定量生物学

2009年06月 的作者和标题

[1] arXiv:0906.0114 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于寻找双稳态参数的优化算法 显示英文标题

标题： An Optimization Algorithm for Finding Parameters for Bistability

Deepak Chandran, Herbert M. Sauro

评论： 5页，4图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[2] arXiv:0906.0125 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种对建模生物网络的综合方法 显示英文标题

标题： An integrative approach to modeling biological networks

Vesna Memisevic, Tijana Milenkovic, Natasa Przulj

评论： 10页，3表，4图

期刊参考： Vesna Memisevic，Tijana Milenkovic 和 Natasa Przulj。一种综合方法建模生物网络。《整合生物信息学杂志》，7(3):120，2010年。

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[3] arXiv:0906.0251 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多样性关系的根 显示英文标题

标题： Roots of diversity relations

Peter Wurtz, Arto Annila

评论： 10，3个图

期刊参考： 生物物理学杂志 2008 年，文章编号 654672

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[4] arXiv:0906.0254 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 手性共识的原因 显示英文标题

标题： Cause of Chirality Consensus

Salla Jaakkola, Vivek Sharma, Arto Annila

评论： 8页，2图

期刊参考： 当前化学生物学，2008年，2期，153-158

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[5] arXiv:0906.0274 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 代谢途径的随机控制 显示英文标题

标题： Stochastic Control of Metabolic Pathways

Andrea Rocco

评论： 14页，3图

期刊参考： 物理生物学 6 (2009) 016002

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[6] arXiv:0906.0297 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质中的纳秒运动对局部动力学的时间尺度分布施加了限制 显示英文标题

标题： Nanosecond motions in proteins impose bounds on the timescale distributions of local dynamics

Osman Burak Okan, Ali Rana Atilgan, Canan Atilgan

评论： 26页，9图；附加补充材料

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[7] arXiv:0906.0381 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 某些食物网的局部动力学等价性 显示英文标题

标题： Local dynamical equivalence of certain food webs

Thilo Gross, Ulrike Feudel

评论： 20页，5图

期刊参考： 海洋动力学 59 (2), 417-427, 2009

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[8] arXiv:0906.0390 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 病毒和细菌的热适应性 显示英文标题

标题： Thermal Adaptation in Viruses and Bacteria

Peiqiu Chen, Eugene I. Shakhnovich

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[9] arXiv:0906.0527 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经元级联在临界状态下暗示皮层网络的最大动态范围 显示英文标题

标题： Neuronal avalanches imply maximum dynamic range in cortical networks at criticality

Woodrow L. Shew, Hongdian Yang, Thomas Petermann, Rajarshi Roy, Dietmar Plenz

评论： 正文 - 16页，4图；补充材料 - 6页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[10] arXiv:0906.0564 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 相干态、分形和脑波 显示英文标题

标题： Coherent states, fractals and brain waves

Giuseppe Vitiello

期刊参考： 新数学与自然计算 第5卷 第1期（2009）245-264

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[11] arXiv:0906.0685 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 轴突生长和突触竞争的简单规则生成现实的连接长度和填充分数 显示英文标题

标题： A simple rule for axon outgrowth and synaptic competition generates realistic connection lengths and filling fractions

Marcus Kaiser, Claus C. Hilgetag, Arjen van Ooyen

评论： 31页（包括补充信息）；《大脑皮层》提前访问版，2009年5月12日在线发表

期刊参考： 大脑皮层 2009 19(12):3001-3010

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[12] arXiv:0906.0756 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经系统中共振的出现：阈值适应与短期突触可塑性的相互作用 显示英文标题

标题： Emergence of resonances in neural systems: the interplay between threshold adaptation and short-term synaptic plasticity

Jorge F. Mejias, Joaquin J. Torres

评论： 24页，8张图，提交至《神经计算》

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[13] arXiv:0906.0886 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 落叶分解——基于Yasso07模型的全球变异估计 显示英文标题

标题： Leaf litter decomposition -- Estimates of global variability based on Yasso07 model

M. Tuomi, T. Thum, H. Järvinen, S. Fronzek, B. Berg, M. Harmon, J. A. Trofymow, S. Sevanto, J. Liski

评论： 19页，即将发表于《生态建模》

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[14] arXiv:0906.0917 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 风疹疫苗接种：年龄依赖感染力的时间演变分析及不同接触模式的影响 显示英文标题

