定量生物学

2011年06月 的作者和标题

[1] arXiv:1106.0079 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 时间依赖性环境中的适应度包括几何贡献 显示英文标题

标题： Fitness in time-dependent environments includes a geometric contribution

Sorin Tanase-Nicola, Ilya Nemenman

期刊参考： J. R. Soc. 接口 9(71), 1354-1362, 2012

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[2] arXiv:1106.0134 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： ProDiGe：基于多任务机器学习从正例和未标注例中优先排序疾病基因 显示英文标题

标题： ProDiGe: PRioritization Of Disease Genes with multitask machine learning from positive and unlabeled examples

Fantine Mordelet (CBIO, CREST), Jean-Philippe Vert (CBIO)

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (stat.ML)

[3] arXiv:1106.0143 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 原核生物基因表达的动态建模：应用于大肠杆菌葡萄糖乳糖二元代谢 显示英文标题

标题： Dynamic modeling of gene expression in prokaryotes: application to glucose-lactose diauxie in Escherichia coli

Jaroslav Albert, Marianne Rooman

评论： 20页，4图；系统与合成生物学 5（2011）

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[4] arXiv:1106.0236 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 你看到的并不一定是你得到的：抽样如何影响生物网络的宏观特征 显示英文标题

标题： What you see is not what you get: how sampling affects macroscopic features of biological networks

A. Annibale, A.C.C. Coolen

评论： 26页，8图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)

[5] arXiv:1106.0269 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 扩散MRI中球面采样的调和分析 显示英文标题

标题： Harmonic analysis of spherical sampling in diffusion MRI

A. Daducci, J. D. McEwen, D. Van De Ville, J.-Ph. Thiran, Y. Wiaux

评论： 1页，2图，第19届国际磁共振医学学会年会

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[6] arXiv:1106.0466 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 正反馈和温度介导的分子开关控制百日咳杆菌的差异基因调控 显示英文标题

标题： Positive feedback and temperature mediated molecular switch controls differential gene regulation in Bordetella pertussis

Arnab Bandyopadhyay, Suman K. Banik

评论： 最终版本，15页，11图，2表

期刊参考： 生物系统 110 (2012) 107

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[7] arXiv:1106.0506 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 宿主内免疫反应对内脏线虫病和疟疾共感染的建模及预防措施 显示英文标题

标题： Modelling Within-Host Immune Response to Visceral Helminthiasis and Malaria Co-infection with Prophylaxis

Betty Nannyonga, J.Y.T. Mugisha, L.S. Luboobi

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[8] arXiv:1106.0848 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 传播过程中的协同效应：从掠夺性到探索性觅食策略 显示英文标题

标题： Synergy in spreading processes: from exploitative to explorative foraging strategies

Francisco J. Perez-Reche, Jonathan J. Ludlam, Sergei N. Taraskin, Christopher A. Gilligan

评论： 16页，15图。4页正文和6个附录 发表为补充材料 http://link.aps.org/supplemental/10.1103/PhysRevLett.106.218701

期刊参考： 物理评论快报 106, 218701 (2011)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[9] arXiv:1106.0863 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： A电流和I型/II型转换决定了来自共同输入的集体放电 显示英文标题

标题： The A-current and Type I / Type II transition determine collective spiking from common input

Andrea K. Barreiro, Evan L. Thilo, Eric Shea-Brown

评论： 42页，10张图 v1：2011年6月4日提交

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[10] arXiv:1106.0929 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基底刚度使活性凝胶变形并极化 显示英文标题

标题： Substrate rigidity deforms and polarizes active gels

Shiladitya Banerjee, M. Cristina Marchetti

评论： 6页，4图，EPL格式

期刊参考： EPL，96（2011）28003

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[11] arXiv:1106.1381 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从受孕到绝经的血清抗穆勒氏激素的有效模型 显示英文标题

标题： A validated model of serum anti-Mullerian hormone from conception to menopause

T W Kelsey, P Wright, S M Nelson, R A Anderson, W H B Wallace

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[12] arXiv:1106.1382 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从受孕到绝经的人类卵巢储备 显示英文标题

标题： Human ovarian reserve from conception to the menopause

W H B Wallace, T W Kelsey

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[13] arXiv:1106.1612 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 时间可变的扩散和种群动态可以加速入侵物种的扩散 显示英文标题

标题： Temporally variable dispersal and demography can accelerate the spread of invading species

Stephen P. Ellner, Sebastian J. Schreiber

评论： 最终版本被接受发表于《理论种群生物学》，专题“结构化模型的发展：构建、分析和推断”

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[14] arXiv:1106.1620 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分解生化信号系统中的噪声 突显了蛋白质降解的作用 显示英文标题

