46] arXiv:2108.04077 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 半群的Cayley图在化学中的原子跟踪应用 显示英文标题

标题： Cayley Graphs of Semigroups Applied to Atom Tracking in Chemistry

Nikolai Nøjgaard, Walter Fontana, Marc Hellmuth, Daniel Merkle

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 离散数学 (cs.DM)

[47] arXiv:2108.04090 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因型与表型相互作用在生物量高粱中的分类与可视化 显示英文标题

标题： Classification and Visualization of Genotype x Phenotype Interactions in Biomass Sorghum

Abby Stylianou, Robert Pless, Nadia Shakoor, Todd Mockler

评论： 国际计算机视觉植物表型和农业问题研讨会（CVPPA）

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)

[48] arXiv:2108.04174 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用临床数据进行阿尔茨海默病痴呆进展建模的机器学习：系统文献综述 显示英文标题

标题： Machine learning for modeling the progression of Alzheimer disease dementia using clinical data: a systematic literature review

Sayantan Kumar, Inez Oh, Suzanne Schindler, Albert M Lai, Philip R O Payne, Aditi Gupta

评论： 10页，4图，3表

期刊参考： JAMIA Open，第4卷，第3期，2021年7月，ooab052

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)

[49] arXiv:2108.04176 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于外部知识的低同源蛋白质二级结构预测的自适应逐残差轮廓融合 显示英文标题

标题： Adaptive Residue-wise Profile Fusion for Low Homologous Protein SecondaryStructure Prediction Using External Knowledge

Qin Wang, Jun Wei, Boyuan Wang, Zhen Li1, Sheng Wang, Shuguang Cu

评论： 被IJCAI-21接受

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[50] arXiv:2108.04240 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于卷积神经网络的流感血凝素蛋白序列分类 显示英文标题

标题： Classification of Influenza Hemagglutinin Protein Sequences using Convolutional Neural Networks

Charalambos Chrysostomou, Floris Alexandrou, Mihalis A. Nicolaou, Huseyin Seker

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)