标题： Vaccination against rubella: Analysis of the temporal evolution of the age-dependent force of infection and the effects of different contact patterns

M. Amaku, F. A. B. Coutinho, R. S. Azevedo, M. N. Burattini, L. F. Lopez, E. Massad

评论： 12页，11图

期刊参考： 物理评论E 67, 051907 (2003)

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[15] arXiv:0906.1166 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 加德树的比较 显示英文标题

标题： Comparison of Galled Trees

Gabriel Cardona, Merce Llabres, Francesc Rossello, Gabriel Valiente

评论： 36页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 离散数学 (cs.DM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[16] arXiv:0906.1186 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 尺度自由神经元网络上的延迟诱导多重随机共振 显示英文标题

标题： Delay-induced multiple stochastic resonances on scale-free neuronal networks

Qingyun Wang, Matjaz Perc, Zhisheng Duan, Guanrong Chen

评论： 7页双栏，5张图；已接受发表于《Chaos》

期刊参考： 混沌 19 (2009) 023112

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[17] arXiv:0906.1202 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自适应压缩感知 - 神经科学中的一类新的自组织编码模型 显示英文标题

标题： Adaptive compressed sensing - a new class of self-organizing coding models for neuroscience

William K. Coulter, Christopher J. Hillar, Friedrich T. Sommer

评论： 4页，4张图，ICASSP 2010

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[18] arXiv:0906.1472 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNA冻结相变的场论 显示英文标题

标题： Field Theory of the RNA Freezing Transition

Francois David, Kay Joerg Wiese

评论： 96页，188张图。v2：小的更正

期刊参考： J. Stat. Mech. (2009) P10019

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[19] arXiv:0906.1477 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 可逆解封的力学 显示英文标题

标题： Mechanics of Reversible Unzipping

F. Maddalena, D. Percivale, G. Puglisi, L. Truskinovsky

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[20] arXiv:0906.1678 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 离散时间单交叉重组 显示英文标题

标题： Single--crossover recombination in discrete time

Ute von Wangenheim, Ellen Baake, Michael Baake

评论： J. 数学生物学，待发表

期刊参考： J. 数学生物学 60 (2010), 727-760

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[21] arXiv:0906.1750 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞内Min振荡中MinE环的自组织 显示英文标题

标题： Self-organization of the MinE ring in subcellular Min oscillations

Julien Derr, Jason T. Hopper, Anirban Sain, Andrew D. Rutenberg

评论： 8页，5图

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[22] arXiv:0906.1992 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于化学反应网络的高度高效的精确随机模拟算法的新类别 显示英文标题

标题： A new class of highly efficient exact stochastic simulation algorithms for chemical reaction networks

Rajesh Ramaswamy, Nélido González-Segredo, Ivo F. Sbalzarini

评论： 23页，3图，4表；已被《化学物理杂志》接收

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[23] arXiv:0906.2145 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 极性化学感受器通过二聚体三聚体的耦合聚集 显示英文标题

标题： Polar Chemoreceptor Clustering by Coupled Trimers of Dimers

Robert G. Endres

评论： 11页，6图和1表

期刊参考： 生物物理杂志 96(2): 453-463 (2009)

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[24] arXiv:0906.2171 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经元在时变输入驱动下的峰间间隔分布的准静态近似 显示英文标题

标题： Quasi-static approximation of the interspike interval distribution of neurons driven by time-dependent inputs

Eugenio Urdapilleta, Ines Samengo

评论： 8页，5张图，已被《物理评论E》接收

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[25] arXiv:0906.2232 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 质膜中Ras纳米簇形成和信号传导的生物物理机制 显示英文标题

标题： Biophysical mechanism for Ras-nanocluster formation and signaling in plasma membrane

Thomas Gurry, Ozan Kahramanogullari, Robert G. Endres

评论： 8张图表。《公共科学图书馆期刊》，待发表

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[26] arXiv:0906.2281 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 膜蛋白和蛋白质组学：爱是可能的，但也很困难 显示英文标题

标题： Membrane proteins and proteomics: Love is possible, but so difficult

Thierry Rabilloud (BBSI)