标题： Decomposing Noise in Biochemical Signalling Systems Highlights the Role of Protein Degradation

Michal Komorowski, Jacek Miekisz, Michael P.H. Stumpf

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[15] arXiv:1106.1723 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： “官僚主义”集合系统及其在系统发生学中的作用 显示英文标题

标题： 'Bureaucratic' set systems, and their role in phylogenetics

David Bryant, Mike Steel

评论： 6页，1图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[16] arXiv:1106.1752 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 伊辛模型用于从尖峰数据推断网络结构 显示英文标题

标题： Ising Models for Inferring Network Structure From Spike Data

John Hertz, Yasser Roudi, Joanna Tyrcha

评论： 将出现在《神经编码原理》一书中，由Stefano Panzeri 和 Rodrigo Quian Quiroga 编辑

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)

[17] arXiv:1106.2032 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 相位编码模式在稀疏神经网络中的存储容量 显示英文标题

标题： Storage capacity of phase-coded patterns in sparse neural networks

Siliva Scarpetta, Ferdinando Giacco, Antonio de Candia

评论： 已接受发表于《欧洲物理字母》

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)

[18] arXiv:1106.2048 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 旧方程用于新系统：Navier-Stokes 方程在神经系统中尖峰循环建模中的可能应用 显示英文标题

标题： Old equations for a new system: A possible use of Navier-Stokes equations to model the circulation of spikes in the nervous system

Daniela Sabrina Andres

评论： 8页，1幅彩色图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[19] arXiv:1106.2250 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 突触增强促进了体外培养的海马网络中的类似记忆吸引子动力学 显示英文标题

标题： Synaptic potentiation facilitates memory-like attractor dynamics in cultured in vitro hippocampal networks

Mark Niedringhaus, Xin Chen, Katherine Conant, Rhonda Dzakpasu

期刊参考： Niedringhaus M，陈旭，Conant K，Dzakpasu R（2013）突触增强促进培养的体外海马网络中的记忆样吸引子动力学。PLoS ONE 8（3）：e57144

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)

[20] arXiv:1106.2252 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 纳米金刚石作为将siRNA递送至尤文氏肉瘤细胞的载体 显示英文标题

标题： Nanodiamond as a vector for siRNA delivery to Ewing sarcoma cells

Anna Alhaddad, Marie-Pierre Adam, Jacques Botsoa, Géraldine Dantelle, Sandrine Perruchas, Thierry Gacoin, Christelle Mansuy, Solange Lavielle, Claude Malvy, François Treussart, Jean-Rémi Bertrand

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[21] arXiv:1106.2311 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 单一基因正转录反馈中的简单负相互作用足以产生可靠的振荡 显示英文标题

标题： A simple negative interaction in the positive transcriptional feedback of a single gene is sufficient to produce reliable oscillations

Jesús M. Miró-Bueno, Alfonso Rodríguez-Patón

评论： 25页，12图，3表

期刊参考： PLoS ONE 6（11）：e27414。（2011）

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[22] arXiv:1106.2562 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质超网络：蛋白质网络中交互依赖性和扰动效应的逻辑框架 显示英文标题

标题： Protein Hypernetworks: a Logic Framework for Interaction Dependencies and Perturbation Effects in Protein Networks

Johannes Köster, Eli Zamir, Sven Rahmann

评论： 预印本，提交至《生物信息学》；7页，5图，4页补充材料。如需更多信息，请访问 http://www.rahmannlab.de/research/hypernetworks

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[23] arXiv:1106.2574 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 竞争布尔节点高度连接网络临界状态中的渠道化 显示英文标题

标题： Canalization in the Critical States of Highly Connected Networks of Competing Boolean Nodes

Matthew D. Reichl, Kevin E. Bassler

评论： 8页，5图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[24] arXiv:1106.2679 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于边界元方法的SMS-LORETA - 一种用于定位大脑皮层多个同时活跃源的高级方法 显示英文标题

标题： BEM-based SMS-LORETA - an advanced method to localize multiple simultaneously active sources in the cerebral cortex

Avni Pllana, Herbert Bauer

评论： 10页，2图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[25] arXiv:1106.2793 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： abc：一个用于近似贝叶斯计算（ABC）的R包 显示英文标题

标题： abc: an R package for Approximate Bayesian Computation (ABC)

Katalin Csilléry, Olivier François, Michael GB Blum

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 应用 (stat.AP)

[26] arXiv:1106.3005 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间结构增加了癌症的等待时间 显示英文标题

标题： Spatial structure increases the waiting time for cancer

Erik A. Martens, R. Kostadinov, Carlo C. Maley, Oskar Hallatschek

评论： 21页

期刊参考： 新物理学杂志 13, 115014 (2011)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[27] arXiv:1106.3035 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 变形杆菌的径向和螺旋流形成 显示英文标题

标题： Radial and spiral stream formation in Proteus mirabilis

Chuan Xue, Elena O. Budrene, Hans G. Othmer

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[28] arXiv:1106.3166 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 耳廓的现实三维计算机模型，具有骨骼和软组织结构的精确形态 显示英文标题

标题： Realistic 3D computer model of the gerbil middle ear, featuring accurate morphology of bone and soft tissue structures

J.A.N. Buytaert, W.H.M. Salih, M. Dierick, P. Jacobs, J.J.J. Dirckx

评论： 41页，14张图，即将发表于JARO - 耳鼻喉科学研究协会期刊

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[29] arXiv:1106.3293 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 识别和建模墨西哥湾石油泄漏中四足脊椎动物死亡率的模式 显示英文标题

标题： Identifying and modeling patterns of tetrapod vertebrate mortality rates in the Gulf of Mexico oil spill

F. J. Antonio, R. S. Mendes, S. M. Thomaz

评论： 4页，1图

期刊参考： 水生毒理学 第105卷 第1-2期，2011年9月，第177-179页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[30] arXiv:1106.3386 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 进化方法在创造力中的应用 显示英文标题

标题： Evolutionary Approaches to Creativity

Liane Gabora, Scott Barry Kaufman

评论： 28页

期刊参考： 在J. Kaufman和R. Sternberg（编），《剑桥创造力手册》（第279-300页）。英国剑桥：剑桥大学出版社。（2010）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[31] arXiv:1106.3506 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 可压缩流中的群体遗传学 显示英文标题

标题： Population genetics in compressible flows

Simone Pigolotti, Roberto Benzi, Mogens H. Jensen, David R. Nelson

评论： 10页，5图，已提交

期刊参考： 物理评论快报 108, 128102, 2012

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[32] arXiv:1106.3533 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 朊病毒的生物学 显示英文标题

标题： Biology of Prions

Veronica Ines Cacace

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[33] arXiv:1106.3600 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 洞察如何在分布式内容寻址存储中产生 显示英文标题

标题： How Insight Emerges in a Distributed, Content-addressable Memory

Liane Gabora, Apara Ranjan

评论： 17页；2图

期刊参考： 在A. 布里斯托尔、O. 瓦尔塔尼安和J. 卡夫曼（编），《创造力的神经科学》（第19-43页）。马萨诸塞州剑桥：MIT出版社（2013）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)

[34] arXiv:1106.3616 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在什么情况下字典学习可以从子采样中唯一地恢复稀疏数据？ 显示英文标题

标题： When can dictionary learning uniquely recover sparse data from subsamples?

Christopher J. Hillar, Friedrich T. Sommer

评论： 8页，1图；IEEE 信息理论汇刊，待发表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 组合数学 (math.CO)

[35] arXiv:1106.3771 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种组合框架用于设计（伪结）RNA算法 显示英文标题

标题： A Combinatorial Framework for Designing (Pseudoknotted) RNA Algorithms

Yann Ponty (INRIA Saclay - Ile de France, LIX), Cédric Saule (INRIA Saclay - Ile de France, LRI, IRIC)

期刊参考： 第11届生物信息学算法研讨会（WABI'11）（2011）

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[36] arXiv:1106.3791 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 参考序列构建用于基因组的相对压缩 显示英文标题

标题： Reference Sequence Construction for Relative Compression of Genomes

Shanika Kuruppu, Simon Puglisi, Justin Zobel

评论： 12页，2张图，将发表在SPIRE2011会议论文集中的短文

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 信息论 (cs.IT)

[37] arXiv:1106.4049 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 进化多参与者游戏中多种策略的丰富性 显示英文标题

标题： Strategy abundance in evolutionary many-player games with multiple strategies

Chaitanya S. Gokhale, Arne Traulsen

评论： 15页，6图，《理论生物学杂志》（2011）

期刊参考： 第283卷 第1期 2011年8月21日 第180-191页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[38] arXiv:1106.4192 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 更多发霉的数据：另一个支原体基因跨越硅屏障进入人类基因组 显示英文标题

标题： More Mouldy Data: Another mycoplasma gene jumps the silicon barrier into the human genome

W. B. Langdon, M. J. Arno

评论： 数据目录包含EBI在剑桥进行的AF241217和DA466599 blast运行的结果

期刊参考： 进化计算、机器学习和数据挖掘在生物信息学中的应用 计算机科学讲义 第7246卷，2012年，第245-249页

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[39] arXiv:1106.4199 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于多个变点检测的融合Lasso群组 显示英文标题