期刊参考： 电泳 30，S1 (2009) S174-S180

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[27] arXiv:0906.2452 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质折叠作为构象状态之间的量子跃迁 显示英文标题

标题： Protein Folding as a Quantum Transition Between Conformational States

Liaofu Luo

评论： 18页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[28] arXiv:0906.2468 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 单细胞直接梯度感应的准确性 显示英文标题

标题： Accuracy of direct gradient sensing by single cells

Robert G. Endres, Ned S. Wingreen

评论： 2幅图和1张表；补充信息：1幅图

期刊参考： 美国国家科学院院刊 105:15749 (2008)

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[29] arXiv:0906.2470 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 根植系统发育树的平方路径差距离的均值 显示英文标题

标题： The mean value of the squared path-difference distance for rooted phylogenetic trees

Arnau Mir, Francesc Rossello

评论： 16页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 离散数学 (cs.DM) ; 经典分析与常微分方程 (math.CA) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:0906.2504 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 各向同性-向列相变在淀粉样纤维化中的作用 显示英文标题

标题： Isotropic-nematic phase transition in amyloid fibrilization

Chiu Fan Lee

评论： 拼写错误已更正

期刊参考： 物理评论E 80, 031902 (2009)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[31] arXiv:0906.2872 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从分泌组分析到免疫学：壳聚糖通过依赖于TLR4的机制诱导树突状细胞活化的重大变化 显示英文标题

标题： From secretome analysis to immunology: chitosan induces major alterations in the activation of dendritic cells via a TLR4-dependent mechanism

Christian Villiers (U823), Mireille Chevallet (BBSI), Hélène Diemer (IPHC), Rachel Couderc (U823), Heidi Freitas (U823), Alain Van Dorsselaer (IPHC), Patrice N Marche (U823), Thierry Rabilloud (BBSI)

期刊参考： Mol Cell Proteomics 8, 6 (2009) 1252-64

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[32] arXiv:0906.3023 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从两个神经元记录：从脉冲序列进行二阶刺激重建和种群编码 显示英文标题

标题： Recording from two neurons: second order stimulus reconstruction from spike trains and population coding

N. M. Fernandes, B. D. L. Pinto, L. O. B. Almeida, J. F. W. Slaets, R. Köberle

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[33] arXiv:0906.3106 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分析Fitch方法在超距系统发育树上重建祖先状态的准确性 显示英文标题

标题： Analyzing the Accuracy of the Fitch Method for Reconstructing Ancestral States on Ultrametric Phylogenies

Louxin Zhang, Jian Shen, Jialiang Yang, Guoliang Li

评论： 14页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[34] arXiv:0906.3178 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对齐的生存：植物皮层微管阵列的排序 显示英文标题

标题： Survival of the aligned: ordering of the plant cortical microtubule array

Simon H. Tindemans, Rhoda J. Hawkins, Bela M. Mulder

评论： 4页以上，3张图表 v2：对分析模型的阐述进行了大幅修改，并扩展了关于我们选择碰撞结果概率的讨论；明确了结论的适用范围；全文进行了许多较小的修改

期刊参考： 物理评论快报 104, 058103 (2010)

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[35] arXiv:0906.3252 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 网络算法学与皮层突触权重分布的出现 显示英文标题

标题： Network algorithmics and the emergence of the cortical synaptic-weight distribution

Andre Nathan, Valmir C. Barbosa

期刊参考： 物理评论E 81 (2010), 021916

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[36] arXiv:0906.3319 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 医院环境中社区获得性和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌菌株的快速共同定植 显示英文标题

标题： Rapid emergence of co-colonization with community-acquired and hospital-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains in the hospital setting

Erika M. C. D'Agata, Glenn F. Webb, Joanna Pressley

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[37] arXiv:0906.3364 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 果蝇体节极性网络对瞬时扰动的鲁棒性 显示英文标题

标题： Robustness of the Drosophila segment polarity network to transient perturbations

Kartik Subramanian, Chetan Gadgil

评论： 13页

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[38] arXiv:0906.3391 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 镜像对称破缺与恢复：噪声和手性偏差的作用 显示英文标题

标题： Mirror symmetry breaking and restoration: the role of noise and chiral bias

David Hochberg (Centro de Astrobiologia (CSIC-INTA), Madrid, Spain)

评论： 4页，3图，将发表于《物理评论快报》

期刊参考： 物理评论快报 102, 248101 (2009)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[39] arXiv:0906.3489 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有突触电流动力学的噪声整合与发放神经元的发放率 显示英文标题

标题： Firing Rate of Noisy Integrate-and-fire Neurons with Synaptic Current Dynamics

David Andrieux, Takaaki Monnai

期刊参考： 物理评论E 80, 021933 (2009)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[40] arXiv:0906.3507 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自然的常见模式 显示英文标题

标题： The common patterns of nature

Steven A. Frank

评论： 已发布版本可在此处列出的DOI免费获取

期刊参考： 进化生物学杂志 22:1563-1585 (2009)

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[41] arXiv:0906.3654 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞表面受体直接梯度感知的准确性 显示英文标题

标题： Accuracy of direct gradient sensing by cell-surface receptors

Robert G. Endres, Ned S. Wingreen

评论： 2幅图，1张表；Prog Biophys Mol Biol，待发表

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[42] arXiv:0906.3672 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有限种群中的确定性进化博弈动力学 显示英文标题

标题： Deterministic evolutionary game dynamics in finite populations

Philipp M. Altrock, Arne Traulsen

评论： 11页，7图

期刊参考： 物理评论E 80, 011909 (2009)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[43] arXiv:0906.3678 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 三元突触中的ATP滞回效应 显示英文标题

标题： ATP Hysteresis in Tripartite Synapses

Hamid Reza Noori

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[44] arXiv:0906.3912 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于电极固定葡萄糖-6-磷酸脱氢酶的酶促与门：面向低噪声数字生物传感器和生化逻辑系统的研究 显示英文标题

标题： Enzymatic AND-Gate Based on Electrode-Immobilized Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase: Towards Digital Biosensors and Biochemical Logic Systems with Low Noise

Vladimir Privman, Valber Pedrosa, Dmitriy Melnikov, Marcos Pita, Aleksandr Simonian, Evgeny Katz

期刊参考： 生物传感器。生物电子学。25，695-701（2009）

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[45] arXiv:0906.3936 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 体内正常甲状腺和肝脏细胞核和细胞质中Fas相关死亡结构域蛋白的定位 显示英文标题

标题： In Vivo Localization of Fas-Associated Death Domain Protein in the Nucleus and Cytoplasm of Normal Thyroid and Liver Cells

Léa Tourneur (IC), Alain Schmitt (IC), Gilles Chiocchia (IC)

期刊参考： 打开自身免疫学杂志 1 (2009) 27-32

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[46] arXiv:0906.3991 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 半柔性环形聚合物的排除体积效应 显示英文标题

标题： Excluded volume effects on semiflexible ring polymers

Fabian Drube, Karen Alim, Guillaume Witz, Giovanni Dietler, Erwin Frey

评论： 5页，4图，发表于《纳米字母》的版本

期刊参考： 纳米快报 10，1445 (2010)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[47] arXiv:0906.4015 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 电场量子真空涨落对DNA凝聚的影响 显示英文标题

标题： Effects of Quantum Vacuum Fluctuations of the Electric Field on DNA Condensation

Alfredo Iorio, Samik Sen, Siddhartha Sen

评论： 8张图表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[48] arXiv:0906.4279 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞水平的量子信息处理。 欧几里得方法 显示英文标题

标题： Quantum information processing at the cellular level. Euclidean approach

Vasily Ogryzko

评论： 82页。关于退相干和酶机制的部分已得到改进

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 量子物理 (quant-ph)

[49] arXiv:0906.4454 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： NP问题模拟可实现性：在生态学中的应用 显示英文标题

标题： Activatability for simulation tractability of NP problems: Application to Ecology

Patrick Coquillard (IBSV), Alexandre Muzy (LISA), Eric Wajnberg (IBSV)

评论： 复杂系统：基于活动的建模与仿真，卡热斯跨学科研讨会，科西嘉岛，法国，法国（2009）

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[50] arXiv:0906.4471 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过金簇量尺揭示的折纸DNA拉伸分析 显示英文标题

标题： Analysis of Accordion DNA Stretching Revealed by The Gold Cluster Ruler

Alexey K. Mazur

评论： 9页，4图，即将发表于《物理评论E》

期刊参考： 物理评论E，80，010901，2009

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)