标题： The group fused Lasso for multiple change-point detection

Kevin Bleakley (INRIA Saclay - Ile de France), Jean-Philippe Vert (CBIO)

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (stat.ML)

[40] arXiv:1106.4317 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于自组织状态空间模型的单个神经元霍奇金-赫胥黎型模型参数估计方法 显示英文标题

标题： A self-organizing state-space-model approach for parameter estimation in Hodgkin-Huxley-type models of single neurons

Dimitrios V. Vavoulis, Volko A. Straub, John A.D. Aston, Jianfeng Feng

期刊参考： 瓦沃利斯 DV，斯特劳布 VA，阿斯顿 JAD，冯 J（2012）用于单个神经元霍奇金-赫胥黎型模型参数估计的自组织状态空间模型方法。PLoS 计算生物学 8(3)：e1002401

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[41] arXiv:1106.4388 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 随机环境中的扩散进化与部分控制原理 显示英文标题

标题： The Evolution of Dispersal in Random Environments and The Principle of Partial Control

Lee Altenberg

评论： 献给迈克尔·纽曼教授，他众多优美的定理之一为这里呈现的结果提供了依据。28页，1张表格，1幅图

期刊参考： 生态学专著 82(3): 297-333 (2012)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 谱理论 (math.SP)

[42] arXiv:1106.4450 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过断层扫描显微镜自动量化木腐菌Physisporinus vitreus对云杉细胞壁结构的影响 显示英文标题

标题： Automated Quantification of the Impact of the Wood-decay fungus Physisporinus vitreus on the Cell Wall Structure of Norway spruce by Tomographic Microscopy

M. J. Fuhr, C. Stührk, B. Münch, F. W. M. R. Schwarze, M. Schubert

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[43] arXiv:1106.4600 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 扰动与置换：网络结构动态系统中的信号整合 显示英文标题

标题： Perturbed and Permuted: Signal Integration in Network-Structured Dynamic Systems

Dennis Wylie

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 系统与控制 (eess.SY) ; 动力系统 (math.DS) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[44] arXiv:1106.4628 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 传染源的性质：抗朊病毒疾病物种的PrP模型（狗、兔和马） 显示英文标题

标题： The nature of the infectious agents: PrP models of resistant species to prion diseases (dog, rabbit and horses)

Jiapu Zhang

评论： 本文是《朊病毒和朊病毒疾病：新进展》（J.M. Verdier 编）一书的特邀并接受的章节，由NOVA出版社于2012年出版，ISBN 1621000273。

期刊参考： 朊病毒与朊病毒疾病：新进展（J.M. Verdier 编），NOVA Science Publishers，2012年，ISBN 978-1-61942-768-6，第2章，第41-48页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[45] arXiv:1106.4783 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有选择和迁移的两层Fisher-Wright框架：研究群体结构种群进化的途径 显示英文标题

标题： Two-level Fisher-Wright framework with selection and migration: An approach to studying evolution in group structured populations

Roberto H. Schonmann, Renato Vicente, Nestor Caticha

评论： 论文的完整摘要。71页，20图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[46] arXiv:1106.4880 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于化学生物学数据的语义推理用于药物发现 显示英文标题

标题： Semantic Inference using Chemogenomics Data for Drug Discovery

Qian Zhu, Yuyin Sun, Sashikiran Challa, Ying Ding, Michael S. Lajiness, David J. Wild

评论： 23页，9图，4表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 数字图书馆 (cs.DL) ; 信息检索 (cs.IR)

[47] arXiv:1106.4891 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 非线性化学福克-普朗克方程和化学朗之万方程的准确性如何？ 显示英文标题

标题： How accurate are the non-linear chemical Fokker-Planck and chemical Langevin equations?

Ramon Grima, Philipp Thomas, Arthur V. Straube

评论： 39页，3图，已被接受发表于《J. Chem. Phys》

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 中尺度与纳米尺度物理 (cond-mat.mes-hall) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[48] arXiv:1106.5061 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNA结构的化学映射实验表征 显示英文标题

标题： RNA structure characterization from chemical mapping experiments

Sharon Aviran, Julius B. Lucks, Lior Pachter

评论： 8页，3图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[49] arXiv:1106.5313 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用拉丁超立方采样的丙型肝炎病毒动力学分析 显示英文标题

标题： Analysis of Hepatitis C Viral Dynamics Using Latin Hypercube Sampling

Gaurav Pachpute, Siddhartha P. Chakrabarty

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[50] arXiv:1106.5386 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 尺度自由网络中合作进化的拓扑条件 显示英文标题

标题： Topological conditions of scale-free networks for cooperation to evolve

Dong-Ping Yang, Hai Lin, Chen-Xu Wu, Jianwei Shuai

评论： 4页，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)